I'm using lumpy in speedseq to call somatic mutations from tumor/normal paired WGS. The program finished fine but the header of the output VCF shows all contig lengths equal to a weird large number, not consistent with the header of any BAM nor the reference FASTA as inputs. For example,
Hi,
I'm using lumpy in speedseq to call somatic mutations from tumor/normal paired WGS. The program finished fine but the header of the output VCF shows all contig lengths equal to a weird large number, not consistent with the header of any BAM nor the reference FASTA as inputs. For example,
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`
I saved the intermediate results of discordant/split reads and they are all consistent with my input BAM. For example, ` @SQ SN:1 LN:249250621
@SQ SN:2 LN:243199373
@SQ SN:3 LN:198022430
@SQ SN:4 LN:191154276
@SQ SN:5 LN:180915260
@SQ SN:6 LN:171115067
@SQ SN:7 LN:159138663
@SQ SN:8 LN:146364022
@SQ SN:9 LN:141213431
@SQ SN:10 LN:135534747
@SQ SN:11 LN:135006516
@SQ SN:12 LN:133851895
@SQ SN:13 LN:115169878
@SQ SN:14 LN:107349540
@SQ SN:15 LN:102531392
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@SQ SN:17 LN:81195210
@SQ SN:18 LN:78077248
@SQ SN:19 LN:59128983
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@SQ SN:GL000225.1 LN:211173
@SQ SN:GL000192.1 LN:547496 `
Please advise what could possibly cause this issue. Thank you!
XY