Possibility to pseudonymise data via shanoir-downloader

[chomo-ofsep]

Today shanoir-downloader includes a separate python-module for pseudonymization, developed by Arthur. This module is separate from the Java module in ms-import and ShUp. The idea is to extend it, to set values during the process. discussion end 2023 : adding a column in the input file, if filled in, the patientID is edited with the value given.

[michaelkain]

Hi @chomo-ofsep, thank you for this issue! Could you please detail it a little bit more? I am not sure to understand the input file and where it comes from?

[chomo-ofsep]

@michaelkain : Il y a trois colonnes dans le fichier d’entrée : sequence_id, shanoir_name et series_description. La première sert à savoir ce qu’on cherche à télécharger, les deux autres à vérifier la cohérence entre ce qu’il y a en base et ce qu’on trouve dans les DICOM. L’idée serait d’ajouter une quatrième colonne qui indique pour chaque séquence quel identifiant patient mettre dans le champs DICOM patientID.

[michaelkain]

Hi @jcomedouteau, I hope you are doing fine. As you worked already with Python, do you think the below extension might be possible for you? With kind regards, Michael

[jcomedouteau]

Hi @chomo-ofsep !

J'essaie de comprendre l'issue, et si j'en crois le code actuel, pour le moment l'anonymisation avec shanoir_downloader met un index d'itération (1,2,3,4...) dans le patient_id et patient_name. Il faudrait donc rajouter un champ pour pouvoir non plus mettre cet index dans patient_id, mais ce nouveau champ, c'est bien cela ? Merci !

Jean-Côme

[chomo-ofsep]

Hi @jcomedouteau

c'est bien ça, en sachant que le champ est optionnel. Donc s'il est rempli, mettre ce qui est indiqué dans patient_id et s'il n'est pas rempli, gardé le comportement actuel.

Merci