genomic-medicine-sweden / jasen

Bacterial typing pipeline for clinical NGS data. Written in NextFlow, Python & Bash.
https://jasen.readthedocs.io/en/latest/
GNU General Public License v3.0
9 stars 11 forks source link

Add species Neisseria gonorrhoeae #291

Open fwa93 opened 7 months ago

fwa93 commented 7 months ago

Add Neisseria gonorrhoeae to JASEN.

mhkc commented 6 months ago

Thanks for opening an issue. What types of analysis methods would you be interested in and think are relevant for Neisseria gonorrhoeae?

fwa93 commented 6 months ago

Hej, Daniel G som arbetar på WHO-labbet här i Ö arbetar mycket med den här arten och tipsar om dessa delar.

Clean reads - remove adaptors, low quality bases and reads (Trimmomatic) Species confirmation - k-mer analysis (Kraken2, centrifuge or similar) De novo assembly - SPAdes assembly and compilation of stats (number of contigs, size, etc) Annotation - Prokka Genotypning - MLST + NG-STAR + NG-STAR CC (pyngoST https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10868605/) Resistome - Vi har en uppdaterad databas för alla gener som behöver karakteriseras (ARIBA https://github.com/sanger-pathogens/ariba)

Snippy - mappa mot referens SNP-distanser - Matrix (snp-dist) IQtree - ML GTR+G4 model Rekombinationer - Identifiera och maska rekombinationer (gubbins)

Pan-genome - prokka på assembly+Roary något sådant är det väl, vi kan snacka mer om du vill

mhkc commented 6 months ago

Toppen!

Vi får ta upp denna arten på ett GMS mikro möte och om någon vill ta på sig att utveckla en analys för arten. Tror du Daniel skulle vara intresserad i och med att han arbetar med arten?

samuell commented 6 months ago

Hi, can just add that we in Stockholm are also interested in having Neisseria added (though we need like 2-3 other organisms too, so would be awesome if someone else is able to take on some of them :) ).