search

hackingmaterials / robocrystallographer

Automatic generation of crystal structure descriptions.
https://hackingmaterials.github.io/robocrystallographer/
Other
97 stars 27 forks source link

pymatgen error - maybe v2022 compatibility issue? #127

Closed sgbaird closed 3 years ago

sgbaird commented 3 years ago

Installed robocrys and openbabel in a conda env, and after trying robocrys mp-856, I get the following:

> Traceback (most recent call last):
>   File "c:\users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\runpy.py", line 194, in _run_module_as_main
>     return _run_code(code, main_globals, None,
>   File "c:\users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\runpy.py", line 87, in _run_code
>     exec(code, run_globals)
>   File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\Scripts\robocrys.exe\__main__.py", line 4, in <module>
>   File "c:\users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\site-packages\robocrys\__init__.py", line 1, in <module>
>     from robocrys.util import common_formulas
>   File "c:\users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\site-packages\robocrys\util.py", line 23, in <module>
>     from pymatgen import Element
> ImportError: cannot import name 'Element' from 'pymatgen' (unknown location)

Probably has to do with the breaking changes of v2022. See MatSci discussion

My version is: pymatgen==2022.0.5

sgbaird commented 3 years ago

Trying to force install an older version per the discussion referenced above:

python -m pip install pymatgen==v2021.3.3 --force-reinstall

(epdo) PS C:\Users\sterg> python -m pip install pymatgen==v2021.3.3 --force-reinstall
Collecting pymatgen==v2021.3.3
  Using cached pymatgen-2021.3.3.tar.gz (3.0 MB)
  Installing build dependencies ... done
  Getting requirements to build wheel ... done
  Installing backend dependencies ... done
    Preparing wheel metadata ... done
Collecting ruamel.yaml>=0.15.6
  Using cached ruamel.yaml-0.17.4-py3-none-any.whl (101 kB)
Collecting tabulate
  Using cached tabulate-0.8.9-py3-none-any.whl (25 kB)
Collecting uncertainties>=3.1.4
  Using cached uncertainties-3.1.5-py2.py3-none-any.whl (246 kB)
Collecting spglib>=1.9.9.44
  Using cached spglib-1.16.1.tar.gz (723 kB)
  Installing build dependencies ... done
  Getting requirements to build wheel ... done
    Preparing wheel metadata ... done
Collecting scipy>=1.5.0
  Using cached scipy-1.6.3-cp38-cp38-win_amd64.whl (32.7 MB)
Collecting networkx>=2.2
  Using cached networkx-2.5.1-py3-none-any.whl (1.6 MB)
Collecting requests
  Using cached requests-2.25.1-py2.py3-none-any.whl (61 kB)
Collecting palettable>=3.1.1
  Using cached palettable-3.3.0-py2.py3-none-any.whl (111 kB)
Collecting pandas
  Using cached pandas-1.2.4-cp38-cp38-win_amd64.whl (9.3 MB)
Collecting monty>=3.0.2
  Using cached monty-2021.5.9-py3-none-any.whl (64 kB)
Collecting numpy>=1.20.1
  Using cached numpy-1.20.3-cp38-cp38-win_amd64.whl (13.7 MB)
Collecting matplotlib>=1.5
  Using cached matplotlib-3.4.2-cp38-cp38-win_amd64.whl (7.1 MB)
Collecting plotly>=4.5.0
  Using cached plotly-4.14.3-py2.py3-none-any.whl (13.2 MB)
Collecting sympy
  Using cached sympy-1.8-py3-none-any.whl (6.1 MB)
Collecting cycler>=0.10
  Using cached cycler-0.10.0-py2.py3-none-any.whl (6.5 kB)
Collecting kiwisolver>=1.0.1
  Using cached kiwisolver-1.3.1-cp38-cp38-win_amd64.whl (51 kB)
Collecting python-dateutil>=2.7
  Using cached python_dateutil-2.8.1-py2.py3-none-any.whl (227 kB)
Collecting pyparsing>=2.2.1
  Using cached pyparsing-2.4.7-py2.py3-none-any.whl (67 kB)
Collecting pillow>=6.2.0
  Using cached Pillow-8.2.0-cp38-cp38-win_amd64.whl (2.2 MB)
Collecting six
  Using cached six-1.16.0-py2.py3-none-any.whl (11 kB)
Collecting decorator<5,>=4.3
  Using cached decorator-4.4.2-py2.py3-none-any.whl (9.2 kB)
Collecting retrying>=1.3.3
  Using cached retrying-1.3.3-py3-none-any.whl
Collecting ruamel.yaml.clib>=0.1.2
  Using cached ruamel.yaml.clib-0.2.2-cp38-cp38-win_amd64.whl (120 kB)
Collecting future
  Using cached future-0.18.2-py3-none-any.whl
Collecting pytz>=2017.3
  Using cached pytz-2021.1-py2.py3-none-any.whl (510 kB)
Collecting idna<3,>=2.5
  Using cached idna-2.10-py2.py3-none-any.whl (58 kB)
Collecting chardet<5,>=3.0.2
  Using cached chardet-4.0.0-py2.py3-none-any.whl (178 kB)
Collecting certifi>=2017.4.17
  Using cached certifi-2020.12.5-py2.py3-none-any.whl (147 kB)
Collecting urllib3<1.27,>=1.21.1
  Using cached urllib3-1.26.4-py2.py3-none-any.whl (153 kB)
Collecting mpmath>=0.19
  Using cached mpmath-1.2.1-py3-none-any.whl (532 kB)
Building wheels for collected packages: pymatgen, spglib
  Building wheel for pymatgen (PEP 517) ... error
  ERROR: Command errored out with exit status 1:
   command: 'C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\python.exe' 'C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\_in_process.py' build_wheel 'C:\Users\sterg\AppData\Local\Temp\tmpaaggnsc5'
       cwd: C:\Users\sterg\AppData\Local\Temp\pip-install-9ktpc0xq\pymatgen_2e0864bb75f442ee9ddc37e9ce3131e0
  Complete output (471 lines):
  running bdist_wheel
  running build
  running build_py
  creating build
  creating build\lib.win-amd64-3.8
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen
  copying pymatgen\dao.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen
  copying pymatgen\settings.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen
  copying pymatgen\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\alchemy
  copying pymatgen\alchemy\filters.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\alchemy
  copying pymatgen\alchemy\materials.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\alchemy
  copying pymatgen\alchemy\transmuters.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\alchemy
  copying pymatgen\alchemy\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\alchemy
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\adsorption.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\bond_dissociation.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\bond_valence.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\cost.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\diffusion_analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\dimensionality.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\energy_models.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\eos.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\ewald.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\excitation.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\find_dimension.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\fragmenter.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\functional_groups.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\graphs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\hhi.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\interface.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\interface_reactions.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\local_env.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\molecule_matcher.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\molecule_structure_comparator.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\nmr.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\path_finder.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\phase_diagram.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\piezo.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\piezo_sensitivity.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\pourbaix_diagram.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\prototypes.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\quasiharmonic.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\reaction_calculator.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\structure_analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\structure_matcher.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\substrate_analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\surface_analysis.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\thermochemistry.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\transition_state.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\wulff.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps
  copying pymatgen\apps\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\feff_plot_cross_section.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\feff_plot_dos.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\gaussian_analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\get_environment.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg_analyze.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg_config.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg_plot.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg_potcar.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg_query.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\pmg_structure.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  copying pymatgen\cli\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\cli
