snakemake解锁志

[gmgitx]

https://github.com/gmgitx/BLOG_natural_science/issues/2

[gmgitx]

安装:blush:

#通过使用conda安装（Miniconda已经安装，装的3），解决软解依赖问题

#要求通过Miniconda安装Python 3 ，okay先查看目前环境所用python版本 conda search "^python$" #此处省去上上边现实的很多，part:

python                    3.6.4      hc3d631a_1  pkgs/main
python                    3.6.4      hc3d631a_3  pkgs/main
python                    3.6.5      hc3d631a_0  pkgs/main
python                    3.6.5      hc3d631a_1  pkgs/main
python                    3.6.5      hc3d631a_2  pkgs/main
python                    3.6.6      hc3d631a_0  pkgs/main
python                    3.7.0      hc3d631a_0  pkgs/main

#1是要求，2是现有，so, 准备装个3.7的虚拟环境。一定要指定python版本，否则直接global python版本。:confused:_那其它的呢？_并且把安装的依赖包全部放在global env下面，不利于你对python虚拟环境的隔离？？？__

#创建环境 conda create --name EnvPy37 python=3.7 #安装3.7是因为亚版本

#检查已有环境 conda info --envs

#激活环境 source activate EnvPy37

#安装Snakemake conda install -c bioconda -c conda-forge snakemake :confused:安装过程中需要确认更新一些包，有pip，我需要换个确定一下是否影响到了另一个环境的版本

The following packages will be UPDATED:_

    ca-certificates:          2018.03.07-0                      --> 2018.8.24-ha4d7672_0 conda-forge
    certifi:                  2018.8.24-py37_1                  --> 2018.8.24-py36_1     conda-forge
    openssl:                  1.0.2p-h14c3975_0                 --> 1.0.2p-h470a237_0    conda-forge
    pip:                      10.0.1-py37_0                     --> 18.0-py36_1          conda-forge
    setuptools:               40.2.0-py37_0                     --> 40.2.0-py36_0        conda-forge
    wheel:                    0.31.1-py37_0                     --> 0.31.1-py36_1        conda-forge

The following packages will be DOWNGRADED:_

    python:                   3.7.0-hc3d631a_0                  --> 3.6.6-h5001a0f_0     conda-forge

Proceed ([y]/n)? y

验证得知，这种情况下，虚拟环境之间，互不影响:stuck_out_tongue:

#退出环境 source deactivate

使用:blush:

[gmgitx]

Writing a RNA-Seq workflow with snakemake

[gmgitx]

Snakemake是用Python3写的一个工具，模仿makefile的格式，注意各个步骤的依赖关系，先后顺序。

三个重要概念：

• input files， 定义了输入文件
• output files， 定义了输出文件
• rules，定义了输入文件生成输出文件过程

[gmgitx]

如何半路使用？

[gmgitx]

Snakemake Pipelines #snakeparse

[gmgitx]

Snakemake—a scalable bioinformatics workflow engine