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fritzsedlazeck / SURVIVOR

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How to merge these columns following it from SURVIVOR merge result, and gain the Paragraph software input file #212

Open HuTaoJiaZiAckerman opened 4 months ago

HuTaoJiaZiAckerman commented 4 months ago

Hi, developer! I want to merge these columns:

FORMAT SRS971671 SRS971671_1 SRS971671_2 SRS971671_3
GT:PSV:LN:DR:ST:QV:TY:ID:RAL:AAL:CO 1/1:NA:5435:25,11:--:1740:INV:INV00000000:NA:NA:1_3-1_5438 ./.:NaN:0:0,0:--:NaN:NaN:NaN:NAN:NAN:NAN ./.:NaN:0:0,0:--:NaN:NaN:NaN:NAN:NAN:NAN 1/1:NA:5437:0,0:++:.:INV:SV_1_1:NA:NA:1_1-1_5438
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This is filter result using SURVIVOR filter (SURVIVOR filter SRS971671.merge.vcf NA 50 100000 0 -1 SRS971671.filter.vcf). Obviously! These columns is same sample, just only use different methods, such as manta, delly, tiddit, and lumpy. So, I want merge it enable become a column. Could you tell any approachs? Thanks!