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epiverse-trace / epitkit

https://epiverse-trace.github.io/epitkit/
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agregar codigo en R para comparar distribucion de R0 entre enfermedades en glosario #11

Open avallecam opened 3 days ago

avallecam commented 3 days ago

https://github.com/epiverse-trace/epitkit/blob/292fcefb24a683b320bf1d609e20db4a9963946d/learners/reference.md?plain=1#L180 R0s plot

avallecam commented 3 days ago

@Joskerus si tienes el codigo que reproduce la imagen, lo podemos agregar. si tienes las referencias de aquellos R0, lo podemos solicitar mediante issues en epiparameter

Joskerus commented 3 days ago

dataframe con R0s

numerosreproduccion<- data.frame( infeccion= c("Influenza estacional", "Ébola", "Difteria", "Viruela", "Sarampión"), media= c(1.3, 1.95, 2.6, 6.87, 15.3), Min = c(0.9, 1.74, 1.7, 4.52, 10.7), Max = c(2.1, 2.15, 4.3, 10.1, 27) ) library(ggplot2)

Crear la gráfica

ggplot(numerosreproduccion, aes(x=reorder(infeccion, media), y=media)) + geom_boxplot(aes(lower=Min, upper=Max, middle=media, ymin=Min, ymax=Max), stat="identity", fill="skyblue") + labs(title=expression("Rangos de índices " R[0] " para diferentes enfermedades"), x="Infección", y=expression(R[0])) + theme_minimal()

Referencias usadas

Sarampión:

Revisión sistematica por Guerra et al, 2017 encontró un R0 de 15·3 (min: 10·7 max: 27·0) en las Américas.

https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(17)30307-9/abstract?TB_iframe=true&width=370.8&height=658.8

Viruela:

Análisis retrospectivo por Eichner and Dietz, 2003 encontraron R0, de 6.87 (CI: 4.52, 10.1).

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12851223/

opcional: Transmission potential of smallpox in contemporary populations | Nature especifíca por varias poblaciones

Ebola.

Revisión sistemática por Muzembo et al, 2024 encontró R0 de 1.95 (IC 1.74-2.15)

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S147789392300145X

Influenza estacional

Modelo matemático CHOWELL et al., 2007 encontró R0 de 1.3 (min: 0.9 max: 2.1 por temporada)

Seasonal influenza in the United States, France, and Australia: transmission and prospects for control | Epidemiology & Infection | Cambridge Core

Difteria

R0 2.6 de 1.7 a 4.3

https://academic.oup.com/cid/article/71/1/89/5551532

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