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\bader_caller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\critic2_caller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\enumlib_caller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\gulp_caller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\mcsqs_caller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\vampire_caller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\command_line\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\bonds.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\composition.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\ion.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\lattice.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\libxcfunc.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\molecular_orbitals.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\operations.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\periodic_table.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\sites.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\spectrum.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\structure.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\surface.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\tensors.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\trajectory.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\units.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\xcfunc.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\bandstructure.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\boltztrap.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\boltztrap2.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\cohp.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\core.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\dos.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\plotter.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  copying pymatgen\electronic_structure\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\electronic_structure
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\compatibility.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\computed_entries.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\correction_calculator.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\entry_tools.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\exp_entries.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  copying pymatgen\ext\cod.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  copying pymatgen\ext\crystalsai.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  copying pymatgen\ext\jhu.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  copying pymatgen\ext\matproj.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  copying pymatgen\ext\optimade.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  copying pymatgen\ext\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\ext
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\adf.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\aiida.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\ase.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\atat.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\babel.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\cif.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\cssr.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\cube.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\fiesta.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\gaussian.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\jarvis.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\lmto.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\nwchem.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\phonopy.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\prismatic.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\pwscf.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\shengbte.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\wannier90.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\xcrysden.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\xr.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\xyz.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\zeopp.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  copying pymatgen\io\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\optimization
  copying pymatgen\optimization\linear_assignment_numpy.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\optimization
  copying pymatgen\optimization\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\optimization
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\phonon
  copying pymatgen\phonon\bandstructure.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\phonon
  copying pymatgen\phonon\dos.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\phonon
  copying pymatgen\phonon\ir_spectra.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\phonon
  copying pymatgen\phonon\plotter.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\phonon
  copying pymatgen\phonon\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\phonon
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\bandstructure.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\groups.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\kpath.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\maggroups.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\settings.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\site_symmetries.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\structure.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  copying pymatgen\transformations\advanced_transformations.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  copying pymatgen\transformations\defect_transformations.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  copying pymatgen\transformations\site_transformations.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  copying pymatgen\transformations\standard_transformations.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  copying pymatgen\transformations\transformation_abc.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  copying pymatgen\transformations\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\transformations
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\convergence.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\coord.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\io_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\num.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\plotting.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\provenance.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\sequence.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\serialization.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\string.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\testing.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\typing.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  copying pymatgen\util\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\vis
  copying pymatgen\vis\plotters.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\vis
  copying pymatgen\vis\structure_chemview.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\vis
  copying pymatgen\vis\structure_vtk.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\vis
  copying pymatgen\vis\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\vis
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv
  copying pymatgen\analysis\chemenv\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\core.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\corrections.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\defect_compatibility.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\dilute_solution_model.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\generators.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\thermodynamics.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  copying pymatgen\analysis\defects\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\defects
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\diffraction\core.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\diffraction\neutron.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\diffraction\tem.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\diffraction\xrd.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\diffraction\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\elasticity
  copying pymatgen\analysis\elasticity\elastic.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\elasticity
  copying pymatgen\analysis\elasticity\strain.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\elasticity
  copying pymatgen\analysis\elasticity\stress.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\elasticity
  copying pymatgen\analysis\elasticity\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\elasticity
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\ferroelectricity
  copying pymatgen\analysis\ferroelectricity\polarization.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\ferroelectricity
  copying pymatgen\analysis\ferroelectricity\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\ferroelectricity
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\gb
  copying pymatgen\analysis\gb\grain.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\gb
  copying pymatgen\analysis\gb\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\gb
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\magnetism
  copying pymatgen\analysis\magnetism\analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\magnetism
