Elimination des familles isolées

[fablhx]

Il existe un utilitaire pour les bases où la création de famille n'est possible qu'en partant d'un membre de la base, et qui permet :

• des statistiques sur la connexité de la base
• l'élimination des branches isolées. Préalable : Faut que GeneWeb soit compilé. cd gwbase/etc et "make". Si ça ne compile pas, c'est que GeneWeb n'est pas en ../../geneweb par rapport à gwbase/etc et il suffit d'éditer le Makefile et de changer la ligne GWB=../../geneweb en ce qui convient, chemin absolu ou relatif. Ça compile un certain nombre d'utilitaires (à explorer) Celui qui nous intéresse s'appelle "connex". La compilation fabrique un exécutable "connex.opt". Taper ./connex.opt -help pour avoir les options. Il n'y en a pas beaucoup. Utilisation typique : ./connex.opt roglo.gwb ou même : ./connex.opt roglo Ça affiche les composantes connexes qu'il trouve, par taille décroissante. S'il en trouve une plus petite que la précédente, il n'affiche pas les plus grosses qu'il trouve, sauf si on met l'option -a. On peut essayer directement sur une base en service : par défaut, la base est consultée sans aucune modif. Connex lit la base linéairement et ne cherche que les composantes connexes plus petites, sauf si on utilise l'option -a. En complément, le script link.pl permet de fabriquer un fichier au format wiki de GeneWeb : Utilisation : /data/src/gwbase/etc/connex.opt -a /home/roglo/base/roglo |perl link.pl |sort -r >../roglo.gwb/base_d/notes_d/Admin/connex.txt met les liens sur les différentes branches, et les statistiques dans la page wiki Admin:connex Pour la suppression des branches indésirables, utiliser les statistiques pour dimensionner correctement la requête : perl -e 'for ($i=0;$i<1004;$i++) {print "y\n";}'|/data/src/gwbase/etc/connex.opt -del 1 /home/roglo/base/roglo

[fablhx]

Waouh ! C'est génial ! Je l'ajoute à GeneWeb dès que possible !!!

[fablhx]

Bonjour Deux petites questions pour cet utilitaire qui a l'air magique :

• existe-t'il déjà des versions compilées (je n'ai pas Caml d'installé et pas vraiment le loisir de m'y mettre) ?
• peut-on voir un exemple de la page au format wiki générée ? Merci d'avance

[fablhx]

Merci. Un peu de mal à comprendre les infos qui en sortent... Une âme charitable pour m'aider ? Merci

[GuillaumeBrochu]

Se trouve dans : /contrib/gwbase/etc/connex.ml

[GuillaumeBrochu]

Fonctionne à merveille, mais il faut éviter le répertoire parent ".." quand on spécifie la base à utiliser, sinon erreur.

Exemple (en supposant qu'on ait copié connex.opt dans gw/ avec les autres exécutables):

Fonctionne bien:

./bin/distribution/gw/connex.opt bases/test

Produit une erreur:

./bin/distribution/gw/connex.opt ../geneweb/bases/test
*** secure rejects open ../geneweb/bases/test.gwb/patches
*** secure rejects open ../geneweb/bases/test.gwb/base
Fatal error: exception Sys_error("invalid access")

[dominique95880]

Bonjour

Après tâtonnements, je suis parvenu à faire fonctionner connex sous Windows 10, en utilisant le compilateur Ocaml 4.02.3+mingw64c.

Mes observations : Chemin d'accès du programme source : /contrib/gwbase/etc/connex.ml

d'où cd geneweb/contrib/gwbase/etc (pour être dans le bon répertoire)

Compilation 1 : make ne compile pas connex mais uniquement public et public2

Compilation 2 : modification de Makefile remplacement de la ligne ALL_EXE := public public2 par la ligne ALL_EXE := public public2 connex make compile public et public2 et connex Je renomme connex.opt en connex.exe et je copie cet exe dans le répertoire gw ordinaire (là où l'on a déjà gwd.exe) et ça ne marche pas à l'éxécution (message manque ocamlrun ou avoisinant).

