Academic writing made easy-your title

[utterances-bot]

Academic writing made easy-your title

The blogdown package provides a fully functional blogging tool from setting up websites to editing and discussing content. It is abel to handle both markdown and R markdown content. The chosen hugo-theme-minima-gisma theme is a slightly adapted version of the hugo-theme-minima.It provides basic functionality and an incredible straightforward design.

https://gisma-courses.github.io/gi-modules/gi-modules/post/2021-11-16-making-of-academic-websites/

[SedaBekar]

Hello, I can't use the command

blogdown::build_site(build_rmd = TRUE)

because R tells me the following:

Error: module "hugo-theme-minima-gisma" not found; either add it as a Hugo Module or store it in "D:\R-4.1.2\themes".: module does not exist Total in 3 ms

but when I change my working directory (edu -> agis -> blogdown), the following happens:

"Rendering content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd... Fehler in setwd(dirname(input)) : kann Arbeitsverzeichnis nicht wechseln Ruft auf: local ... eval -> eval -> eval -> do.call -> -> setwd Ausführung angehalten Error: Failed to render content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd"

Thanks for suggestions!

Best regards

[gisma]

@SedaBekar did you tick the checkbox open i new Session? If so what is then the folder that is listet after downloading the hugo-minima-gisma theme. It looks like if you either do not have a unique folder for the blogdown project or that you did not correctly download the theme during the setup. I would strongly suggest to initizilize a new blogdown project in a clean project folder.

[SedaBekar]

@gisma I just copied "themes" with the hugo-minima-gisma into my current working directory, which is D:/R-4.1.2. My folder "blogdown" is also installed there but the installation only works, if I copy "themes" outside of the actual folder. After that, it just worked fine but then blogdown::build_serve() is not working:

Error: 'build_serve' is not an exported object from 'namespace:blogdown'

And yes, I ticked "open in new session" and I also created a unique folder for the project but it's still not working properly.

[gisma]

@SedaBekar hmm I don't get the point. You did use the decribed approach using the menu structure? beside the correct syntax ist with three colons blogdown:::build_serve() because it is a private function. And also try to build the site with blogdown::site_build() this time with two colons

[SedaBekar]

@gisma I basically followed all of the instructions but it's still not working. Git also seems to not be working with my RStudio properly. And even after using the correct syntax with the three colons R still says "Error: object 'build_serve' not found". I am not sure what could cause the problems since I did everything in the same order. I will further look into it, maybe I will come across a solution. Thanks!

[gisma]

@SedaBekar pls try the following:

1. Open a new Rstudio session and use File-<New Project->New Directory use the brose button to navigate to something like ~/edu/tmp/ (if not existing just create it in this dialog)
2. fill the directory name with myBlog
3. After opening this project (which is obiously empty) use the following command

blogdown::new_site(dir = "~/edu/tmp/myblog", theme = "gisma-courses/hugo-theme-minima",to_yaml = TRUE,sample = TRUE,theme_example = TRUE)

Use then Addinns and serve the site.

[SedaBekar]

@gisma I did the following and I am stumbling upon this error after using addinns and serving the site:

Error in site_root(config, .site_dir) : Could not find config.toml / config.yaml / config/_default/config.toml / config/_default/config.yaml under D:/R-4.1.2 D:/

Maybe it has something to do with my working directory. I moved my absolute working directory to my external hard drive because that's where all my R packages are too.

I am really sorry for the inconvenience.

[gisma]

@SedaBekar Actually this is the error message if you try to serve the pure theme itself. And due to the fact that I have used the course folder ~/edu/ probably sometghing is wrong with your symlink because we are ending on the D:/ root folder.

If you just and only start Rstudio and paste below version of the upper command in the console It must work. If not send me please the output of your seesionInfo() and getwd()

blogdown::new_site(dir = "~/myblog", theme = "gisma-courses/hugo-theme-minima",to_yaml = TRUE,sample = TRUE,theme_example = TRUE)

The blog is expected to be located at your Dokumente folder.

