hoelzer
commented
10 months ago hey @bharat1912 thanks for using RIBAP and the error report!
Hm, the error code 1 you get does us unfortunately not tell much. It might be that there is some problem with the CDHIT clustering command.
Can you check what is the content of this file:
cat /media/bharat/volume1/Bacillaceaea_ref_July_2023/renamed_files/RIBAP_2/ribap-work/ee/db37603abceec37bc9c0b422842ae2/.command.log
or
cat /media/bharat/volume1/Bacillaceaea_ref_July_2023/renamed_files/RIBAP_2/ribap-work/ee/db37603abceec37bc9c0b422842ae2/.command.err
(might be the same)
Besides, can you share the 28 genomes or is this confidential data? So I could try it and see what happens exactly. I could also sent you an upload link, if you can share them.
bharat1912
Hi Martin, The following error occurred at the alignment step though the test data ran without failure. I also ran a small 8 strain dataset and that also ran without any errors. However, this 28 strain dataset which includes the 8 strains that I had run previously, failed at completion.
Any assistance provided is appreciated.
$nextflow run hoelzer-lab/ribap -r 1.0.0 --fasta '*.fasta' --cores 12 --max_cores 12 -profile local,docker --tree --bootstrap 1000 --outdir ribap-results -w ribap-work N E X T F L O W ~ version 23.04.1 Launching
https://github.com/hoelzer-lab/ribap[confident_bhabha] DSL2 - revision: f5118310a3 [1.0.0]Profile: local,docker
Current User: bharat Nextflow-version: 23.04.1 Starting time: 15-04-2023 06:51 UTC Workdir location (intermediate files): /media/bharat/volume1/Bacillaceaea_ref_July_2023/renamed_files/RIBAP_2/ribap-work Output dir name: results
INFORMATION: ILPs and their intermediate results are deleted to save disk space (use --keepILPs to keep them). executor > local (319) [ee/54328f] process > RIBAP:rename (14) [100%] 28 of 28 ✔ [08/3812ec] process > RIBAP:prokka (28) [100%] 28 of 28 ✔ [f6/30fad1] process > RIBAP:strain_ids [100%] 1 of 1 ✔ [5c/9676ca] process > RIBAP:roary (1) [100%] 5 of 5 ✔ [0b/13cbf5] process > RIBAP:mmseqs2 [100%] 1 of 1 ✔ [7b/14b0ad] process > RIBAP:mmseqs2tsv [100%] 1 of 1 ✔ [0e/8f72fb] process > RIBAP:ilp_refinement (1) [100%] 9 of 9 ✔ [39/937d29] process > RIBAP:combine_roary_ilp (1) [100%] 1 of 1 ✔ [63/64b14f] process > RIBAP:prepare_msa (1) [100%] 1 of 1 ✔ [ca/a9b0a3] process > RIBAP:mafft (87) [100%] 99 of 99 ✔ [db/6ace5b] process > RIBAP:fasttree (98) [ 92%] 92 of 99 [31/f1c012] process > RIBAP:nw_display (43) [ 40%] 37 of 92 [- ] process > RIBAP:generate_html - [63/3e7d48] process > RIBAP:generate_upsetr_input... [100%] 1 of 1 ✔ [ce/c7ea5a] process > RIBAP:upsetr (1) [100%] 1 of 1 ✔ [ee/db3760] process > RIBAP:filter_alignment [ 0%] 0 of 1 [- ] process > RIBAP:nexus_core - [- ] process > RIBAP:iqtree - ERROR ~ Error executing process > 'RIBAP:filter_alignment'
Caused by: Process
RIBAP:filter_alignmentterminated with an error exit status (1)Command executed:
for file in group1070_mafft.aln group1071_mafft.aln group1072_mafft.aln group1073_mafft.aln group1074.1_mafft.aln group1074_mafft.aln group1075.1_mafft.aln group1075.2_mafft.aln group1075.3_mafft.aln group1075.4_mafft.aln ........................................................................................................................ group2666_mafft.aln group2667.1_mafft.aln group2667_mafft.aln group2668_mafft.aln group266_mafft.aln group267.1_mafft.aln group2671_mafft.aln group2673_mafft.aln group2675_mafft.aln group2676.1_mafft.aln