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gallandarakhneorg / autolatex

Automate the compilation of LaTeX documents
http://www.arakhne.org/autolatex
GNU Lesser General Public License v3.0
27 stars 6 forks source link

Bibliography not handled by target all #107

Closed PatrickMassot closed 7 years ago

PatrickMassot commented 7 years ago

Using autolatex 41.0, say I have in test.tex:

\documentclass{article}

\usepackage[backend=biber]{biblatex}

\addbibresource{biblio.bib}

\begin{document}
  Hello, world.
  \cite{Gromov_HolCurves}.

\printbibliography
\end{document}

and in biblio.bib:

@Article{   Gromov_HolCurves,
  author  = "Gromov, Misha",
  title   = {Pseudo holomorphic curves in symplectic manifolds},
  journal = "Invent. Math.",
  volume  = 82,
  pages   = "307--347",
  year    = 1985,
}

Then calling autolatex does not create a bbl file (hence does not produce the expected final pdf). Calling autolatex all biblio all does succeed, but we're going away from an automated tool...

Output of autolatex -vvv (sorry for the French locale):

[AutoLaTeX] Sélection du fichier TeX 'test.tex'
[AutoLaTeX] Ouverture du fichier de configuration...
[AutoLaTeX] .../tmp/bib/.autolatex_project.cfg
[AutoLaTeX] Succès de la lecture
[AutoLaTeX] Utilisation du fichier TeX './test.tex'
[AutoLaTeX] Application des options de la ligne de commande
[AutoLaTeX] Ignore les styles pour MakeIndex
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis...
[AutoLaTeX] .../usr/lib/autolatex/translators
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargables depuis...
[AutoLaTeX] .../usr/lib/autolatex/translators
[AutoLaTeX]     Le convertisseur svg2png_rsvg est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur dot2png est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur gxl2png est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur svg2png_inkscape est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur svg2pdf_rsvg est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur dot2tex est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur xcf2png est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur gle2png est ignoré
[AutoLaTeX] Détection des images dans 'images'
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] Analyse de '/tmp/bib/test.tex'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'test.tex'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'test.bbl'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'biblio.bib'
[AutoLaTeX] Analyse des fichiers auxiliaires
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
Avertissement LaTeX : il existe des références vers des labels non définis.
Avertissement LaTeX : il existe des références vers citations bibliographiques non définies.
[AutoLaTeX] Lancement de '/usr/bin/evince'
gallandarakhneorg commented 7 years ago

I cannot reproduce:

[AutoLaTeX] Détection des images dans '.'
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] Analyse de '/home/sgalland/tmp/tmp/test.tex'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'test.tex'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'test.bbl'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'biblio.bib'
[AutoLaTeX] Analyse des fichiers auxiliaires
[AutoLaTeX] BIBER : test
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex

