New bounds

[emmakopp1]

J'ai push sur github les fonctions qui permettent d'obtenir les nouvelles bornes. En revanche, je n'arrive pas à obtenir les plots il me semble que cela vient de bounds_tb, ligne 52 de compute_bounds.R

[tpellard]

Tu peux poster le message d'erreur stp?

[emmakopp1]

Error in arrange(mutate(map_df(dt_params, ~tibble(t = .x$t, k = .x$k, : could not find function "arrange"

write_csv(bounds_tb, here("output/results/bounds_tb.csv")) Error in write_csv(bounds_tb, here("output/results/bounds_tb.csv")) : could not find function "write_csv"

[tpellard]

Chez moi ca marche, mais il fallait au préalable rajouter les paramètres pi0 et pi1 aux fonctions compute_upperbound et find_tvalue. Mais ton message d'erreur indique qu'il ne connait pas les fonctions arrange() et write_csv() qui devraient pourtant etre chargées par library(tidyverse)

[emmakopp1]

mais du coup dans le fichier fig_bounds.pdf on devrait avoir une ordonnée entre 0.9 et 1 et pas entre 0.5 et 1 J'ai l'impression que ça ne marche pas bien du coup

[emmakopp1]

pourtant quand je calcule les bornes sur le fichier compute_bounds.R j'ai des nouvelles bornes autour de 0.9

[tpellard]

J'essaie de relancer le code pour identifier les problèmes mais le fichier functions.R appelé par compute_bounds.R appelle une variable path_nex non-définie:

> data_st <- get_tree_par_fun(path_to_config, "sino-tibetan", n_tree = 1)
Erreur dans get_tree_param(tree, data$pi0, data$pi1, data$k, data$t_conv) : 
  objet 'path_nex' introuvable

De mon côté j'ai tout réimplémenté à ma sauce dans temp.R. J'utilise beaucoup les fonctions du tidyverse et je fonctionne avec des tableaux plutôt que les listes. Tu peux jeter un coup d'œil @emmakopp1

[tpellard]

mais du coup dans le fichier fig_bounds.pdf on devrait avoir une ordonnée entre 0.9 et 1 et pas entre 0.5 et 1

Avec mon nouveau code, c'est bon, je vais mettre à jour les figures