atoms vs. residues - Githubissues

goncalojustino / md_code

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atoms vs. residues #1

Open goncalojustino opened 4 years ago

goncalojustino commented 4 years ago

https://github.com/goncalojustino/md_code/blob/a345179fdf8d88e8f52278482469d9368ebff550/distancia_fe3.py#L15

a ideia é calcular distâncias a UM atomo de metal especifico, neste caso vai ter que ser resname FE3 e atom name adequado.

noutros residuos de metal p.ex. VO vai ser preciso considerar apenas o atomo de V para o centro das distancias e O nao.

ParkKatrin commented 4 years ago

Terei então de adicionar ai o seu resid Entao talvez seria mais facil escrever apenas basic = universe.select_atoms("not resname SOL or not name C or not name H") e mais a baixo, na seleção fazer como foi feito no trabalho anterior e por algo do estilo : acid[i].atoms.FE3.position ?

goncalojustino commented 4 years ago

Ou entao algo como: resname FE3 and name FE que depois dava, nos outros casos: resname [V3/VO/VO2/VO4] and name [V3/V4/V]