  copying pymatgen\analysis\magnetism\heisenberg.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\magnetism
  copying pymatgen\analysis\magnetism\jahnteller.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\magnetism
  copying pymatgen\analysis\magnetism\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\magnetism
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\solar
  copying pymatgen\analysis\solar\slme.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\solar
  copying pymatgen\analysis\solar\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\solar
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\dopant_predictor.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\substitution_probability.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\substitutor.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\volume_predictor.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\topological
  copying pymatgen\analysis\topological\spillage.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\topological
  copying pymatgen\analysis\topological\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\topological
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\xas
  copying pymatgen\analysis\xas\spectrum.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\xas
  copying pymatgen\analysis\xas\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\xas
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\connectivity
  copying pymatgen\analysis\chemenv\connectivity\connected_components.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\connectivity
  copying pymatgen\analysis\chemenv\connectivity\connectivity_finder.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\connectivity
  copying pymatgen\analysis\chemenv\connectivity\environment_nodes.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\connectivity
  copying pymatgen\analysis\chemenv\connectivity\structure_connectivity.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\connectivity
  copying pymatgen\analysis\chemenv\connectivity\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\connectivity
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\chemenv_strategies.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometry_finder.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\structure_environments.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\voronoi.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\chemenv_config.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\chemenv_errors.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\coordination_geometry_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\defs_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\func_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\graph_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\math_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\scripts_utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  copying pymatgen\analysis\chemenv\utils\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\utils
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  copying pymatgen\apps\battery\analyzer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  copying pymatgen\apps\battery\battery_abc.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  copying pymatgen\apps\battery\conversion_battery.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  copying pymatgen\apps\battery\insertion_battery.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  copying pymatgen\apps\battery\plotter.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  copying pymatgen\apps\battery\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\battery
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\borg
  copying pymatgen\apps\borg\hive.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\borg
  copying pymatgen\apps\borg\queen.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\borg
  copying pymatgen\apps\borg\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\apps\borg
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\abiinspect.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\abiobjects.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\abitimer.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\netcdf.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\pseudos.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\variable.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  copying pymatgen\io\abinit\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\abinit
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\outputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\sets.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\exciting
  copying pymatgen\io\exciting\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\exciting
  copying pymatgen\io\exciting\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\exciting
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\outputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\sets.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  copying pymatgen\io\lammps\data.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  copying pymatgen\io\lammps\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  copying pymatgen\io\lammps\outputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  copying pymatgen\io\lammps\utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  copying pymatgen\io\lammps\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster
  copying pymatgen\io\lobster\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster
  copying pymatgen\io\lobster\lobsterenv.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster
  copying pymatgen\io\lobster\outputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster
  copying pymatgen\io\lobster\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\qchem
  copying pymatgen\io\qchem\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\qchem
  copying pymatgen\io\qchem\outputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\qchem
  copying pymatgen\io\qchem\sets.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\qchem
  copying pymatgen\io\qchem\utils.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\qchem
  copying pymatgen\io\qchem\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\qchem
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\help.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\inputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\outputs.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\sets.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\analysis\aflow_prototypes.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\bonds_jmol_ob.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\bvparam_1991.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\cn_opt_params.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\costdb_elements.csv -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\hhi_data.csv -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\icsd_bv.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\ionic_radii.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\op_params.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\vesta_cutoffs.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\A#2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\AC#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\BO_1#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\BO_2#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\BO_3#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\BS_1#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\BS_2#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\C#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\C#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\CO#11.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\DD#20.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\DD#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\DDPN#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\DI#11.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\ET#7.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\FO#7.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\H#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\H#11.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\HA#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\HB#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\HD#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\HP#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\I#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\L#2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\MI#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\O#6.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\O#6_explicit.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PA#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PB#7.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PBP#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PCPA#11.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PP#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PP#5.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\PP#6.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\S#1.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\S#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\S#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\S#4.