[Subsumption修正] 現在の MonosaccharideComposition を適切なクラスに修正

[shinmachi]

MonosaccharideComposition (Level4a) -> Monosaccharide CompositionwithLinkage (Level 3)

compositionグラフ（http://rdf.glytoucan.org/composition）を調べると、全て Monosaccharide_composition_with_linkageだった。 現在のMonosacchariide_compositionクラスになっている糖鎖構造は、WURCSの文字列には０＋が含まれていない。

@prefix rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix ns1:    <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/> .
@prefix rocs:   <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/relation#> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G33543KS>    rocs:has_composition        <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G78676CI> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G78676CI>        rdf:type    rocs:Monosaccharide_composition .

上記のトリプルを以下のトリプルに修正する必要がある。

@prefix rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix ns1:    <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/> .
@prefix rocs:   <http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/relation#> .

<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G33543KS>    rocs:has_composition_with_linkage       <http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G78676CI> .
<http://rdf.glycoinfo.org/glycan/G78676CI>        rdf:type    rocs:Monosaccharide_composition_with_linkage .

修正箇所は２点

• 既存のトリプルを修正　(ここではグラフ名は変更しない。）
• 生成するプログラムを修正

[shinmachi]

gtc-wurcsの修正を行なった

• インサートするクラスを修正
  • MonosaccharideCompositionInsertSparql
• GRABに適切な情報を取得できるセレクトクエリに変更する
  • GRABSequenceSelectSparqlSubsumes
  • GRABSequenceSelectSparqlSubsumedBy
• バッチ処理の対象となると糖鎖を探すセレクトクエリの変更
  • CompositionConvertSelectSparql

SPARQLのInsert/delete文を作成した （テスト環境でSPARQLを実行できる状態）

次に、beta.glytoucan.orgで反映されているかどうかを確認する