fatemizuki / MIMIC-IV-MY-CODE

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您好,安装错误 #2

Open shaou77 opened 4 years ago

shaou77 commented 4 years ago

您是种田东山下吧?微信老粉了,感谢你的工作! 大家都是国人,就不说英语了吧。^_^ 环境: WIN 10 专业版 64位 POSTGRESQL12 在load_data这一步出错(已经修改路径,已经将所有csv文件拷入该文件夹,“无法取文件 "***.csv" 的状态: Unknown error”的这几个csv都在文件夹里 image

补充:多次从头重新运行,无法读取状态的都是这几个csv。发现这几个文件都是大于1G的文件。进一步检索发现类似帖子:https://stackoverflow.com/questions/53523051/error-could-not-stat-file-xx-csv-unknown-error 看来只能降级或者用压缩包安装了,您还有其他的法子吗?

fatemizuki commented 4 years ago

我用的是postgre10的,没有出现这个问题。。以前装MIMIC III的时候也会出现这个问题,用的是11,降到10就行了

shaou77 commented 4 years ago

感谢,由于我的mimic3和eicu都装好了,所以不打算降版本了。我采用压缩文件gz安装的方式,能装上,但是有个几个报错,请问您该如何解决?(已经设置SET CLIENT_ENCODING TO 'UTF8') image

shaou77 commented 4 years ago

刚刚试了下,可以在进入\c mimic4后采用“\encoding UTF8”解决这个问题。没有删帖,看这个错误对您写安装教程有没有帮助。

fatemizuki commented 4 years ago

好的,谢谢!

shaou77 commented 4 years ago

gz压缩包方式安装的代码,看能否也添加进去?(对于高版本postgresql的解决方案,前面的安装解压缩软件以及path设置步骤和MIMIC3官网方法相同)


\cd datadir \copy ADMISSIONS FROM PROGRAM 'gzip -dc ADMISSIONS.csv.gz' DELIMITER ',' CSV HEADER NULL '' \copy PATIENTS from PROGRAM 'gzip -dc patients.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy TRANSFERS from PROGRAM 'gzip -dc transfers.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy D_HCPCS from PROGRAM 'gzip -dc d_hcpcs.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy D_ICD_DIAGNOSES from PROGRAM 'gzip -dc d_icd_diagnoses.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy D_ICD_PROCEDURES from PROGRAM 'gzip -dc d_icd_procedures.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy D_LABITEMS from PROGRAM 'gzip -dc d_labitems.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy DIAGNOSES_ICD from PROGRAM 'gzip -dc diagnoses_icd.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy DRGCODES from PROGRAM 'gzip -dc drgcodes.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy EMAR_DETAIL from PROGRAM 'gzip -dc emar_detail.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy EMAR from PROGRAM 'gzip -dc emar.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy HCPCSEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc hcpcsevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy LABEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc labevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy MICROBIOLOGYEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc microbiologyevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy PHARMACY from PROGRAM 'gzip -dc pharmacy.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy POE_DETAIL from PROGRAM 'gzip -dc poe_detail.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy POE from PROGRAM 'gzip -dc poe.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy PRESCRIPTIONS from PROGRAM 'gzip -dc prescriptions.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy PROCEDURES_ICD from PROGRAM 'gzip -dc procedures_icd.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy SERVICES from PROGRAM 'gzip -dc services.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy INPUTEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc inputevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy OUTPUTEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc outputevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy DATETIMEEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc datetimeevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy ICUSTAYS from PROGRAM 'gzip -dc icustays.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy CHARTEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc chartevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy D_ITEMS from PROGRAM 'gzip -dc d_items.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL '' \copy PROCEDUREEVENTS from PROGRAM 'gzip -dc procedureevents.csv.gz' delimiter ',' csv header NULL ''

fatemizuki commented 4 years ago

OK

smallzccc commented 4 years ago

刚刚试了下,可以在进入\c mimic4后采用“\encoding UTF8”解决这个问题。没有删帖,看这个错误对您写安装教程有没有帮助。

实在mimic 4后输入 \encoding UTF8么? 我的10.13版本也出现了这个问题,可能就是数据集采用的编码方式不同把

smallzccc commented 4 years ago

在\mimic 4; 之后补一句 \encoding UTF8 在执行其他 就可以加载数据了 不过加载的时候会跳出乱七八糟的文字,无视等着安装好就可以