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\S#5.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SA#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SBSA#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SBT#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SC#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SH#11.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SH#13.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SMA#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SS#4.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SS#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\ST#7.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\SY#4.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\T#4.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\T#5.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\T#6.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TBSA#10.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TBT#8.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TC#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TI#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TL#3.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TO_1#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TO_2#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TO_3#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TS#3.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TT#12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TT_1#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TT_2#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TT_3#9.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\TY#3.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\strategy_files
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\strategy_files\ImprovedConfidenceCutoffDefaultParameters.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\strategy_files
  copying pymatgen\analysis\diffraction\atomic_scattering_params.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\diffraction\neutron_scattering_length.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\diffraction
  copying pymatgen\analysis\magnetism\default_magmoms.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\magnetism
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\DLS_bond_params.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction\data
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\data\lambda.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction\data
  copying pymatgen\analysis\structure_prediction\data\pair_correlation.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\structure_prediction\data
  copying pymatgen\core\bond_lengths.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\func_groups.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\libxc_docs.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\periodic_table.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\quad_data.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\core\reconstructions_archive.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\entries\calc_compounds.json.gz -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\exp_compounds.json.gz -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\MITCompatibility.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\MP2020Compatibility.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  copying pymatgen\entries\MPCompatibility.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries\data
  copying pymatgen\entries\data\g_els.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries\data
  copying pymatgen\entries\data\nist_gas_gf.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\entries\data
  copying pymatgen\io\cp2k\aux_basis.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\basis_molopt.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\gth_potentials.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\cp2k\NLCC_POTENTIALS.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\cp2k
  copying pymatgen\io\feff\MPELNESSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\MPEXAFSSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\MPEXELFSSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\feff\MPXANESSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\feff
  copying pymatgen\io\lammps\CoeffsDataType.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lammps
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster\lobster_basis
  copying pymatgen\io\lobster\lobster_basis\BASIS_PBE_54_max.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster\lobster_basis
  copying pymatgen\io\lobster\lobster_basis\BASIS_PBE_54_min.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster\lobster_basis
  copying pymatgen\io\lobster\lobster_basis\BASIS_PBE_54_standard.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\lobster\lobster_basis
  copying pymatgen\io\vasp\incar_parameters.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\MITRelaxSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\MPHSERelaxSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\MPRelaxSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\MPSCANRelaxSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\MVLGWSet.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\MVLRelax52Set.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\VASPIncarBase.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\vasp_potcar_file_hashes.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\vasp_potcar_pymatgen_hashes.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\io\vasp\vdW_parameters.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\io\vasp
  copying pymatgen\symmetry\symm_data.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\symm_data.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\symm_ops.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\symmetry\symm_ops.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\util\plotly_pd_layouts.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util
  creating build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\BaNiO3.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\CsCl.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Graphite.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\He_BCC.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\K2O2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Li10GeP2S12.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Li2O.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Li2O2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Li3V2(PO4)3.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\LiFePO4.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\NaFePO4.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Pb2TiZrO6.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Si.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\SiO2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\Sn.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\SrTiO3.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\TiO2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\TlBiSe2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\util\structures\VO2.json -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\util\structures
  copying pymatgen\vis\ElementColorSchemes.yaml -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\vis
  copying pymatgen\command_line\OxideTersoffPotentials -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\command_line
  copying pymatgen\core\py.typed -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\core
  copying pymatgen\symmetry\symm_data_magnetic.sqlite -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\symmetry
  copying pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files\allcg.txt -> build\lib.win-amd64-3.8\pymatgen\analysis\chemenv\coordination_environments\coordination_geometries_files
  running build_ext
  building 'pymatgen.optimization.linear_assignment' extension
  error: Microsoft Visual C++ 14.0 or greater is required. Get it with "Microsoft C++ Build Tools": https://visualstudio.microsoft.com/visual-cpp-build-tools/
  ----------------------------------------
  ERROR: Failed building wheel for pymatgen
  Building wheel for spglib (PEP 517) ... error
  ERROR: Command errored out with exit status 1:
   command: 'C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\python.exe' 'C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\site-packages\pip\_vendor\pep517\_in_process.py' build_wheel 'C:\Users\sterg\AppData\Local\Temp\tmpx7otyrjc'
       cwd: C:\Users\sterg\AppData\Local\Temp\pip-install-9ktpc0xq\spglib_b803a27b28c143fc9a0a458894587a4d
  Complete output (12 lines):
  setuptools is used.
  running bdist_wheel
  running build
  running build_py
  creating build
  creating build\lib.win-amd64-3.8
  creating build\lib.win-amd64-3.8\spglib
  copying spglib\spglib.py -> build\lib.win-amd64-3.8\spglib
  copying spglib\__init__.py -> build\lib.win-amd64-3.8\spglib
  running build_ext
  building 'spglib._spglib' extension
  error: Microsoft Visual C++ 14.0 or greater is required. Get it with "Microsoft C++ Build Tools": https://visualstudio.microsoft.com/visual-cpp-build-tools/
  ----------------------------------------
  ERROR: Failed building wheel for spglib
Failed to build pymatgen spglib
ERROR: Could not build wheels for pymatgen, spglib which use PEP 517 and cannot be installed directly

