Closed wjq1981 closed 2 years ago
我感觉你这个问题问得有点多余啊
494行的命令 不是写到 $OutPrefix.mapping.sh 的脚里面么?
你只要cat $OutPrefix.mapping.sh 脚本,第一行 minimap2 前面加个# 第二行 MinAlgLen 修为你要改的参数,然后运行一下 sh $OutPrefix.mapping.sh 只须要1min不到 就可以直接出图了。
之所以把命令写在 $OutPrefix.mapping.sh 里面 ,就是为了解决你这个说的这种情况,调个参数过滤参数,不须要重新比对 。
所以说说你的问题 是多余的。
是哦,我傻了,谢谢。
非常感谢开发NGenomeSyn,它非常的好用。 GetTwoGenomeSyn.pl程序的494行$MinAlgLen这里。平常我们都是调试$MinAlgLen,但是当基因组很大的时候只能从头开始运作,这变得很慢。能不能从494行这里设定一个什么,能自动读取493行的paf文件,直接运行后面的步骤,就不用再minimap比对了呢?