Compilation 3 : Même modif de Makefile de Compilation 2 mais je ne lance plus make "tout court" mais make opt Je renomme le nouveau connex.opt en connex.exe etc. et ça tourne.

Avec les répertoire bindir et basedir qui vont bien je lance cd "%basedir%" "%bindir%\connex.exe" -a mabase >comm.log et j'ai les réponses suivantes : Connex component "dominique95880.gw" length 4386

• Alfred Jules Émile.0 DERAM
• Julienne Olive Lucie.0 DASSONNEVILLE Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Pierre Louis François.0 DERAM
• Catherine.0 DEBRUYNE Connex component "dominique95880.gw" length 21
• Jean-Baptiste Benjamin.0 DERAM
• Catherine Xavière.0 BERQUIN Connex component "dominique95880.gw" length 30
• Thomas Léon Émile.0 DERAM
• Pauline Élodie Léontine.0 BIET Connex component "dominique95880.gw" length 5
• Félix Constantin.0 DERAM
• Marie Cécile.0 DUYME Connex component "dominique95880.gw" length 7
• Henri Joseph.0 VASSEUR
• Marie Virginie.0 DECOOL Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Jean André.0 BLONDEZ
• Jeanne Thérèse Colette.0 WAELES Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Jean-Baptiste.0 BLONDÉ
• Isabelle Claire.0 CABARET Connex component "dominique95880.gw" length 4
• Charles Auguste Édouard.0 BLONDÉ
• Eugénie Julienne.0 DEBRIL Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Louis Gervain.0 BLONDÉ
• Isabelle Claire.0 DEBAECKE Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Mathieu.0 BLONDÉ
• ?.0 ? (i=3746) Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Jean.0 BLONDEZ
• Rosalie.0 SMAGGHE Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Henri Charles Louis.0 DESMIDT
• Sylvie Amélie.0 BLONDEZ Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Benjamin Xavier.0 VANDENBERGHE
• Rosalie Séraphine.0 TARDU Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Séraphin Louis.0 BEUN
• Flavie Nathalie.0 HONDERMARCK Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Pierre.1 de WILDE
• Jacqueline.0 van HOVE Connex component "dominique95880.gw" length 1
• François.0 de WERF
• Jossine.0 van LOKEREN Connex component "dominique95880.gw" length 5
• Mailliaert.0 MORMENTYN
• Guillemine.0 ROUCKIER Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Adrien.0 de WILDE
• Marie.0 KERTEBATE Connex component "dominique95880.gw" length 5
• Mathieu.0 GHORIS
• Marie Françoise.0 VESAERT Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Jacques.2 GHORIS
• Marie Jeanne.0 EECKHOUT Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Charles.0 DERAM
• Jossine.0 van ROYE Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Pierre.0 de WAILLY
• Jeanne.0 DERAM Connex component "dominique95880.gw" length 4
• Baudouin.1 DERAM
• Marie Catherine.0 COBREU Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Cornil.0 DESCHODT
• Micheline.0 JANSSOONE Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Henri.0 GHYSEL
• Marie Catherine.0 BARREZEELE Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Josse.0 MORMENTYN
• Marie.0 SCHACHT Connex component "dominique95880.gw" length 4
• Marc.0 van PEENE
• Nicole.0 MORMENTYN Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Pierre.0 de HONDT
• Marie Françoise.1 BERTELOOT Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Jean Mathieu.0 BERTELOOT
• Jeanne.0 PAUWELS Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Simon.0 BAES
• Marie Anne.1 BERTELOOT Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Pierre Jacques.1 GHYS
• Marie Philippine.0 POLAERT Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Pierre Fidel.0 LAFÈRE
• Marie Louise Anne Félicité.0 DAENE Connex component "dominique95880.gw" length 1
• François Xavier.3 BERTELOOT
• Marie Pétronille.0 ASSEMAN Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Jean Charles.1 DERAM
• Marie Angélique.0 BEKE Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Jean.1 QUESTROY
• Jeanne.0 VELGEMACKER Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Pierre Jacques.0 GALLE
• Marie Cécile.0 FIERL Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Jean.0 HUYGHE
• Marie.0 HELLEBODT Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Jean.5 HUYGHE
• Marie.0 BOURY Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Jean.1 REINNEVILLE
• Marie Charlotte.0 CHAMPAGNE Connex component "dominique95880.gw" length 13
• Jean-Baptiste.2 REINNEVILLE
• Marie Anne.0 MAYEUX Connex component "dominique95880.gw" length 6
• Jean Auguste.0 MORLET
• Marie Louise Adélaïde.0 POUDRAT Connex component "dominique95880.gw" length 26
• Nicolas Henri.0 PERCEBOIS
• Françoise Hélène.0 PIEFFER Connex component "dominique95880.gw" length 6
• Nicolas.0 PERCEBOIS
• Jeanne Marie.0 BOURGEOIS Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Pierre.0 BENOIT
• Marie Nicole.0 PERCEBOIS Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Henri.0 PERCEBOIS
• Marguerite Henriette.0 MARQUET Connex component "dominique95880.gw" length 9
• Jean.0 PERCEBOIS
• Anne.0 VEAUCHELET Connex component "dominique95880.gw" length 6
• Valéry Émile.0 REINNEVILLE
• Louise Eugénie.0 BLONDEL Connex component "dominique95880.gw" length 3
• Sébastien.0 RIEGERT
• Thérèse.0 GEBHART Connex component "dominique95880.gw" length 1
• François.1 DEVIVAISE
• Marie.0 OGER Connex component "dominique95880.gw" length 1
• François.2 DEVIVAISE
• Antoinette.0 ISTASSE Connex component "dominique95880.gw" length 13
• Pierre.0 DEVIVAISE
• Antoinette.0 MOYEN Connex component "dominique95880.gw" length 1
• Antoine.9 DEVIVAISE
• Marie Louise Marguerite.0 MAGNIER Connex component "dominique95880.gw" length 2
• Charles.1 DERAM
• Marie.0 BAELEN Connex component "dominique95880.gw" length 6
• Liévin Xavier.0 DERAM
• Virginie Célestine Josèphe.0 HEMERY Connex component "dominique95880.gw" length 1 i=15150
• ?.0 ? (i=15151)

