search

gpertea / stringtie

Transcript assembly and quantification for RNA-Seq
MIT License
378 stars 78 forks source link

The visualization found that there are counts comparison on my gene but the quantitative result is 0 #253

Open pynie1 opened 4 years ago

pynie1 commented 4 years ago

Hi, I focus on a gene(position:2:12102598-121150092, ENSG_ID:2:12102598-121150092) of rat and I found there are reads coverage on my gene region when I visualize my bam files of sample T04 and T05.Howerve, the count of sample T04 and T05 is zero in Total_gene_count.csv after prepDE.py.I don't known why.Can you help me? Below is the part of visualization using samtools tview T04.bam rat_rnor6.0.fa

   12102601  12102611  12102621  12102631  12102641  12102651  12102661  12102671  12102681  12102691  12102701  12102711  12102721  12102731  12102741  12102751  12102761  12102771  12102781  12102791
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGGGAGCGGACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
.............................................................................................................................................................................................................
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
GGTGGTC CCGAGGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGT    GGGAGGCCGAGTCGGGAGCGGACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
GGTGGTC CCGAGGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGT              GTCGGGAGCGGACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
GG  GTCCCCGAGGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGG  GTGGAAGGGAGGCCGAGTCGGGAGCGGACGAGGAGAGCCGAGCATCAGA
gg  GTCCCCGAGGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGG                    CGGGAGCGGACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
gg  GTCCCCGAGGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGG                    CGGGAGCGGACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
GGTGGTC ccgaggccgtggaggttggtggctgttgagcggttctcgtggtaaagtccttgagcggaacacctctgtcggaagagaaaatgagtttagctctgaggtcggtaacgaggaggccgcgcctccg    ccagaggggccagggagggcgtggaagggaggccgagtcgggagcggacgaggagtgccgagcatcaga
GGTGGTCC cgaggccgtggaggttggtggctgttgagcggttctcgtggtaaagtccttgagcggaacacctctgtcggaagagaaaatgagtttagctctgaggtcggtaacgaggaggccgcgcctccgttccccagaggggccagggagggcgtg               cgggagcggacgaggagtgccgagcatcaga
ggtggtccccg GGCCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTG                gggagcggacgaggagtgccgagcatcaga
ggtggtccccgag CCGTGGAGGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGG            ggagcggacgaggagtgccgagcatcaga
ggtggtccccgaggccgtgg GGTTGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGG            CGGACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGG TGGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGT      cggacgaggagtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGG  GGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTC     cggacgaggagtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGG  GGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTC       GACGAGGAGTGCCGAGCATCAGA
ggtggtccccgaggccgtggagg  GGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTC          gaggagtgccgagcatcaga
ggtggtccccgaggccgtggagg  GGTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTC              agtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT  GTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCT>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT  GTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCG             agtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT  GTGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCG              gtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT   TGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTT*CCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGGG            gtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT   TGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGG             gtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT   TGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGG             gtgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT   TGGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGG              tgccgagcatcaga
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGT   tggctgttgagcggttctcgtggtaaagtccttgagcggaacacct<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<
GGTGGTCCCCGAGGCCGTGGAGGTT   GGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGG               gccgagcatcaga
ggtggtccccgaggccgtggaggttg  GGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGGG               CCGAGCATCAGA
ggtggtccccgaggccgtggaggttg  GGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGGG                  agcatcaga
ggtggtccccgaggccgtggaggttg  GGCTGTTGAGCGGTTCTCGTGGTAAAGTCCTTGAGCGGAACACCTCTGTCGGAAGAGAAAATGAGTTTAGCTCTGAGGTCGGTAACGAGGAGGCCGCGCCTCCGTTCCCCAGAGGGGCCAGGGAGGGCGTGGAAGGGAGGCCGAGTCGGG                   gcatcaga

As you see,there are many reads on this region in sample T04. But, the counts in gene_count,csv generated by prepDE.py is zero.

#ID L01 L02 L03 L04 L05 L06 L07 L08 L09
ENSRNOG00000048563  1702    1449    1827    0   0   1780    1893    2233    2100

I am very confused. Looking forward to reply. Thanks.

Zhang-lolo commented 4 years ago

hello,have you ever solved this problem? i meet the similiar problem (when i estimate FPKM ,i found some gene acturally have reads cover ,but the output file found 0)

gpertea commented 4 years ago

This might be related to multi-mapping, if those reads align to other places in the genome -- and there are no unique mappings to that particular gene/transcript, such situations can happen. What are the mapping quality values reported for the SAM records of those alignments (the 5th column) ? The NH tag values should also show how many places those reads were found to align. Posting a BAM file with just the read alignments from that region could help with the investigation of cases like these.

Zhang-lolo commented 4 years ago

Thanks for your answer. what i have reads is not multi cover and MapQ=60(unique value ,i use STAR).It looks like the following A00199:312:HJFJ5DSXX:3:1176:19542:34021 163 chr1A_part1 111053 60 109M38370N39M2S = 111053 38518 TGGAAAGGGGCGCCTGGGAGGGTGAGAGCCCCGTCCGGCCCGGACCCTGTCGCCCCACGAGGCGCCGTCAACGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAATCGGGCGGTAGACTCCGTCCAAGGCTAAATACAGGCGAGAGACCGAAG FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFF:F NH:i:1 HI:i:1 AS:i:296 nM:i:0 NM:i:0 MD:Z:148 jM:B:c,21 jI:B:i,111162,149531 XS:A:+ A00199:312:HJFJ5DSXX:3:1176:19542:34021 83 chr1A_part1 111053 60 2S109M38370N39M = 111053 -38518 CTTGGAAAGGGGCGCCTGGGAGGGTGAGAGCCCCGTCCGGCCCGGACCCTGTCGCCCCACGAGGCGCCGTCAACGAGTCGGGTTGTTTGGGAATGCAGCCCAAATCGGGCGGTAGACTCCGTCCAAGGCTAAATACAGGCGAGAGACCGA FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF,:FFFF,FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF:FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF NH:i:1 HI:i:1 AS:i:296 nM:i:0 NM:i:0 MD:Z:148 jM:B:c,21 jI:B:i,111162,149531 XS:A:+ and my situation is these reads(many like this )cover on two transcripts(one is ref-genome transcript,one is assambled by stringtie with "-G ref-genome transcript" )which have overlap.The assambled transcript have FPKM 30 and the ref-genome transcript have 0.By the way ,the assambled transcript obtained by this code (1.<stringtie new-outmerged-sorted.bam -G ref-genome.gtf --rf -o RFassamble.gtf -p10 2.stringtie --merge -G ref-genome -F 1 -o merged.gtf ref-genome.gtf RFassamble.gtf 3.cuffcompare -r ref-genome.gtf -o cuff merged.gtf 4.extract code!="c" and code!="=",get novel.gtf 5cat novel.gtf ref.genome >preliminary.gtf 6.finally stringtie -e -p 4 -G preliminary.gtf -o estimate new-outmerged-sorted.bam)