group2676.2_mafft.aln group2676.3_mafft.aln group2676.4_mafft.aln group2676.5_mafft.aln group267_mafft.aln group2905_mafft.aln group2908_mafft.aln group2909_mafft.aln group2910_mafft.aln group2911_mafft.aln group2912_mafft.aln group2913_mafft.aln group2914_mafft.aln group2915_mafft.aln group2919_mafft.aln group2920_mafft.aln group2922_mafft.aln group2923_mafft.aln group2924_mafft.aln group2926.1_mafft.aln group2926_mafft.aln group2928_mafft.aln group292_mafft.aln group293.1_mafft.aln group2933_mafft.aln group2934_mafft.aln group2935_mafft.aln group2936_mafft.aln group2937_mafft.aln group2938_mafft.aln group293_mafft.aln group2940_mafft.aln group2942_mafft.aln group2943_mafft.aln group2944_mafft.aln group2948_mafft.aln group2949_mafft.aln group294_mafft.aln group295.1_mafft.aln group295.2_mafft.aln group295.3_mafft.aln group2951_mafft.aln group2953_mafft.aln group2954_mafft.aln group2955_mafft.aln group2956_mafft.aln group2957_mafft.aln group295_mafft.aln group2962_mafft.aln group2963_mafft.aln group2966_mafft.aln group2967_mafft.aln group2969_mafft.aln group296_mafft.aln group2971_mafft.aln group2166_mafft.aln group2167_mafft.aln group2168.1_mafft.aln group2168_mafft.aln group2169_mafft.aln group2171.1_mafft.aln group2171_mafft.aln group2172_mafft.aln group2173_mafft.aln group2174_mafft.aln group2175.1_mafft.aln group2175.2_mafft.aln group2175_mafft.aln group2176_mafft.aln group2177.1_mafft.aln group2177_mafft.aln group2179_mafft.aln group217_mafft.aln group2180_mafft.aln group2181_mafft.aln group2182_mafft.aln group2183_mafft.aln group2184_mafft.aln group2185_mafft.aln group2186_mafft.aln group2187_mafft.aln group2188_mafft.aln group2189_mafft.aln group2190_mafft.aln group2191_mafft.aln group2192_mafft.aln group2193_mafft.aln group2194_mafft.aln group2195_mafft.aln group2196_mafft.aln group2197_mafft.aln group2198_mafft.aln group2199_mafft.aln group2200_mafft.aln group2201_mafft.aln group2202_mafft.aln group2203_mafft.aln group2204_mafft.aln group2205_mafft.aln group2206_mafft.aln group2207_mafft.aln group2208_mafft.aln group2209.1_mafft.aln group220_mafft.aln group22_mafft.aln group2298_mafft.aln group2299.1_mafft.aln group2299_mafft.aln group230.1_mafft.aln group230.2_mafft.aln group230.3_mafft.aln group230.4_mafft.aln group230.5_mafft.aln group230.6_mafft.aln group230.7_mafft.aln group230.8_mafft.aln group230.9_mafft.aln group2300_mafft.aln group2301_mafft.aln group2302_mafft.aln group2303_mafft.aln group2304_mafft.aln group2305_mafft.aln group2306_mafft.aln group2307_mafft.aln group2308_mafft.aln group2309_mafft.aln group230_mafft.aln group2310_mafft.aln group2311_mafft.aln group2312_mafft.aln group2313.1_mafft.aln group2313_mafft.aln group2314_mafft.aln group2316_mafft.aln group2317_mafft.aln group2318_mafft.aln group2319_mafft.aln group231_mafft.aln group232.1_mafft.aln group232.2_mafft.aln group232.3_mafft.aln group232.4_mafft.aln group2320_mafft.aln group2321_mafft.aln group2322_mafft.aln group2323_mafft.aln group2324_mafft.aln group2325.1_mafft.aln group2325_mafft.aln group2326_mafft.aln group2327_mafft.aln group2328.1_mafft.aln group232_mafft.aln group23_mafft.aln group2372_mafft.aln group2373_mafft.aln group2374_mafft.aln group2375_mafft.aln group2376_mafft.aln group2377_mafft.aln group2378_mafft.aln group2379_mafft.aln group2380_mafft.aln group2382.1_mafft.aln group2382.2_mafft.aln group2382.3_mafft.aln group2382.4_mafft.aln group2382.5_mafft.aln group2382.6_mafft.aln group2382_mafft.aln