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gsilvaarias / GenEvo_2024-1

Repositorio del curso Genómica Evolutiva.
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populations #6

Open kcertuche opened 5 months ago

kcertuche commented 5 months ago

saludos, en el ultimo paso para populations 1 me sale el siguiente error. ¿alguna idea de como se pueda solucionar? a alguien mas le pasó?

Failed to open gzipped file '2/catalog.fa.gz': No such file or directory.

ichthya commented 5 months ago

podrías compartir la linea de comando que estas utilizando?

kcertuche commented 5 months ago

!/bin/bash

SBATCH --job-name=populations1kcc

SBATCH --nodes=1

SBATCH --cpus-per-task=1

SBATCH --mail-user=jcertuchec@unal.edu.co

SBATCH --output=populations1.out

SBATCH --error=populations1.err

SBATCH --mem=500

SBATCH --time=00:10:00

module purge module load apps/stacks/2.66

populations -P /homes/orionsan/jcertuchec/GenEvoKcc/stacks/02_stacks -O /homes/orionsan/jcertuchec/GenEvoKcc/stacks/02_stacks/populations1 -M /homes/orionsan/jcertuchec/GenEvoKcc/stacks/PoblacionesmapaKcc -r 0.8 -R 0.8 -P 2 -t 2 --min-mac 2 --max-obs-het 0.5 --write-random-snp --fstats --vcf --structure --plink

kcertuche commented 5 months ago

los únicos resultados que generar en el archivo out

Parsing population map... The population map contained 10 samples, 2 population(s), 1 group(s). Failed to open gzipped file '2/catalog.fa.gz': No such file or directory.

gsilvaarias commented 5 months ago

¿tienes alguna info en el archivo populations1.err?

ichthya commented 5 months ago

tu hice gstacks antes? pq de acuerdo con el error, los archivos de gstacks no estan presentes.

kcertuche commented 5 months ago

tu hice gstacks antes? pq de acuerdo con el error, los archivos de gstacks no estan presentes.

Lo volví a correr y sale todo de gstacks ok y de nuevo someto populations y sigue saliendo el mismo error que falta esos archivos, verifico de nuevo y están todos los insumos que requiere ese paso.

kcertuche commented 5 months ago

¿tienes alguna info en el archivo populations1.err?

si, solo sale lo siguiente: Failed to open gzipped file '2/catalog.fa.gz': No such file or directory.

ichthya commented 5 months ago

Estan todos los archivos en la misma carpeta?

kcertuche commented 5 months ago

hola, hice cambios en el nano y ya logré conseguir los resultados para las dos carpetas de populations. muchas gracias por la ayuda feliz tarde

kcertuche commented 5 months ago

Estan todos los archivos en la misma carpeta?

si, parece que el error estaba en la parte final del nano para cada ejercicio

kcertuche commented 5 months ago

gracias por la ayuda