search

eribul / NH_luxation_infektion

Prediction models for infection and dislocation
0 stars 0 forks source link

Osäker på kombination av ICD/KVÅ-koder. #37

Closed eribul closed 3 years ago

eribul commented 3 years ago

Mail till NH/OR: Se https://github.com/eribul/NH_luxation_infektion/blob/master/diagnostics/fels%C3%B6k%20infektionskoder.R

Hej!

Jag ser att Viktors urval tycks lite striktare (förskrivning av antibiotika under minst fyra veckor samt därefter identifierad via uppställda kriterier baserat på journalgranskning).
Dock började jag dubbelkolla de koder vi baserar infektionerna på. 
Nedan är en ungefärlig tabell som identifierar de ICD-10-koder som identifierar fall som inte dessutom är reopererade och/eller där det inte också finns en KVÅ-kod.
Samma patient kan ha fler än en kod så tabellen är inte perfekt. Men den visar ungefär hur det ser ut för de fall som endast identifieras via ICD-koder i NPR.
(p = andel i procent av de listade koderna, inte avseende samtliga fall)

   code      n     p desc                                                                                     
 1 T814    116    42 Infektion efter kirurgiska och medicinska ingrepp som ej klassificeras på annan plats    
 2 T845F    89    32 Infektion och inflammatorisk reaktion orsakad av inre ledprotes i höftled/lår            
 3 T845     35    13 Infektion och inflammatorisk reaktion orsakad av inre ledprotes                          
 4 M009      7     3 Purulent artrit, ospecificerad                                                           
 5 M009F     6     2 Purulent artrit UNS i höftled                                                            
 6 M000F     5     2 Septisk artrit (stafylokocker) i höftled                                                 
 7 M000      3     1 Stafylokockartrit och stafylokockpolyartrit                                              
 8 M002F     3     1 Septisk artrit (streptokocker) i höftled                                                 
 9 T847F     3     1 Infektion och inflammatorisk reaktion orsakad av andra inre ortopediska proteser, implan~
10 M008      2     1 Artrit och polyartrit orsakad av annan specificerad bakterie                             
11 T847      2     1 Infektion och inflammatorisk reaktion orsakad av andra inre ortopediska proteser, implan~
12 M861F     1     0 Annan akut osteomyelit i höftled/lårben                                                  
13 M866      1     0 Annan specificerad kronisk osteomyelit                                                   
14 M866F     1     0 Kronisk osteomyelit i höftled/lårben

Jag inser i samband med detta att jag kan ha missuppfattat hanteringen av KVÅ-koderna NFA12, TNF05 och TNF10. 
I den ursprungliga Excel-filen stod att dessa koder gäller ”bara om kombinerat med ICD-kod ovan”.
Jag tolkade detta som att dessa koder inte gäller på egen hand utan endast om de förekommer vid samma besökstillfälle från vilket det också finns en ICD-10 enligt den listan. 
Dock, då inget liknande villkor fanns för ICD-koderna, tolkade jag det som att ICD-koderna ensamma uppfyllde kravet för att identifiera infektion, dvs som att ICD-koden med eller utan KVÅ-kod anger infektion. 
Eller annorlunda uttryckt, att dessa KVÅ-koder därmed blev implicit redundanta.
Kikar jag nu på betydelsen av vissa av de inkluderade ICD-10-koderna ovan ser jag ju att de i sig själva inte utesluter annan lokalisation. 

Är det t ex så att T814 måste kombineras med NFA12/TNF05/TNF10 för att indikera en infektion av intresse?
Gäller det i så fall även T845F (där det iofs redan finns en implicit koppling till höften via koden själv)?

Om samtliga fall ovan exkluderas (eftersom de inte förekommer i kombination med NFA12/TNF05/TNF10 sjunker alltså vår skattning från ca 2,35 % till 2 %.
Exkluderas endast de som inte har ett ”F” på slutet får vi ca 2,17 %.
Dock vet jag inte hur sannolikt det är att en rel. frisk patient får en T814 helt orelaterat till protesoperationen nästan samtidigt?
Kanske är det lika sannolikt att man missat rapportera en KVÅ-kod som borde ha angetts? 
(Dvs att dessa fall bör inkluderas även om en mindre andel av dessa infektioner sannolikt är orelaterade till höftprotesoperationen.)
Jag tror väl att det bör vara ok att fortsätta som det är men att nämna som limitation. Eller behöver vi räkna om?

Med vänlig hälsning
Erik
eribul commented 3 years ago

Svar från NH:

Hej Erik, 

detta krävde en del eftertanke.

Avsikten med urvalet av koder var ju att fånga så många PJI som möjligt, och givet en känd underrapportering till SHAR valde vi koder som i sig skulle indikera förekomst av utfallet på patienter med nyligen insatt höftprotes.

De flesta ICD-koder du listar kan stå för sig själva, utan samtidig KVÅ-kod, t ex T84.5F (definierar PJI!).

Just T81.4 (ytlig sårinfektion) är lite lurig: Här KAN en enbart ytlig, ej djup infektion (alltså EJ PJI) föreligga, men om koden kombineras med NFA12/TNF05/TNF10 så har man gjort kirurgi på själva leden, alltså ÄR det en PJI. Har man ENBART registrerat T81.4 UTAN KVÅ-kod kan man också ha missat att registrera en KVÅ-kod …

Sortera bort alla med T81.4? Nej, tycker jag, eftersom även ytlig sårinfektion ofta indikerar en djup infektion, och ytlig sårinfektion är dessutom en mycket tydlig riskfaktor för senare PJI.

Naturligtvis bör vårt resonemang nämnas i metoddelen, och i diskussionen kan man beskriva att man UTAN just denna ICD-kod får en något lägre PJI-incidens. En envis reviewer kan i värsta fall avkräva oss en sensitivitetsanalys efter exklusion av patienter där ENBART T81.4 registrerats UTAN KVÅ-kod.

Tilläggsfråga: Har vi sökt på T84.6F (tidig djup infektion)? Den fanns inte med i din lista.

Bottom line: Tycker vi kör på som planerat.

Vänliga hälsningar
Nils

Sammanfattning:

eribul commented 3 years ago

Jag ser att det totalt finns 142 fall som har denna kod inom 90 dagar. 57 av dessa har dock en reoperation och identifieras således ändå. Dock återstår 85 fall som vi tyvärr inte fått med. Istället för 2089 fall inom 90 dagar borde vi därmed ha 2174. Sannolikt kommer denna skillnad inte ha någon större påverkan på slutresultatet. Jag kan testa men tyvärr tar det ett par dagar innan vi ser resultatet.

eribul commented 3 years ago

MInimal påverkan. Resultat i separat branch https://github.com/eribul/NH_luxation_infektion/tree/T846F Se Word-fil för jämförelse: https://github.com/eribul/NH_luxation_infektion/blob/T846F/reports/article_versionsjamforelse.docx