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fuscc-deep-path / sc_MTOP

sc-MTOP is an analysis framework based on deep learning and computational pathology. This framework aims to characterize the tumor ecosystem diversity at the single-cell level. This code provide 1) Hover-Net-based nuclear segmentation and classification; 2) Nuclear morphological and texture feature extraction; 3) Multi-level pairwise nuclear graph construction and spatial topological feature extraction.
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F4可视化 #9

Open 0link87 opened 4 months ago

0link87 commented 4 months ago

我想请教一下，我对自己的数据运行F4_Visualization时，出现了下面的错误： Traceback (most recent call last): File "sc_MTOP/main.py", line 89, in fun4(**sub_args) File "/root/sc_MTOP/F4_Visualization.py", line 6, in fun4 img_maker.read_csv(feature_path, wsi_path, xml_path, omit_edge=['N-N', 'T-N', 'I-N', 'S-N'], omit_cell=[5]) File "/root/sc_MTOP/utils_xml.py", line 225, in read_csv offset = window_bbox[group, 0:1, :] IndexError: too many indices for array: array is 1-dimensional, but 3 were indexed 麻烦能否指导一下

0link87 commented 4 months ago

我用自己的mrxs的图片在运行F4_Visualization时，并用imagescope产生xml文件，还是出现上述一样的错误。我想再请教一下这该如何解决。

CDPDisk commented 4 months ago

这个问题看下来不太清楚是哪里出了问题，需要你那里自己进行调试才能找到问题。如果程序正常运行，window_bbox应该是一个N×2×2的矩阵，用来保存每个框型标记的左上角坐标和左下角坐标，但是根据你的报错只获得了一个一维向量。为什么只产生了这个一维向量应该需要你那里对代码进行debug才能发现问题了，我这边提供不了什么帮助

0link87 commented 3 months ago

你好，我用自己的mrxs的wsi进行可视化后最后结果就是xml文件限制区域的放大图， graph_slide-2019-04-01T11-31-42-R1-S1_plot0 (1) 但是用svs的wsi时能实现结果， graph_TCGA-RC-A7SH-01Z-00-DX1_plot0 请问一下，这是因为格式的问题吗？

CDPDisk commented 3 months ago

你好，我用自己的mrxs的wsi进行可视化后最后结果就是xml文件限制区域的放大图， graph_slide-2019-04-01T11-31-42-R1-S1_plot0 (1) 但是用svs的wsi时能实现结果， graph_TCGA-RC-A7SH-01Z-00-DX1_plot0 请问一下，这是因为格式的问题吗？

看起来像是mrxs格式导致的。mrxs格式跟普通切片格式不同，我们当时的可视化代码对mrxs也没有做特殊处理，确实是有可能出问题的