fritzsedlazeck / SURVIVOR

Toolset for SV simulation, comparison and filtering
MIT License
355 stars 47 forks source link

mangled header #217

Open tzvi909 opened 2 months ago

tzvi909 commented 2 months ago

Great tool however, header is mangled. for example: main hg38 contigs (chr1-chrY) get chopped off in the output and only HLA contigs -> ALT contigs appended to the VCF header. please fix.

for example:

fileformat=VCFv4.1

source=SURVIVOR

fileDate=20240819

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

contig=

etc.

tzvi909 commented 2 months ago

contig info is correct in both my input vcfs btw