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glytoucan / glytoucan.github.io

github pages for glytoucan source code on github
http://code.glytoucan.org
0 stars 1 forks source link

Topology visualization #42

Closed shinmachi closed 8 years ago

shinmachi commented 8 years ago

糖鎖構造間の関係性を可視化

aokinobu commented 8 years ago

batch process needed

aokinobu commented 8 years ago

analysis document

aokinobu commented 8 years ago

For the newly generated topology structures that are to be registered, the Contributor will be Administrator.

aokinobu commented 8 years ago

batch running on kurobako to point to this use ts change environment variable to: SPRING_TRIPLESTORE_URL=jdbc:virtuoso://fly.glycoinfo.org:1112

aokinobu commented 8 years ago

revised analysis document

aokinobu commented 8 years ago

http://fly.glycoinfo.org:90/ glytoucan on kuro

aokinobu commented 8 years ago

G00029MOがGlycosidic topologyを２つ持っている ->　完成 レベル2の認識によって自分自身をGlycosidic topologyとしてもっている糖鎖がある Subsumptionのテストではこのレベル2が通っていてエラーが出ないが、現在localhost:8080の中には表示されていない 徳永さん：レベル判定が間違ったG番号の一覧を松原さんへ

リピート構造と環状構造は対象外にする

aokinobu commented 8 years ago

ミーティングノート

Validationの問題：現状のValidation方法では、new WurcsFactoryに任せているけど、Cyclicの場合、WurcsFactoryが違うWURCSを出力しているので、複数のTopologyを登録してしまっている。

更に、登録されたTopologyのTopologyを確認する時、違うWURCSを生成し、無限ループになってしまう現象が起きている？

他の構造が複数のTopologyを登録している、同じようなValidationの問題かどうかを確認中： PREFIX glytoucan: http://www.glytoucan.org/glyco/owl/glytoucan# Prefix rocs: http://www.glycoinfo.org/glyco/owl/relation# SELECT ?out count(?s) WHERE {?s a rocs:Glycosidic_topology . ?out rocs:has_topology ?s . } group by ?out having count(?s) > 1 limit 100

aokinobu commented 8 years ago

問題なるWURCSをこのチェッカーで確認できます：http://wurcs-wg.org/tool/WURCSchecker.php

aokinobu commented 8 years ago

同じWURCSなのに、複数のAccessionNumberの現象も起きていた。確認中。

aokinobu commented 8 years ago

(上の問題はWURCSのCyclic問題ーCyclicを無視するようになっています) released