Le length 4386 correspond à mon arbre "en propre"; je suppose qu'il doit contenir 4386 familles. les autres length correspondent à des "non collatéraux" qui n'attendent qu'à devenir des collatéraux lorsque j'aurai trouvé le point de jonction. Par exemple, mon dernier ilot correspond à un enfant abandonné (parents inconnus (? ? et ? ?, mais deux mères possibles). Je ne sais pas comment sont pris en compte les simples témoins.

Dominique

Cet utilitaire m'a permis de retrouver une famille de contemporains ( Mr + Mme, sans enfant) qui était perdue dans mon arbre et que j'avais du saisir à nouveau il y a de cela X années.

[hgouraud]

Dominique,

peut on vous suggérer de rédiger un petit tutoriel sur connex dans le wiki GeneWeb (http://geneweb.tuxfamily.org/wiki/manual) On fera par ailleurs les modifications nécessaire pour que l’outil (et d’autres) soient dans la distribution!

Merci d’avance

Henri

Le 25 janv. 2017 à 16:31, Dominique DERAM notifications@github.com a écrit :

Bonjour

Après tâtonnements, je suis parvenu à faire fonctionner connex sous Windows 10, en utilisant le compilateur Ocaml 4.02.3+mingw64c.

Mes observations : Chemin d'accès du programme source : /contrib/gwbase/etc/connex.ml

d'où cd geneweb/contrib/gwbase/etc (pour être dans le bon répertoire)

Compilation 1 : make ne compile pas connex mais uniquement public et public2

Compilation 2 : modification de Makefile remplacement de la ligne ALL_EXE := public public2 par la ligne ALL_EXE := public public2 connex make compile public et public2 et connex Je renomme connex.opt en connex.exe et je copie cet exe dans le répertoire gw ordinaire (là où l'on a déjà gwd.exe) et ça ne marche pas à l'éxécution (message manque ocamlrun ou avoisinant).

Compilation 3 : Même modif de Makefile de Compilation 2 mais je ne lance plus make "tout court" mais make opt Je renomme le nouveau connex.opt en connex.exe etc. et ça tourne.

Avec les répertoire bindir et basedir qui vont bien je lance cd %basedir% %bindir%\connex.exe" -a mabase >comm.log et j'ai les réponses suivantes : Connex component "dominique95880.gw" length 4386