[SedaBekar]

@gisma The folder "myBlog" appears in my "Dokumente" folder on my local hard drive after using the command above, however, this error message always seems to occur, no matter how I approach it:

Launching the server via the command:

  C:/Users/Seda/AppData/Roaming/Hugo/0.89.4/hugo.exe server --bind 127.0.0.1 -p 4321 --themesDir themes -t hugo-theme-minima -D -F --navigateToChanged
Serving the directory . at http://localhost:4321
Launched the hugo server in the background (process ID: 8336). To stop it, call blogdown::stop_server() or restart the R session.
Rendering content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd... Fehler in setwd(dirname(input)) : kann Arbeitsverzeichnis nicht wechseln
Ruft auf: local ... eval -> eval -> eval -> do.call -> <Anonymous> -> setwd
Ausführung angehalten
Error: Failed to render content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd
In addition: Warning message:
In untar2(tarfile, files, list, exdir) :
  skipping pax global extended headers

Here is my sessionInfo() together with the getwd() command:

> sessionInfo()

R version 4.1.2 (2021-11-01)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=German_Germany.1252  LC_CTYPE=German_Germany.1252   
[3] LC_MONETARY=German_Germany.1252 LC_NUMERIC=C                   
[5] LC_TIME=German_Germany.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.7       bookdown_0.24    ps_1.6.0         later_1.3.0     
 [5] digest_0.6.28    R6_2.5.1         jsonlite_1.7.2   magrittr_2.0.1  
 [9] evaluate_0.14    blogdown_1.6     rlang_0.4.12     promises_1.2.0.1
[13] rstudioapi_0.13  rmarkdown_2.11   tools_4.1.1      servr_0.24      
[17] processx_3.5.2   httpuv_1.6.3     xfun_0.27        yaml_2.2.1      
[21] fastmap_1.1.0    compiler_4.1.1   htmltools_0.5.2  knitr_1.36   

> getwd

function () 
.Internal(getwd())
<bytecode: 0x00000000092b9960>
<environment: namespace:base>

Maybe the error is irrelevant because in the "Viewer" section of R, the website still seems to appear but the errors hinder me nontheless from continuing with the task. Since my laptop has very low memory left, I always use my external hard drive as a rootdirectory for everything. I also wanted to use the blogdown in the external hard drive, which starts with the letter "D".

[gisma]

@SedaBekar you need to put the brackets getwd()

Are you really starting the server manually? What happens if you open a blank Rstudio session and open the projekt Dokumente\myBlog\myBlog.Rproj ?

BTW I suggest strongly that you move forward to Win10!

[SedaBekar]

@gisma My working directory is always set as "D:/R-4.1.2" when I start (except when I am using setwd() to change it myself) because I set it as an absolute path to avoid confusion when it saves the working space in .Rhistory, since I am mostly using the external drive to work on.

When I start R, I manually go to my external hard drive and navigate to the folder "R-4.1.2", then the "Rstudio" folder, then "bin" and execute "rstudio.exe".

Usually, if I open up R, my saved workspace from the session before loads, though I use ".rs.restartR()" to make a new session and if I open up the project, the files from the blogdown are shown in the right corner.

I mostly use my tablet (Microsoft Surface Go) to work on. Windows 10 is installed there. My laptop I am exceptionally working on right now is quiet old but has a bigger RAM (8 GB). I am only using it if my tablet can't process fast enough or has no memory left to work with.

I would suggest to further adress the problem on Thursday, since I am planning to go to the GIS course in person. Thanks again for the time and help! Maybe in person it could be easier to work on a solution.

[GeoKL]

Hallo, ich habe gerade bemerkt, dass es die Datei config.yaml zweimal gibt (einmal im Hauptordner GeoKL_webiste und einmal unter GeoKL_website\themes\hugo-theme-minima-gisma). Welche Datei soll man benutzen? LG Kathi

[gisma]

@GeoKL die im Wurzelverzeichnis

[GeoKL]

Außerdem kann ich im Git-Tab keine Dateien auswählen, um sie zu commiten. Das hatte schonmal funktioniert, aber dann ist RStudio beim commiten abgestürzt (mehrmals). Hab ich da vielleicht noch irgendwo eine falsche Einstellung?

