指定したセレクタに子要素がある場合、そのセレクタが選択できなくなる

[tom75s]

セレクタを変更するとき、テンプレートが適用されている要素に$.empty()を呼んでいるため、 適用先の子要素も空になってしまいます。

[simdy]

テンプレートを適用する「前」の状態のHTMLに対してセレクタを適用してテンプレート適用先を決定するのが仕様です。したがって、テンプレート内にそのセレクタに合致する要素があった場合でも、再帰的にその要素にテンプレートを適用することはありません。