Open e15d5605 opened 2 years ago
Nested repeating structure
Output WURCS
WURCS=2.0/2,7,7+/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5_4]/1-1-1-1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_a1-d4~n_f4~n
繰り返し構造のネストを描画してWURCSへの変換を試みたが結合情報が正しくパースできていないことを確認した\ 以下の繰り返し部位の単糖のIDが正しくないことや
f4~n a1-d4~n
f4~n
a1-d4~n
f-gに該当する左側の2糖の結合が消失している\ この糖鎖構造は6箇所の単糖間の結合と2箇所の繰り返し部位で構成されることから、結合数は8と考えられるが\ 出力されたWURCSの結合数は7になっていた\ 結合情報に+が併記されていることから、どこかの結合情報が糖鎖から独立した状態になっていると考えられる\
+
また、単糖に正しくない情報が含まれている
a2122h-1a_1-5_4
_4という情報が置換基として扱われていることから、繰り返し構造の情報（f4~n）が正しく扱われていないことが原因か
_4
正しいと（思われるWURCS）
WURCS=2.0/1,7,8/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_b1-e4~n_b1-f4~n
Nested repeating structure
Output WURCS
繰り返し構造のネストを描画してWURCSへの変換を試みたが結合情報が正しくパースできていないことを確認した\ 以下の繰り返し部位の単糖のIDが正しくないことや
f-gに該当する左側の2糖の結合が消失している\ この糖鎖構造は6箇所の単糖間の結合と2箇所の繰り返し部位で構成されることから、結合数は8と考えられるが\ 出力されたWURCSの結合数は7になっていた\ 結合情報に
+が併記されていることから、どこかの結合情報が糖鎖から独立した状態になっていると考えられる\また、単糖に正しくない情報が含まれている
_4という情報が置換基として扱われていることから、繰り返し構造の情報（f4~n）が正しく扱われていないことが原因か正しいと（思われるWURCS）