[kokkaso]

meine Verbindung zu github funktioniert nicht:

git commit -m "first commit"
Author identity unknown

*** Please tell me who you are.

Run

  git config --global user.email "you@example.com"
  git config --global user.name "Your Name" 

to set your account's default identity.
Omit --global to set the identity only in this repository.

->>>dann gebe ich eben meine Daten ein und dann kommt folgende Fehlermeldung:

fatal: unable to auto-detect email address (got 'sophia@LAPTOP-123456.(none)')
git config --global user.email "sophia@students.uni-marburg.de"
error: could not lock config file C:/Program Files/RStudio/resources/terminal/bash/.gitconfig: Permission denied

[gisma]

es muss die email adresse die bei github hinterlegt ist angegeben werden ebenfalls der github user name

[gisma]

Außerdem kann ich im Git-Tab keine Dateien auswählen, um sie zu commiten. Das hatte schonmal funktioniert, aber dann ist RStudio beim commiten abgestürzt (mehrmals). Hab ich da vielleicht noch irgendwo eine falsche Einstellung?

kann ich so nicht beurteilen.aber das sieht natürlich so aus als wäre das verzeichnis nicht verbunden. mein vorschlag wäre es als kopie zu bakupen und erneut von github die existierende variante aus Rstudio anzulegen. Danach Datei für Datei reinzukopieren und zu coomitten. Bei dieser Vorgehensweise kann der docs Ordner unberücksichtigt bleiben da er immer neu übersetzt wird. Es geht prinzipiell nur um den Odner Content

[kokkaso]

@ gisma "es muss die email adresse die bei github hinterlegt ist angegeben werden ebenfalls der github user name"

ja hab ich

[gisma]

@^

@ gisma "es muss die email adresse die bei github hinterlegt ist angegeben werden ebenfalls der github user name"

ja hab ich error: could not lock config file C:/Program Files/RStudio/resources/terminal/bash/.gitconfig: Permission denied deutet darauf hin dass dies nicht erfolgreich war. das muss dann wohl mit Administratorrechten erfolgen bzw. das Verezichnis muss auch für Ihren Nutzer-Account freigegeben werden.

[gisma]

@kokkaso please have a look at the following stackoverflow contribution. In particular the commmet of agm1984 should solve this problem.

[gisma]

Außerdem kann ich im Git-Tab keine Dateien auswählen, um sie zu commiten. Das hatte schonmal funktioniert, aber dann ist RStudio beim commiten abgestürzt (mehrmals). Hab ich da vielleicht noch irgendwo eine falsche Einstellung?

@GeoKL unter Windows kann das gelegentlich vorkommen (warum auch immer) Dann muss die .lock Datei im .git Verzeichnis des Projekts gelöscht werden. Dazu zuerst die Sichtbarkeit der versteckten systemdateien ermöglichen. Im Projektverzeichnis erscheint dann ein .git Verzeichnis (hier werden alle Versionen abgespeichert). in diesem Verzeichnis ligt eine Datei die im namen lock enthält. Diese muss gelöscht werden. dann erneut graphisch oder auf der Kommandozeite mit git add --all Die Dateien makrieren und git commit -m "First commit" vommitten.

[seegerkonstantin]

Mit dem neuen Theme (gisma-courses/hugo-theme-cleanwhite-gc) erstellt sich bei mir im Website-Ordner kein "docs" Ordner mehr und der "public" Ordner erstellt sich immer wieder von neu, obwohl ich als publishDir docs eingestellt habe. Auf Github wird bei mir somit auch keine Webseite erstellt.

[gisma]

Sonderbar ich pull mir das später und ein schau Mal rein. EDIT: @seegerkonstantin Es ist nur einTippfehler es fehlt das b in publishDir

[Muenchj4]

@gisma Trying to build site with blogdown failed. Following error occured: Rendering content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd... Done. Rendering content/post/2021-10-20-cat-1/index.Rmd... Quitting from lines 65-66 (index.Rmd) Fehler in file(con, "rb") : kann Verbindung nicht öffnen Ruft auf: local ... paste0 -> base64_encode -> read_bin -> readBin -> file Ausführung angehalten Error: Failed to render content/post/2021-10-20-cat-1/index.Rmd How can I handle this problem?

