GlycomeDBが保持している外部リンクをエントリーページに表示

[shinmachi]

GlycomeDB のRDFには、外部リンクが多く含まれている。ユーザーとしてGlycomeDBの外部リンクを知りたいという要望があった。

[shinmachi]

test.ts.glytoucan.orgでテスト

Insert queryを使って、以下の各DBのリンクがとれるようなトリプルを作成し、ロードした。

• Carbbank (CCSD)
• CFG
• Glycobase
• GLYCOSCIENCES.de
• KEGG
• PDB

ローカルでjs-stanzaを起動し、画面を確認、スタンザ単体で表示できていることを確認できた。

問題点

beta環境のGlyTouCanのエントリーページを見ることができない。 ローカル環境でも同様である。この問題の原因が不明。

気になる点

実際のエントリーページ上での表示 Carbbankなど該当するリンクがすごく多い場合の表示 また、そのアクセッション番号は何か？

今後の流れ(うまくいた場合）

• 該当するリンクがすごく多い場合の表示の確認(local)
• エントリーページの確認(local)
• エントリーページの確認(beta)
• 本番環境のVirtuosoにデータをロード(prod)
• エントリーページの確認(prod)

[shinmachi]

Carbbankなど該当するリンクがすごく多い場合の表示

Accession numberに対してのCarbbank IDの数を調べるSPARQLQuery http://test.ts.glytoucan.org/sparql

SELECT ?AccessionNumber (COUNT(DISTINCT  ?id ) as ?ids)
FROM <http://rdf.glytoucan.org>
FROM <http://rdf.glytoucan.org/core>
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/mapping/glytoucan/glycome-db>
FROM NAMED <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>
WHERE{
        # Glytoucan
        ?saccharide glytoucan:has_primary_id ?AccessionNumber.

        # From glytoucan to glycome-db 
        GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/mapping/glytoucan/glycome-db>{
        ?saccharide skos:exactMatch ?glycomedb .
        }
        # from glycome-db to Carbbank(CCSD)
        GRAPH <http://rdf.glycoinfo.org/glycome-db>{
        ?glycomedb glycan:has_resource_entry ?rEntry_url .
        ?rEntry_url glycan:in_glycan_database glycan:database_carbbank.
        ?rEntry_url dcterms:identifier ?id.
        BIND(STR(?id) AS ?rEntry_id)
        BIND(IRI(CONCAT("http://rdf.glycoinfo.org/carbbank/", ?rEntry_id)) AS ?rEntry_iri)
        }
}
order by desc(?ids)

以下が結果の一部

AccessionNumber ids
"G71142DF"  1765
"G48558GR"  640
"G91237TK"  478
"G46677TE"  350
"G98544DH"  320
"G79389NT"  305
"G81167ZQ"  298
"G01435GL"  284

多いものでは、1765のCarbbank IDが出るため、表示を工夫する必要が出てきた。

対策

• 対策として考えられるのは、各々のIDを表示する部分をフォームにして、スクロールで確認できるようにすること。

今後の大体の流れ

• 該当するリンクがすごく多い場合の表示の確認(local)
• スタンザの表示にフォームをつける・確認(local)　<=今ココ
• エントリーページの確認(local)
• エントリーページの確認(beta)
• 本番環境のVirtuosoにデータをロード(prod)
• エントリーページの確認(prod)

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今回のINSERT句を含めたドキュメント

• 本番環境に、ドキュメントに記述したINSERT句を使い、データをインサートした。 https://docs.google.com/document/d/1xl2f4SidWk7tVJcEsBBY5YOX5PUkkGtWjCr--ghcuc8/edit?usp=sharing 本番環境からでも、データが追加されたことも確認できた。