glytoucan / glytoucan.github.io

github pages for glytoucan source code on github
http://code.glytoucan.org
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number of monosaccharide on the top page #125

Open shinmachi opened 7 years ago

shinmachi commented 7 years ago

現在のsparqlでは、単糖が登録されていてもカウントに反映されない。理由としては、monosaccharideのタイプ付け処理をしたものが、<http://rdf.glytoucan.org/type/monosaccharide>に入っており、自動化がされていないため。

下のコードはstanzaのsparqlクエリ

  property :monosaccharidecount do
    query('http://test.ts.glytoucan.org/sparql', <<-SPARQL.strip_heredoc)
      #{@@prefix}
      SELECT (COUNT(DISTINCT ?AccessionNumber) AS ?num)
      #{@@from}
      WHERE {
        GRAPH <http://rdf.glytoucan.org/type/monosaccharide>{
          ?glycan a glycan:monosaccharide .
          ?glycan glytoucan:has_primary_id ?AccessionNumber .
        }
      }
    SPARQL
  end