[Muenchj4]

@gisma Ich habe nun versucht, mein blogdown ohne Ihr gisma-courses repository in hugo zu erstellen. Deshalb kann ich aber auch nicht nach gisma-courses pushen. Gibt es einen Weg, das manuell auf Ihr Verzeichnis zu schieben?

[Muenchj4]

@gisma Ich schicke Ihnen einmal mein config.yaml, denn er sagt immer mein Fehler käme in Zeile 65-66:

baseurl: 'https://github.com/Muenchj4/micro_climate_project'
title: 'micro_climate_project'
pulishDir: 'docs'
theme: hugo-theme-cleanwhite-gc
languageCode: en-us
disqusShortname: ''
googleAnalytics: ''
preserveTaxonomyNames: yes
paginate: 5
hasCJKLanguage: yes
outputs:
  home:
    - HTML
    - RSS
    - Algolia
params:
  SEOTitle: my Seotitle
  about_me: no
  addtional_menus:
    - href: /top/archive/
      title: CONTENT
  algolia:
    params:
      - categories
      - tags
    vars:
      - title
      - summary
      - date
      - publishdate
      - expirydate
      - permalink
  algolia_apiKey: ''
  algolia_appId: ''
  algolia_indexName: ''
  algolia_search: no
  ba_track_id: ''
  bookmark_link:
    - href: ''
      title: ''
  bookmarks: yes
  description: my description
  disqus_proxy: ''
  disqus_site: ''
  featured_condition_size: 1
  featured_tags: yes
  friend_link:
    - href: ''
      title: ''
  friends: no
  header_image: img/home-header.jpg
  image_404: img/404-bg.jpg
  keyword: my key words
  leancloud_app_id: ''
  leancloud_app_key: ''
  omit_categories: no
  page_view_conter: no
  reward: no
  sidebar_about_description: ''
  sidebar_avatar: ''
  slogan: ''
  social:
    email: youremail@gmail.com
    github: https://github.com/yourgithub
 Z65 title_404: :(
Z66 outputFormats:
  Algolia:
    baseName: algolia
    isPlainText: yes
    mediaType: application/json
    notAlternative: yes
markup:
  highlight:
    style: dracula
  tableOfContents:
    endLevel: 3
    startLevel: 1

Ich habe die beiden problematischen Zeilennummern daneben geschrieben. Was mir seltsam vorkommt, ist vor allem Z65: Dieser Begriff title_404 erinnert mich an den Fehler in der Dokumentation, wo auch die Nummer 404 auftrat. Außerdem finde ich eine einzelne offene Klammer ohne Inhalt und ohne Klammer zu seltsam. Habe ich hier etwas nicht richtig verstanden oder nicht richtig eingegeben?

[gisma]

Die Zeile github: https://github.com/yourgithub muss ersetzt werden und zwar muss yourgithub ersetzt werden mit ihrmen repo namen.

[Muenchj4]

@gisma Habe ich jetzt in dieser Weise gemacht:

