Delta T, Delta S, N et k

[rgyalrong]

Dans le cas de datasets pour lesquel les majorants de Delta T et/ou Delta S sont inférieurs à 1 à la racine, on pourrait donner un chiffre du nombre de langues qu'il aura fallu avoir (toutes choses étant également par ailleurs, en supposant que ça n'influe pas sur l'âge de la racine et pi_0) pour que ces bornes soient supérieures à 1. Je pense notamment au cas du ST, peut-être que le nombre de langue (seulement 46) pénalise nos résultats. Dans la discussion, nous pourrions donner cela comme une bonne pratique à suivre pour constituer les datasets dans les futures recherches.

[rgyalrong]

Lorsque le majorant de Delta S est 1: max(pi_0,pi_1) + Ne^{-qt} = pi_0 + Ne^{-qt} = 1

alors:

Ne^{-qt} = 1 - pi_0 = pi_1

Donc:

N = pi_1/(Ne^{-qt})

Avec cette formule, on peut donc calculer le nombre de langue qu'il faudrait pour avoir un majorant à 1 en supposant (sans doute à tort) que la date de la proto-langue et pi_0/pi_1 ne changent pas. Dans le cas du ST, l'application numérique donne approximativement 1317 langues, ce qui fait beaucoup...

[emmakopp1]

Oui c'est beaucoup, tu penses que c'est vraiment une bonne idée de le mettre du coup ?

[rgyalrong]

Disons que je me pose les questions suivantes:

1) Pourquoi le pi_0 du ST (0.94) est-il bas par rapport aux autres familles ? Est-ce dû au fait que nous avons peu de traits avec des 1 dans un faible nombre de langues ? 2) L'âge du ST serait-il différent si l'on avait un autre prior avec les langues tibétiques par exemple ? Une manière d'y répondre sans relancer une analyse serait de voir l'âge du MRCA des langues tibétiques dans la distribution d'arbre obtenue par CTMC.

Guillaume

Le ven. 19 avr. 2024 à 10:22, Kopp @.***> a écrit :

Oui c'est beaucoup, tu penses que c'est vraiment une bonne idée de le mettre du coup ?

— Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/emmakopp1/phylogeny_trust/issues/7#issuecomment-2066078576, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABPJOA5QHTATHSW4JLU3NXDY6DH5BAVCNFSM6AAAAABGNCXNYKVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDANRWGA3TQNJXGY . You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

-- Guillaume Jacques

Directeur de recherches CNRS (CRLAO) - EPHE- INALCO https://scholar.google.fr/citations?user=1XCp2-oAAAAJ&hl=fr https://langsci-press.org/catalog/book/295 http://cnrs.academia.edu/GuillaumeJacques http://panchr.hypotheses.org/

[emmakopp1]

1) Je pense que ça joue 2) Les langues ST tournent vite donc on peut relancer une analyse. De plus, dis moi quelles sont les langues tibétique et je te donne l'âge moyen du MRCA :)

[rgyalrong]

Les voici:

TibetanAlike TibetanBatang TibetanLhasa TibetanXiahe

Comme prior temporel pour le MRCA de ces langues, ce serait entre 600 AD et 1000 AD (en comptant large).

Le ven. 19 avr. 2024 à 10:40, Kopp @.***> a écrit :

1. Je pense que ça joue
2. Les langues ST tournent vite donc on peut relancer une analyse. De plus, dis moi quelles sont les langues tibétique et je te donne l'âge moyen du MRCA :)

— Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/emmakopp1/phylogeny_trust/issues/7#issuecomment-2066107015, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ABPJOA3SLHVSZWTAXYGE2G3Y6DJ75AVCNFSM6AAAAABGNCXNYKVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMZDANRWGEYDOMBRGU . You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

-- Guillaume Jacques

Directeur de recherches CNRS (CRLAO) - EPHE- INALCO https://scholar.google.fr/citations?user=1XCp2-oAAAAJ&hl=fr https://langsci-press.org/catalog/book/295 http://cnrs.academia.edu/GuillaumeJacques http://panchr.hypotheses.org/

[emmakopp1]

tu confirmes que tu veux que je lance un étude beast ?