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hearthewind / graphpi_protein_inference

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关于数据集 #1

Open wumingxiaocuier opened 3 weeks ago

wumingxiaocuier commented 3 weeks ago

Hello，您在GraphPI文章中提到的yeast数据集，那32个raw文件具体是在哪里呀（我点进去了论文中gold_yeast的网址，但是它文件和英文太多，找了半天不知道是在哪o(╥﹏╥)o） 其次那个hela-3t3数据集，您使用的是0%和100%所指示的raw文件吗？我看这个文件每个有15份（3×5），是指每组5个文件，做3次重复实验是吗？

hearthewind commented 3 weeks ago

Hello,

感谢您的问题！ yeast这个数据集原本我们是从 http://www.marcottelab.org/MSdata/gold_yeast.html 这个地址下载的，不过今天我试了一下这个网址，网页打不开了。过两天我再试一试。

hela-3t3这个数据，我们使用的是100%和0%的raw文件，100%是hela，0%是3t3，比如hela的文件是 33137_1_00F_HELA_100%_D0_15F5R_PROF_30ug30ul_R1 这一系列 hela和3t3都各有3次重复实验，每次试验5个injection，R1-R5。

wumingxiaocuier commented 2 weeks ago

嗯对，我点进去过gold_yeast这个网址，但是它里面链接太多了，我找不到您附录中所说的32个raw文件具体是哪个，如果能找到的话，可以给个具体的链接嘛，感谢！

hearthewind commented 2 weeks ago

应该是 061220.zl.mudpit0.1.1_000.raw to 070122-zl-mudpit02-2_900.raw 希望对您有帮助！

wumingxiaocuier commented 1 week ago

嗯嗯好的谢谢~