• Alfred Jules Émile.0 DERAM • Julienne Olive Lucie.0 DASSONNEVILLE Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Pierre Louis François.0 DERAM • Catherine.0 DEBRUYNE Connex component "dominique95880.gw" length 21 • Jean-Baptiste Benjamin.0 DERAM • Catherine Xavière.0 BERQUIN Connex component "dominique95880.gw" length 30 • Thomas Léon Émile.0 DERAM • Pauline Élodie Léontine.0 BIET Connex component "dominique95880.gw" length 5 • Félix Constantin.0 DERAM • Marie Cécile.0 DUYME Connex component "dominique95880.gw" length 7 • Henri Joseph.0 VASSEUR • Marie Virginie.0 DECOOL Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Jean André.0 BLONDEZ • Jeanne Thérèse Colette.0 WAELES Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Jean-Baptiste.0 BLONDÉ • Isabelle Claire.0 CABARET Connex component "dominique95880.gw" length 4 • Charles Auguste Édouard.0 BLONDÉ • Eugénie Julienne.0 DEBRIL Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Louis Gervain.0 BLONDÉ • Isabelle Claire.0 DEBAECKE Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Mathieu.0 BLONDÉ • ?.0 ? (i=3746) Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Jean.0 BLONDEZ • Rosalie.0 SMAGGHE Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Henri Charles Louis.0 DESMIDT • Sylvie Amélie.0 BLONDEZ Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Benjamin Xavier.0 VANDENBERGHE • Rosalie Séraphine.0 TARDU Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Séraphin Louis.0 BEUN • Flavie Nathalie.0 HONDERMARCK Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Pierre.1 de WILDE • Jacqueline.0 van HOVE Connex component "dominique95880.gw" length 1 • François.0 de WERF • Jossine.0 van LOKEREN Connex component "dominique95880.gw" length 5 • Mailliaert.0 MORMENTYN • Guillemine.0 ROUCKIER Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Adrien.0 de WILDE • Marie.0 KERTEBATE Connex component "dominique95880.gw" length 5 • Mathieu.0 GHORIS • Marie Françoise.0 VESAERT Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Jacques.2 GHORIS • Marie Jeanne.0 EECKHOUT Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Charles.0 DERAM • Jossine.0 van ROYE Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Pierre.0 de WAILLY • Jeanne.0 DERAM Connex component "dominique95880.gw" length 4 • Baudouin.1 DERAM • Marie Catherine.0 COBREU Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Cornil.0 DESCHODT • Micheline.0 JANSSOONE Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Henri.0 GHYSEL • Marie Catherine.0 BARREZEELE Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Josse.0 MORMENTYN • Marie.0 SCHACHT Connex component "dominique95880.gw" length 4 • Marc.0 van PEENE • Nicole.0 MORMENTYN Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Pierre.0 de HONDT • Marie Françoise.1 BERTELOOT Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Jean Mathieu.0 BERTELOOT • Jeanne.0 PAUWELS Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Simon.0 BAES • Marie Anne.1 BERTELOOT Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Pierre Jacques.1 GHYS • Marie Philippine.0 POLAERT Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Pierre Fidel.0 LAFÈRE • Marie Louise Anne Félicité.0 DAENE Connex component "dominique95880.gw" length 1 • François Xavier.3 