Open yamadaissaku opened 6 years ago
正しくないGlycoCTの対処
UNDの例では、 "SubtreeLinkageID1:u(-1+1)u" この部分の書き方の問題です。 GlycoCTのマニュアル(Version 3)やGlycomeDBでは、 以下のように記載するルールになっています。
"SubtreeLinkageID1:o(-1+1)d"
参考までに、このようなデータは、 http://www.wurcs-wg.org/db/glycomedb/glycoctlist.php?q=SubtreeLinkageID&format=glycoct を見て頂ければわかると思います。
この問題は、先日の国際版バイオハッカソンの Julienさんのデータでもありました。
原因の一つは GlycanBuilderでUNDが必要な構造を書いてGlycoCTで出力すると "SubtreeLinkageID1:u(-1+1)u" が出力されることにあります。
GlycoCTのマニュアルに”u(-1+1)u"のようなLinkageの記載方法はなく GlycoCT Version4.x だとしても”o(-1+1)d"と”u(-1+1)u"は構造が異なる可能性が 否定できないのですが、Julienさんには”o(-1+1)d"に修正して頂き作業を進めました。
構造からしても”o(-1+1)d"と書くのが構造を描画した人の意図する構造で あると思うのですが、少し困った問題です。
この問題自体が、GlyTouCanのシステムでもおこるので なんとかする方法を検討すべきです。
正しくないGlycoCTの対処
UNDの例では、 "SubtreeLinkageID1:u(-1+1)u" この部分の書き方の問題です。 GlycoCTのマニュアル(Version 3)やGlycomeDBでは、 以下のように記載するルールになっています。
"SubtreeLinkageID1:o(-1+1)d"
参考までに、このようなデータは、 http://www.wurcs-wg.org/db/glycomedb/glycoctlist.php?q=SubtreeLinkageID&format=glycoct を見て頂ければわかると思います。
この問題は、先日の国際版バイオハッカソンの Julienさんのデータでもありました。
原因の一つは GlycanBuilderでUNDが必要な構造を書いてGlycoCTで出力すると "SubtreeLinkageID1:u(-1+1)u" が出力されることにあります。
GlycoCTのマニュアルに”u(-1+1)u"のようなLinkageの記載方法はなく GlycoCT Version4.x だとしても”o(-1+1)d"と”u(-1+1)u"は構造が異なる可能性が 否定できないのですが、Julienさんには”o(-1+1)d"に修正して頂き作業を進めました。
構造からしても”o(-1+1)d"と書くのが構造を描画した人の意図する構造で あると思うのですが、少し困った問題です。
この問題自体が、GlyTouCanのシステムでもおこるので なんとかする方法を検討すべきです。