search

glycoinfo / GlycanBuilder2

7 stars 5 forks source link

特定の単糖のSkeletonCodeをパースする処理の修正 #5

Open e15d5605 opened 4 years ago

e15d5605 commented 4 years ago

概要

新たに追加されたPseなどの単糖のResidueCodeを正確にパースすることができない.
単糖のパースはGREのもつ単糖情報から単糖のIUPAC名を定義し, 変換されたIUPAC名がGlycanBuilderの単糖辞書に含まれているか確認する作業を挟む.

WURCSの読み込みではGRESToTrivialNameでIUPAC名を定義するが
この処理は古く, すでにより複雑な単糖の読み込みに対応したTrivialNameConverterが実装されている.
TrivialNameConverterはGlycanFormatConverterのオブジェクトを用いる必要があり
そのオブジェクトはWURCSGraphからの変換が可能である.
したがって, より複雑な単糖をパースするために, GRESの読み込み処理を修正する必要がある.