BERTELOOT • Marie Pétronille.0 ASSEMAN Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Jean Charles.1 DERAM • Marie Angélique.0 BEKE Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Jean.1 QUESTROY • Jeanne.0 VELGEMACKER Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Pierre Jacques.0 GALLE • Marie Cécile.0 FIERL Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Jean.0 HUYGHE • Marie.0 HELLEBODT Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Jean.5 HUYGHE • Marie.0 BOURY Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Jean.1 REINNEVILLE • Marie Charlotte.0 CHAMPAGNE Connex component "dominique95880.gw" length 13 • Jean-Baptiste.2 REINNEVILLE • Marie Anne.0 MAYEUX Connex component "dominique95880.gw" length 6 • Jean Auguste.0 MORLET • Marie Louise Adélaïde.0 POUDRAT Connex component "dominique95880.gw" length 26 • Nicolas Henri.0 PERCEBOIS • Françoise Hélène.0 PIEFFER Connex component "dominique95880.gw" length 6 • Nicolas.0 PERCEBOIS • Jeanne Marie.0 BOURGEOIS Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Pierre.0 BENOIT • Marie Nicole.0 PERCEBOIS Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Henri.0 PERCEBOIS • Marguerite Henriette.0 MARQUET Connex component "dominique95880.gw" length 9 • Jean.0 PERCEBOIS • Anne.0 VEAUCHELET Connex component "dominique95880.gw" length 6 • Valéry Émile.0 REINNEVILLE • Louise Eugénie.0 BLONDEL Connex component "dominique95880.gw" length 3 • Sébastien.0 RIEGERT • Thérèse.0 GEBHART Connex component "dominique95880.gw" length 1 • François.1 DEVIVAISE • Marie.0 OGER Connex component "dominique95880.gw" length 1 • François.2 DEVIVAISE • Antoinette.0 ISTASSE Connex component "dominique95880.gw" length 13 • Pierre.0 DEVIVAISE • Antoinette.0 MOYEN Connex component "dominique95880.gw" length 1 • Antoine.9 DEVIVAISE • Marie Louise Marguerite.0 MAGNIER Connex component "dominique95880.gw" length 2 • Charles.1 DERAM • Marie.0 BAELEN Connex component "dominique95880.gw" length 6 • Liévin Xavier.0 DERAM • Virginie Célestine Josèphe.0 HEMERY Connex component "dominique95880.gw" length 1 i=15150 • ?.0 ? (i=15151) Le length 4386 correspond à mon arbre "en propre"; je suppose qu'il doit contenir 4386 familles. les autres length correspondent à des "non collatéraux" qui n'attendent qu'à devenir des collatéraux lorsque j'aurai trouvé le point de jonction. Par exemple, mon dernier ilot correspond à un enfant abandonné (parents inconnus (? ? et ? ?, mais deux mères possibles). Je ne sais pas comment sont pris en compte les simples témoins.

Dominique

Cet utilitaire m'a permis de retrouver une famille de contemporains ( Mr + Mme, sans enfant) qui était perdue dans mon arbre et que j'avais du saisir à nouveau il y a de cela X années.

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[a2line]

Exemple des quelques données statistiques données en entête par l’outil connex :

Résultat : 25974 familles réparties en 488 blocs.
Meilleur bloc connexe : 22580. => Connexité : 86.93%.
Mais 244 familles restent isolées (0.94%)
Liste : 244(1) 65(2) 73(3) 19(4) 20(5) 17(6) 6(7) 4(8) 4(9) 5(10) 1(11) 1(12) 4(13) 4(14) 1(15)

[a2line]

608 est mergé au master à travers #656 et l'outil connex a été intégré à gwsetup avec un rendu possible directement en note (notes_d/connex.txt).