baseurl: 'https://Muenchj4/github.com/GIS_Project'
title: 'micro_climate_project'
pulishDir: 'docs'
theme: hugo-theme-cleanwhite-gc
languageCode: en-us
disqusShortname: ''
googleAnalytics: ''
preserveTaxonomyNames: yes
paginate: 5
hasCJKLanguage: yes
outputs:
  home:
    - HTML
    - RSS
    - Algolia
params:
  SEOTitle: my Seotitle
  about_me: no
  addtional_menus:
    - href: /top/archive/
      title: CONTENT
  algolia:
    params:
      - categories
      - tags
    vars:
      - title
      - summary
      - date
      - publishdate
      - expirydate
      - permalink
  algolia_apiKey: ''
  algolia_appId: ''
  algolia_indexName: ''
  algolia_search: no
  ba_track_id: ''
  bookmark_link:
    - href: ''
      title: ''
  bookmarks: yes
  description: my description
  disqus_proxy: ''
  disqus_site: ''
  featured_condition_size: 1
  featured_tags: yes
  friend_link:
    - href: ''
      title: ''
  friends: no
  header_image: img/home-header.jpg
  image_404: img/404-bg.jpg
  keyword: my key words
  leancloud_app_id: ''
  leancloud_app_key: ''
  omit_categories: no
  page_view_conter: no
  reward: no
  sidebar_about_description: ''
  sidebar_avatar: ''
  slogan: ''
  social:
    email: Muenchj4@students.uni-marburg.de
    github: https://github.com/Muenchj4/GIS_Project
  title_404: :(
outputFormats:
  Algolia:
    baseName: algolia
    isPlainText: yes
    mediaType: application/json
    notAlternative: yes
markup:
  highlight:
    style: dracula
  tableOfContents:
    endLevel: 3
    startLevel: 1

Es kommt jedoch immer noch der gleiche Fehler bei den Zeilen 65 und 66: blogdown::build_site(build_rmd = TRUE) Rendering content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd... Done. Rendering content/post/2021-10-20-cat-1/index.Rmd... Quitting from lines 65-66 (index.Rmd) Fehler in file(con, "rb") : kann Verbindung nicht öffnen Ruft auf: local ... paste0 -> base64_encode -> read_bin -> readBin -> file Ausführung angehalten Error: Failed to render content/post/2021-10-20-cat-1/index.Rmd

[Muenchj4]

@gisma hängt das nicht mit der seltsamen Zeichenfolge "title_404: :(" in Zeile 65 zusammen?

[gisma]

Hallo Herr Münche versuchen Sie es mal mit dem nachfolgnden yaml file. Einfach markieren und über ihres drüber kopeiren @Muenchj4

ACHTUNG ich habe es nochmal gefixt

baseurl: https://muenchj4.github.io/GIS_Project
publishDir: docs
title: MicroClimate Project
theme: hugo-theme-cleanwhite
ignoreFiles: ["\\.Rmd$", "\\.Rmarkdown$", "_cache$"]
taxonomies:
  category: categories
  tag: tags
  author: authorsS
languageCode: en-us^
disqusShortname: ''
googleAnalytics: ''
preserveTaxonomyNames: yes
#paginate: 10
hasCJKLanguage: yes
outputs:
  home:
    - HTML
    - RSS
    - Algolia
params:
  SEOTitle: your title
  about_me: no
  addtional_menus:
    - href: /top/archive/
      title: CONTENT
#    - href: /top/about/
#      title: About
  algolia:
    params:
      - categories
      - tags
    vars:
      - title
      - summary
      - date
      - publishdate
      - expirydate
      - permalink
  algolia_apiKey: ''
  algolia_appId: ''
  algolia_indexName: ''
  algolia_search: no
  ba_track_id: ''
  bookmark_link:
    - href: http://www.uni-marburg.de/en
      title: Philipps-University Marburg
  featured_condition_size: 0
  featured_tags: yes
  friend_link:
    - href: ''
      title: '' 
  friends: false
  bookmarks: false
  header_image: img/home-header.jpg
  image_404: img/404-bg.jpg
  keyword: muench
  leancloud_app_id: ''
  leancloud_app_key: ''
  omit_categories: no
  page_view_conter: no
  reward: no
  sidebar_about_description:  ''
  sidebar_avatar: /assets/images/authors/logo.png
  slogan: 
  social:
  email: muenchj4@students.uni-marburg.de
  github: https://github.com/muenchj4
  linkedin: no
  rss: yes
  stackoverflow : no
  wechat: no
  title_404:  :(
  MathJaxCDN: //cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs
  MathJaxVersion: 2.7.5
markup:
  defaultMarkdownHandler: goldmark
  goldmark:
    extensions:
      footnote: true
    renderer:
      unsafe: yes
  tableOfContents:
    startLevel: 2
    endLevel: 4      
outputFormats:
  Algolia:
    baseName: algolia
    isPlainText: yes
    mediaType: application/json
    notAlternative: yes 

