対応できていない修飾

[e15d5605]

バージョン更新時のWURCSを用いた可視化検証で対応できていなかった修飾の例を示す

20210513 (ver. 1.12.0 検証)

• *OSO

  WURCS=2.0/6,7,6/[a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_4*OSO][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_4*OSO]/1-2-3-2-4-5-6/a6-b1_b6-c1_c6-d1_d6-e1_e6-f1_f6-g1

• *=NO

  WURCS=2.0/2,2,1/[A212h_1-5*N*_1*=NO][a212h-1b_1-5]/1-2/a4-b1

• *OCN/3=O

  WURCS=2.0/2,2,1/[a1121h-1a_1-5][a1122h-1a_1-5_3*OCN/3=O]/1-2/a2-b1

• *NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2/a4-b1

• *OCCCCCCCCCC/3=O

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_6*OCCCCCCCCCC/3=O]/1-2/a1-b1

• *SC

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_4*SC]/1-2/a4-b1*S*

• *OC^RCN/4=O/3C

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_3*OC^RCN/4=O/3C][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1

• *NCC/3C

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122m-1b_1-5_4*N][ad21h-1a_1-5_3*OC_4*NCC/3C]/1-2/a2-b1

• *OCC#C

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_3*OCC#C]/1-2/a4-b1

• *OC(C^EC^EC^EC^ZC^ZC^E$4)/6OC

  WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_1*N_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_3*OC(C^EC^EC^EC^ZC^ZC^E$4)/6OC]/1-2/a4-b1

• *S* 厳密には脱酸素を伴う架橋修飾で*S*自体には対応している\ 架橋修飾のLinkageTypeでSkeletonCodeの構成が変化することを想定できていなかった

WURCS=2.0/2,2,1/[a2622h-1b_1-5_1*S][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1*S*

• *CCO

  WURCS=2.0/2,3,2/[a1122h-1a_1-5_2*CCO][a1122h-1a_1-5]/1-2-2/a3-b1_a6-c1

• *NC^SC^SC^SC^RC^RCO/7C$3/6O/5O/4O

  WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RC^RCO/7C$3/6O/5O/4O]/1-1-2/a4-b1_b4-c1

• *NC/2C/2C

  WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NC/2C/2C]/1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1

• *NCCC^RCCCCCCCCCCC/5O/3=O

  WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1a_1-5_2*NCCC^RCCCCCCCCCCC/5O/3=O_3*OC^RCC^RCCCCCCCCCCC/5O/3O][a2122h-1b_1-5_2*NC^SCC^ROCCCCC/7=O/5CCCCCCCC/3O_4*OPO/3O/3=O][Aad1122h-2a_2-6]/1-2-3/a6-b1_b6-c2

GlycanBuilderでは対応が難しいと思われる置換基

以下の修飾は結合時の分子の状態でMAPの構成が変化する置換基である\ 現状ではこれらの構造情報による多様性を正確に可視化することや, イメージからMAPを正確に再現することは難しい

• *1OP^RO*2/3O/3=O

  WURCS=2.0/3,3,2/[ha122h-2b_2-5][a2212h-1a_1-5][a211h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_a4n1-c2n2*1OP^RO*2/3O/3=O

• *1OC^RO*2/3CO/6=O/3C

  WURCS=2.0/5,12,11/[a2112h-1b_1-5][a2122A-1b_1-5][a2122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5_4n2-6n1*1OC^RO*2/3CO/6=O/3C]/1-2-3-4-1-2-3-4-4-5-4-5/a3-b1_b3-c1_b4-k1_c3-d1_d2-e1_e3-f1_f3-g1_f4-i1_g3-h1_i2-j1_k2-l1

• *1OC^RC^RC^SC^SN*2/6C=^ZCCO/10$3/5O/4O

  WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5][a2122m-1a_1-5_4*NC^SC^SC^SC^RCCO/7=^ZC$3/6O/5O/4O]/1-2-1-3/a4-b1_b4n2-c1n1*1OC^RC^RC^SC^SN*2/6C=^ZCCO/10$3/5O/4O_c4-d1

また, 以下の*PO/2O/2=Oは構造上不適切な状態であるものとして例外判定が行われている

• *PO/2O/2=O

  WURCS=2.0/2,2,1/[h12122h_2-6_1*PO/2O/2=O][a2122h-1a_1-5]/1-2/a5-b1

[yamadaissaku]

https://glytoucan.org/Structures/Glycans/G37502KU　この構造の修飾は対応できてますか？ @e15d5605