Biber is launched. Please launch autolatex -vvvvv

PatrickMassot commented 7 years ago 
[AutoLaTeX] Sélection du fichier TeX 'test.tex'
[AutoLaTeX] Utilisation du fichier TeX './test.tex'
[AutoLaTeX] Application des options de la ligne de commande
[AutoLaTeX] Impossible de déterminer le style pour MakeIndex: pas de...
[AutoLaTeX] ...fichier .ist ou trop de fichiers .ist dans le répertoire...
[AutoLaTeX] ....
[AutoLaTeX] Utilisation du style par défaut pour MakeIndex
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis...
[AutoLaTeX] .../usr/lib/autolatex/translators
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargables depuis...
[AutoLaTeX] .../usr/lib/autolatex/translators
[AutoLaTeX]     Le convertisseur svg2png_rsvg est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur dot2png est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur gxl2png est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur svg2png_inkscape est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur svg2pdf_rsvg est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur dot2tex est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur xcf2png est ignoré
[AutoLaTeX]     Le convertisseur gle2png est ignoré
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis matlab2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...matlab2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis asy2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis asy2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis vsd2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis vsd2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis imggz2img
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis imggz2img
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis java2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis java2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis svg2pdf+tex_inkscape
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...svg2pdf+tex_inkscape
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis sql2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis sql2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis ml2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis ml2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis python2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...python2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis eps2pdf_epstopdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...eps2pdf_epstopdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis svg2pdf_inkscape
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...svg2pdf_inkscape
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis cpp2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis cpp2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis gle2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis gle2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis...
[AutoLaTeX] ...svg2pdf+layers+tex_inkscape
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...svg2pdf+layers+tex_inkscape
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis perl2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis perl2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis svg2pdf+layers_inkscape
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis...
[AutoLaTeX] ...svg2pdf+layers_inkscape
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis xcf2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis xcf2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis dia2pdf+tex
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis dia2pdf+tex
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis dia2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis dia2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis fig2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis fig2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis ruby2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis ruby2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis fig2pdf+tex
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis fig2pdf+tex
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis plot2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis plot2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis lisp2tex_texify
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis lisp2tex_texify
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis plot2pdf+tex
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis plot2pdf+tex
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis tikz2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis tikz2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis gxl2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis gxl2pdf
[AutoLaTeX] Chargement des convertisseurs depuis dot2pdf
[AutoLaTeX] Calcul des convertisseurs chargeables depuis dot2pdf
[AutoLaTeX] Détection des images dans '/tmp/al'
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] La ligne de commande :
[AutoLaTeX] pdflatex -halt-on-error -interaction batchmode...
[AutoLaTeX] ...-file-line-error -output-format=pdf test.tex
[AutoLaTeX] Analyse de '/tmp/al/test.tex'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'test.tex'
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'documentclass' :...
[AutoLaTeX] ...    math=![]!{}; text=![]!{}
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\documentclass'
[AutoLaTeX]     Prototype de la macro '\documentclass' : ![]!{}
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'usepackage' :...
[AutoLaTeX] ...    math=![]!{}; text=![]!{}
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\usepackage'
[AutoLaTeX]     Prototype de la macro '\usepackage' : ![]!{}
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'addbibresource' :...
[AutoLaTeX] ...    math=![]!{}; text=![]!{}
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\addbibresource'
[AutoLaTeX]     Prototype de la macro '\addbibresource' : ![]!{}
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'begin' :...
[AutoLaTeX] ...    math=<undef>; text=<undef>
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\begin'
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'cite' :...
[AutoLaTeX] ...    math=<undef>; text=<undef>
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\cite'
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'printbibliography' :...
[AutoLaTeX] ...    math=<undef>; text=<undef>
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\printbibliography'
[AutoLaTeX]     Définition des paramètres de 'end' : math=<undef>;...
[AutoLaTeX] ...    text=<undef>
[AutoLaTeX]     Remplacement de '\end'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'test.bbl'
[AutoLaTeX]     Ajout du fichier 'biblio.bib'
[AutoLaTeX] Analyse des fichiers auxiliaires
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] La ligne de commande :
[AutoLaTeX] pdflatex -halt-on-error -interaction batchmode...
[AutoLaTeX] ...-file-line-error -output-format=pdf test.tex
[AutoLaTeX] PDFLATEX : test.tex
[AutoLaTeX] La ligne de commande :
[AutoLaTeX] pdflatex -halt-on-error -interaction batchmode...
[AutoLaTeX] ...-file-line-error -output-format=pdf test.tex
Avertissement LaTeX : il existe des références vers des labels non définis.
Avertissement LaTeX : il existe des références vers citations bibliographiques non définies.
[AutoLaTeX] Lancement de '/usr/bin/evince'
[AutoLaTeX] La ligne de commande :
[AutoLaTeX] /usr/bin/evince ./test.pdf
gallandarakhneorg commented 7 years ago

Please try autolatex --biblio -vvvvv. If it works, it means that you have a configuration file that is turning off the bibliography generation (except if you use the "biblio" action).

PatrickMassot commented 7 years ago

Indeed it works with autolatex --biblio. How to find this guilty configuration file? There is no file in the working directory. I found some /etc/autolatex/config but it does not mention bibliography.

PatrickMassot commented 7 years ago

/etc/autolatex/config and /usr/lib/autolatex/default.cfg are identical and there is no $HOME/.autolatex

gallandarakhneorg commented 7 years ago

I have the user configuration file $HOME/.autolatex/autolatex.conf with the following content:

[viewer]
viewer=evince
view=false

[generation]
generation type=pdf
synctex=true
biblio=true
image directory=.
generate images=true

[gtk]
preferred launcher=none
PatrickMassot commented 7 years ago

Thank you very much, it works with this configuration file. I think there is a little documentation issue then. I can't find anywhere that you can put this biblio = true line in a config file. One could also argue this should be the default value.

gallandarakhneorg commented 7 years ago

New issue is #108.