关于heatmap的normalize问题

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关于heatmap的normalize问题 #560

Closed Miachol closed 2 years ago

Miachol commented 2 years ago

due: 2022-04-13

Contact: Liu Jiayi / 1056840907@qq.com Tool: /basic/heatmap | tmpcode: w7ryTTh 您好！heatmap作图真的美观又方便，但是学生我有个疑问，请问heatmap 的标准化是用了什么算法的呢？z score还是对数的呢？感谢答疑！

Miachol commented 2 years ago

我们只提供了 scale 参数进行归一化操作，不对数据进行标准化。

标准化步骤和潜在的批次效应矫正需要在上游单独完成，比如 DESeq2 VST 或者 TPM/FPKM 标准化方法比较常见。