[Muenchj4]

Hallo Herr Reudenbach, danke für den Vorschlag. Ich werde es morgen früh ausprobieren und
Ihnen anschließend Bescheid geben. Gruß J. Münch

Zitat von Chris Reudenbach @.***>:

Hallo Herr Münche versuchen Sie es mal mit dem nachfolgnden yaml
file. Einfach markieren und über ihres drüber kopeiren

baseurl: https://muenchj4.github.io/gi-modules/GIS_Project
publishDir: docs
title: MicroClimate Project
theme: hugo-theme-cleanwhite
ignoreFiles: ["\\.Rmd$", "\\.Rmarkdown$", "_cache$"]
taxonomies:
  category: categories
  tag: tags
  author: authorsS
languageCode: en-us^
disqusShortname: ''
googleAnalytics: ''
preserveTaxonomyNames: yes
#paginate: 10
hasCJKLanguage: yes
outputs:
  home:
    - HTML
    - RSS
    - Algolia
params:
  SEOTitle: your title
  about_me: no
  addtional_menus:
    - href: /top/archive/
      title: CONTENT
#    - href: /top/about/
#      title: About
  algolia:
    params:
      - categories
      - tags
    vars:
      - title
      - summary
      - date
      - publishdate
      - expirydate
      - permalink
  algolia_apiKey: ''
  algolia_appId: ''
  algolia_indexName: ''
  algolia_search: no
  ba_track_id: ''
  bookmark_link:
    - href: http://www.uni-marburg.de/en
      title: Philipps-University Marburg
  featured_condition_size: 0
  featured_tags: yes
  friend_link:
    - href: ''
      title: ''
  friends: false
  bookmarks: false
  header_image: img/home-header.jpg
  image_404: img/404-bg.jpg
  keyword: muench
  leancloud_app_id: ''
  leancloud_app_key: ''
  omit_categories: no
  page_view_conter: no
  reward: no
  sidebar_about_description:  ''
  sidebar_avatar: /assets/images/authors/logo.png
  slogan:
  social:
  email: ***@***.***
  github: https://github.com/muenchj4
  linkedin: no
  rss: yes
  stackoverflow : no
  wechat: no
  title_404:  :(
  MathJaxCDN: //cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs
  MathJaxVersion: 2.7.5
markup:
  defaultMarkdownHandler: goldmark
  goldmark:
    extensions:
      footnote: true
    renderer:
      unsafe: yes
  tableOfContents:
    startLevel: 2
    endLevel: 4
outputFormats:
  Algolia:
    baseName: algolia
    isPlainText: yes
    mediaType: application/json
    notAlternative: yes

-- Reply to this email directly or view it on GitHub: https://github.com/gisma-courses/gi-modules/issues/1#issuecomment-1024731117 You are receiving this because you commented.

Message ID: @.***>

[Muenchj4]

Ich habe es jetzt versucht. Zuerst kam der bekannte Fehler mit Zeile 65-55. Dann habe ich noch einmal alles mit "save" zwischengespeichert und erneut versucht eine Seite zu erstellen. Nun kam folgender Fehler: Error in yaml.load(readLines(con), error.label = error.label, ...) : (config.yaml) Scanner error: mapping values are not allowed in this context at line 84, column 18 In addition: Warning message: In readLines(con) : incomplete final line found on 'config.yaml' Dann habe ich dafür gesorgt, dass die Zeile 84 nicht mehr eingerückt ist und das fehlende b in publishDir eingefügt. Nun kam folgende Fehlermeldung: Rendering content/post/2020-12-01-r-rmarkdown/index.Rmd... Done. Rendering content/post/2021-10-20-cat-1/index.Rmd... Quitting from lines 65-66 (index.Rmd) Fehler in file(con, "rb") : kann Verbindung nicht öffnen Ruft auf: local ... paste0 -> base64_encode -> read_bin -> readBin -> file Ausführung angehalten Error: Failed to render content/post/2021-10-20-cat-1/index.Rmd In addition: Warning message: In readLines(con) : incomplete final line found on 'config.yaml'