Installing the "Microsoft C++ Build Tools" and running the force-install will probably fix the issue. I also tried pip install -e . after cloning the robocrystallographer repo, but then ran into the same issue, but with matminer:

(epdo) PS C:\Users\sterg\Documents\GitHub\sparks-baird\robocrystallographer> robocrys mp-856
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\Scripts\robocrys-script.py", line 33, in <module>
    sys.exit(load_entry_point('robocrys', 'console_scripts', 'robocrys')())
  File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\Scripts\robocrys-script.py", line 25, in importlib_load_entry_point
    return next(matches).load()
  File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\importlib\metadata.py", line 77, in load
    module = import_module(match.group('module'))
  File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\importlib\__init__.py", line 127, in import_module
    return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level)
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1014, in _gcd_import
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 991, in _find_and_load
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 961, in _find_and_load_unlocked
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 219, in _call_with_frames_removed
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 1014, in _gcd_import
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 991, in _find_and_load
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 975, in _find_and_load_unlocked
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 671, in _load_unlocked
  File "<frozen importlib._bootstrap_external>", line 783, in exec_module
  File "<frozen importlib._bootstrap>", line 219, in _call_with_frames_removed
  File "c:\users\sterg\documents\github\sparks-baird\robocrystallographer\robocrys\__init__.py", line 7, in <module>
    from robocrys.condense.condenser import StructureCondenser
  File "c:\users\sterg\documents\github\sparks-baird\robocrystallographer\robocrys\condense\condenser.py", line 13, in <module>
    from robocrys.condense.component import (
  File "c:\users\sterg\documents\github\sparks-baird\robocrystallographer\robocrys\condense\component.py", line 18, in <module>
    from robocrys.condense.fingerprint import get_structure_fingerprint
  File "c:\users\sterg\documents\github\sparks-baird\robocrystallographer\robocrys\condense\fingerprint.py", line 4, in <module>
    from matminer.featurizers.site import CrystalNNFingerprint
  File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\site-packages\matminer\featurizers\site.py", line 11, in <module>
    from matminer.utils.data import MagpieData
  File "C:\Users\sterg\anaconda3\envs\epdo\lib\site-packages\matminer\utils\data.py", line 17, in <module>
    from pymatgen import Element
ImportError: cannot import name 'Element' from 'pymatgen' (unknown location)

