TIMP is an R package for fitting superposition models that implements the partitioned variable projection algorithm. The package has been extensively applied to modeling spectroscopy and Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy (FLIM) datasets. This is the git managed codebase of the r-forge TIMP project.
Using the
stylerpackage, ran from the R-studio add-in on the entire package.Auto-formatting changes only!
Change summary
Detail changes as reported by styler
```R > styler:::style_active_pkg() Using style transformers `styler::tidyverse_style()` Styling 175 files: R/addDscal.R ℹ R/addOutlierWeights.R ℹ R/addPrel.R ℹ R/addPrelCl.R ℹ R/amp.R ℹ R/applyKinScalSpecialFun.R ℹ R/applyWeightingModel.R ℹ R/barplot3.R ℹ R/baseCorlambda.R ℹ R/baseCortime.R ℹ R/baseIRF.R ℹ R/calcAniSignal.R ℹ R/calcB.R ℹ R/calcC.R ℹ R/calcCirf.R ℹ R/calcD.R ℹ R/calcEbspline.R ℹ R/calcEhiergaus.R ℹ R/compCoh.R ℹ R/compModel.R ℹ R/compModelMass.R ℹ R/compOsc.R ℹ R/convGausExp.R ℹ R/convolveUnitStep.R ℹ R/dat.R ℹ R/diffAdd.R ℹ R/diffChange.R ℹ R/diffFree.R ℹ R/diffRel.R ℹ R/diffRemove.R ℹ R/displayEst.R ℹ R/divergeZimage.R ℹ R/doClpConstr.R ℹ R/doConstrSuper.R ℹ R/doSVD.R ℹ R/doubleDiff.R ℹ R/efit2file.R ℹ R/examineFit.R ℹ R/fillK.R ℹ R/fillResult.R ℹ R/fit.R ℹ R/fitModel.R ℹ R/fullKF.R ℹ R/gaus.R ℹ R/getAniA.R ℹ R/getAniK.R ℹ R/getAnisotropy.R ℹ R/getAniSuper.R ℹ R/getAutoClp0.R ℹ R/getClpConstr.R ℹ R/getCoh.R ℹ R/getCohToPlot.R ℹ R/getConstrained.R ℹ R/getConToPlot.R ℹ R/getDiffTheta.R ℹ R/getDiffThetaChange.R ℹ R/getDiffThetaCl.R ℹ R/getDiffThetaClChange.R ℹ R/getFixed.R ℹ R/getGroups.R ℹ R/getJac.R ℹ R/getKinConcen.R ℹ R/getLightDiff.R ℹ R/getModel.R ℹ R/getMvec.R ℹ R/getOsc.R ℹ R/getPar.R ℹ R/getPrel.R ℹ R/getPrelBetweenDatasets.R ℹ R/getPrelTheta.R ℹ R/getResid.R ℹ R/getResidRet.R ℹ R/getResults.R ℹ R/getSelectedTracesMax.R ℹ R/getSpecList.R ℹ R/getSpecToPlot.R ℹ R/getStartTri.R ℹ R/getStdErrClp.R ℹ R/getStreakBacksweep.R ℹ R/getTheta.R ℹ R/getThetaCl.R ℹ R/getXList.R ℹ R/getXsuper.R ℹ R/init.dat.R ℹ R/init.fit.R ℹ R/init.multimodel.R ℹ R/init.multitheta.R ℹ R/init.opt.R ℹ R/init.res.R ℹ R/init.theta.R ℹ R/initModel.R ℹ R/initModellist.R ℹ R/initOneModel.R ℹ R/irfparF.R ℹ R/jacobian.R ℹ R/kin.R ℹ R/kinopt.R ℹ R/l2nu.R ℹ R/linloglines.R ℹ R/linlogplot.R ℹ R/linlogtics.R ℹ R/mass.R ℹ R/massopt.R ℹ R/matlinlogplot.R ℹ R/modifyModel.R ℹ R/multiLin.R ℹ R/multimodel.R ℹ R/multitheta.R ℹ R/normdat.R ℹ R/opt.R ℹ R/outlierCorr.R ℹ R/plotClp.R ℹ R/plotFLIM.R ℹ R/plotFLIMresid.R ℹ R/plotKinBreakDown.R ℹ R/plotKinSpecEst.R ℹ R/plotMassSpec.R ℹ R/plotResids.R ℹ R/plotSpecKin.R ℹ R/plotSpectraSuper.R ℹ R/plotTracesResids.R ℹ R/plotTracesSuper.R ℹ R/plotTri.R ℹ R/preProcess.R ℹ R/processOrder.R ℹ R/readclp0.R ℹ R/readData.R ℹ R/res.R ℹ R/rescomp.R ℹ R/sample_sel.R ℹ R/scaleConList.R ℹ R/set_getClpindepX_amp.R ℹ R/set_getClpindepX_kin.R ℹ R/set_getClpindepX_mass.R ℹ R/set_getClpindepX_spec.R ℹ R/set_initModelClass_amp.R ℹ R/set_initModelClass_kin.R ℹ R/set_initModelClass_mass.R ℹ R/set_initModelClass_spec.R ℹ R/set_plotter_kin.R ℹ R/set_plotter_mass.R ℹ R/set_plotter_spec.R ℹ R/set_residPart_amp.R ℹ R/set_residPart_kin.R ℹ R/set_residPart_mass.R ℹ R/set_residPart_spec.R ℹ R/setGenerics.R ℹ R/simndecay_gen.R ℹ R/simpExp.R ℹ R/simpPol.R ℹ R/skew.R ℹ R/spec.R ℹ R/specModel.R ℹ R/specopt.R ℹ R/specparF.R ℹ R/sumKinSpecEst.R ℹ R/summary.R ℹ R/superLogistic.R ℹ R/theta.R ℹ R/triResolve.R ℹ R/unitstep.R ℹ R/weightNL.R ℹ R/weightPsi.R ℹ R/weightSM.R ℹ R/writeAverage.R ℹ R/writeData.R ℹ R/writeEst.R ℹ R/writeFit.R ℹ R/zzz.R ℹ tests/example2nd.R ℹ tests/kin_sim_large_script.R ℹ tests/kin_simple_ir_script.R ℹ tests/kin_simple_visible_script.R ℹ tests/kin_target_script.R ℹ tests/spectral_script.R ℹ ──────────────────────────────────────── Status Count Legend ✔ 0 File unchanged. ℹ 175 File changed. ✖ 0 Styling threw an error. ──────────────────────────────────────── Please review the changes carefully! ```Checklist