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epruesse / SINA

SINA - Reference based multiple sequence alignment
https://sina.readthedocs.io
GNU General Public License v3.0
40 stars 4 forks source link

conda install sina installs v1.3.5 #44

Closed btemperton closed 5 years ago

btemperton commented 5 years ago

The documentation here and in the bioconda link suggests that conda install sina will install version 1.4.0, but it instead installs 1.3.5:

package                    |            build
    ---------------------------|-----------------
    python-3.7.1               |       h0371630_3        36.4 MB
    intel-openmp-2019.1        |              144         885 KB
    arb-bio-tools-6.0.6        |       h5901010_5         651 KB  bioconda
    ncurses-6.1                |       he6710b0_1         958 KB
    zlib-1.2.11                |       h7b6447c_3         120 KB
    setuptools-40.6.2          |           py37_0         603 KB
    mkl_random-1.0.1           |   py37h4414c95_1         372 KB
    numpy-base-1.15.4          |   py37h81de0dd_0         4.2 MB
    numpy-1.15.4               |   py37h1d66e8a_0          35 KB
    openssl-1.1.1a             |       h7b6447c_0         5.0 MB
    py-boost-1.67.0            |   py37h04863e7_4         302 KB
    certifi-2018.10.15         |           py37_0         138 KB
    libarbdb-6.0.6             |       h5901010_5         327 KB  bioconda
    pip-18.1                   |           py37_0         1.7 MB
    boost-1.67.0               |           py37_4          11 KB
    gettext-0.19.8.1           |       hd7bead4_3         3.7 MB
    sina-1.3.5                 |       h4ef8376_2         2.2 MB  bioconda
    wheel-0.32.3               |           py37_0          35 KB
    mkl_fft-1.0.6              |   py37h7dd41cf_0         150 KB
    ------------------------------------------------------------
                                           Total:        57.7 MB

The following NEW packages will be INSTALLED:

    arb-bio-tools:   6.0.6-h5901010_5        bioconda
    blas:            1.0-mkl                         
    boost:           1.67.0-py37_4                   
    bzip2:           1.0.6-h14c3975_5                
    ca-certificates: 2018.03.07-0                    
    certifi:         2018.10.15-py37_0               
    gettext:         0.19.8.1-hd7bead4_3             
    glib:            2.56.2-hd408876_0               
    icu:             58.2-h9c2bf20_1                 
    intel-openmp:    2019.1-144                      
    libarbdb:        6.0.6-h5901010_5        bioconda
    libboost:        1.67.0-h46d08c1_4               
    libedit:         3.1.20170329-h6b74fdf_2         
    libffi:          3.2.1-hd88cf55_4                
    libgcc-ng:       8.2.0-hdf63c60_1                
    libgfortran-ng:  7.3.0-hdf63c60_0                
    libstdcxx-ng:    8.2.0-hdf63c60_1                
    mkl:             2018.0.3-1                      
    mkl_fft:         1.0.6-py37h7dd41cf_0            
    mkl_random:      1.0.1-py37h4414c95_1            
    ncurses:         6.1-he6710b0_1                  
    numpy:           1.15.4-py37h1d66e8a_0           
    numpy-base:      1.15.4-py37h81de0dd_0           
    openssl:         1.1.1a-h7b6447c_0               
    pcre:            8.42-h439df22_0                 
    pip:             18.1-py37_0                     
    py-boost:        1.67.0-py37h04863e7_4           
    python:          3.7.1-h0371630_3                
    readline:        7.0-h7b6447c_5                  
    setuptools:      40.6.2-py37_0                   
    sina:            1.3.5-h4ef8376_2        bioconda
    sqlite:          3.25.3-h7b6447c_0               
    tk:              8.6.8-hbc83047_0                
    wheel:           0.32.3-py37_0                   
    xz:              5.2.4-h14c3975_4                
    zlib:            1.2.11-h7b6447c_3               

Proceed ([y]/n)? y

Downloading and Extracting Packages
python-3.7.1         | 36.4 MB   | ######################################################################## | 100% 
intel-openmp-2019.1  | 885 KB    | ######################################################################## | 100% 
arb-bio-tools-6.0.6  | 651 KB    | ######################################################################## | 100% 
ncurses-6.1          | 958 KB    | ######################################################################## | 100% 
zlib-1.2.11          | 120 KB    | ######################################################################## | 100% 
setuptools-40.6.2    | 603 KB    | ######################################################################## | 100% 
mkl_random-1.0.1     | 372 KB    | ######################################################################## | 100% 
numpy-base-1.15.4    | 4.2 MB    | ######################################################################## | 100% 
numpy-1.15.4         | 35 KB     | ######################################################################## | 100% 
openssl-1.1.1a       | 5.0 MB    | ######################################################################## | 100% 
py-boost-1.67.0      | 302 KB    | ######################################################################## | 100% 
certifi-2018.10.15   | 138 KB    | ######################################################################## | 100% 
libarbdb-6.0.6       | 327 KB    | ######################################################################## | 100% 
pip-18.1             | 1.7 MB    | ######################################################################## | 100% 
boost-1.67.0         | 11 KB     | ######################################################################## | 100% 
gettext-0.19.8.1     | 3.7 MB    | ######################################################################## | 100% 
sina-1.3.5           | 2.2 MB    | ######################################################################## | 100% 
wheel-0.32.3         | 35 KB     | ######################################################################## | 100% 
mkl_fft-1.0.6        | 150 KB    | ######################################################################## | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
epruesse commented 5 years ago

That's unusual ... the 1.4 needs less stuff, so even for conda it's unusual to pick an old version here.

Can you try 

conda create -n sina sina

to create a new environment with just sina in it. That would exclude anything you've already installed from blocking the install of sina 1.4

epruesse commented 5 years ago

ping @btemperton

btemperton commented 5 years ago

Sorry, this ran away from me! Putting sina into its own environment worked great! All working smoothly now, thanks!

epruesse commented 5 years ago

Ok, glad to hear that.