I've opened up a pull request for matminer: https://github.com/hackingmaterials/matminer/pull/620

utf commented 3 years ago

There is a PR ready to go with support for the latest version of pymatgen (#99) but I'm still waiting on matminer to be fixed first.

In the time being, you can install using the requirements file which specifies a set of dependency versions that is guaranteed to work. I would try this in a fresh conda env with openbabel installed:

git clone https://github.com/hackingmaterials/robocrystallographer.git
cd robocrystallographer
pip install -r requirements.txt

Alternatively, you can try installing directly using conda:

conda install -c conda-forge robocrystallographer
sgbaird commented 3 years ago

Conda didn't work out

(epdo) PS C:\Users\sterg\Documents\GitHub\sparks-baird\robocrystallographer\robocrys> conda install -c conda-forge robocrystallographer
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.

PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  - robocrystallographer

Current channels:

  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/win-64
  - https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/win-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/win-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/msys2/win-64
  - https://repo.anaconda.com/pkgs/msys2/noarch

To search for alternate channels that may provide the conda package you're
looking for, navigate to

    https://anaconda.org

and use the search bar at the top of the page.

but this worked fine:

> git clone https://github.com/hackingmaterials/robocrystallographer.git
> cd robocrystallographer
> pip install -r requirements.txt

Just need to have C++ Build Tools.

sgbaird commented 3 years ago

conda install -c conda-forge robocrys

utf commented 3 years ago

Thanks for clearing that up. I'll close this issue for now but feel free to re-open if you run into trouble.