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hewm2008 / NGenomeSyn

Any Way to Show Multi genomic Synteny
MIT License
150 stars 17 forks source link

有一个小小的建议或者疑问 #2

Closed wjq1981 closed 2 years ago

wjq1981 commented 2 years ago

非常感谢开发NGenomeSyn，它非常的好用。 GetTwoGenomeSyn.pl程序的494行$MinAlgLen这里。平常我们都是调试$MinAlgLen，但是当基因组很大的时候只能从头开始运作，这变得很慢。能不能从494行这里设定一个什么，能自动读取493行的paf文件，直接运行后面的步骤，就不用再minimap比对了呢？

hewm2008 commented 2 years ago

我感觉你这个问题问得有点多余啊 494行的命令 不是写到 $OutPrefix.mapping.sh 的脚里面么？ 你只要cat $OutPrefix.mapping.sh 脚本，第一行 minimap2 前面加个# 第二行 MinAlgLen 修为你要改的参数，然后运行一下 sh $OutPrefix.mapping.sh 只须要1min不到 就可以直接出图了。 之所以把命令写在 $OutPrefix.mapping.sh 里面 ，就是为了解决你这个说的这种情况，调个参数过滤参数，不须要重新比对 。
所以说说你的问题 是多余的。

wjq1981 commented 2 years ago

是哦，我傻了，谢谢。