group2383_mafft.aln group2384_mafft.aln group2385.1_mafft.aln group2385_mafft.aln group2386.1_mafft.aln group2386.2_mafft.aln group2386.3_mafft.aln group2386.4_mafft.aln group2386.5_mafft.aln group2386.6_mafft.aln group2386_mafft.aln group2387_mafft.aln group2388_mafft.aln group2389_mafft.aln group2390_mafft.aln group2391.1_mafft.aln group2391.2_mafft.aln group2391.3_mafft.aln group2391_mafft.aln group2392_mafft.aln group2393_mafft.aln group2394_mafft.aln group2395_mafft.aln group2396_mafft.aln group2397_mafft.aln group2398_mafft.aln group2399_mafft.aln group239_mafft.aln group240.1_mafft.aln group240.2_mafft.aln group240.3_mafft.aln group240.4_mafft.aln group240_mafft.aln group24_mafft.aln group2328.2_mafft.aln group2328_mafft.aln group2329_mafft.aln group2330_mafft.aln group2331_mafft.aln group2332_mafft.aln group2333_mafft.aln group2334.1_mafft.aln group2334_mafft.aln group2335_mafft.aln group2337_mafft.aln group2338_mafft.aln group2339_mafft.aln group233_mafft.aln group2340_mafft.aln group2341_mafft.aln group2342_mafft.aln group2343_mafft.aln group2344_mafft.aln group2345_mafft.aln group2347_mafft.aln group2349_mafft.aln group234_mafft.aln group2350_mafft.aln group2351.1_mafft.aln group2351_mafft.aln group2352_mafft.aln group2354_mafft.aln group2355.1_mafft.aln group2355_mafft.aln group2356_mafft.aln group2357_mafft.aln group2358.1_mafft.aln group2358_mafft.aln group2359_mafft.aln group235_mafft.aln group2360_mafft.aln group2361_mafft.aln group2363_mafft.aln group2364.1_mafft.aln group2364_mafft.aln group2365_mafft.aln group2366.1_mafft.aln group2366_mafft.aln group2367_mafft.aln group2368_mafft.aln group2370_mafft.aln group2371_mafft.aln group2372.1_mafft.aln group237_mafft.aln group3700_mafft.aln group3701_mafft.aln group3703_mafft.aln group3709_mafft.aln group3716_mafft.aln group3719_mafft.aln group371_mafft.aln group3720_mafft.aln group3721_mafft.aln group3728_mafft.aln group372_mafft.aln group3732_mafft.aln group3734_mafft.aln group3737_mafft.aln group373_mafft.aln group3745_mafft.aln group3754_mafft.aln group3755_mafft.aln group375_mafft.aln group376.10_mafft.aln group376.11_mafft.aln group376.12_mafft.aln group376.1_mafft.aln group376.2_mafft.aln group376.3_mafft.aln group376.4_mafft.aln group376.5_mafft.aln group376.6_mafft.aln group376.7_mafft.aln group376.8_mafft.aln group376.9_mafft.aln group3762_mafft.aln group3763_mafft.aln group3764_mafft.aln group3765_mafft.aln group3766_mafft.aln group3767_mafft.aln group3768_mafft.aln group3769_mafft.aln group376_mafft.aln group3770_mafft.aln group3774_mafft.aln group3775_mafft.aln group3777_mafft.aln group377_mafft.aln group3784_mafft.aln group3789_mafft.aln group378_mafft.aln group3795_mafft.aln group379_mafft.aln group243.22_mafft.aln group243.23_mafft.aln group243.3_mafft.aln group243.4_mafft.aln group243.5_mafft.aln group243.6_mafft.aln group243.7_mafft.aln group243.8_mafft.aln group243.9_mafft.aln group2430_mafft.aln group2431_mafft.aln group2432_mafft.aln group2433_mafft.aln group2434_mafft.aln group2435_mafft.aln group2437_mafft.aln group2438_mafft.aln group2439_mafft.aln group243_mafft.aln group2440_mafft.aln group2441_mafft.aln group2442_mafft.aln group2443_mafft.aln group2445_mafft.aln group2446_mafft.aln group2447_mafft.aln group2448_mafft.aln group2449_mafft.aln group2450_mafft.aln group2452.1_mafft.aln group2452_mafft.aln group2453_mafft.aln group2454_mafft.aln group2455_mafft.aln group2457_mafft.aln group2458_mafft.aln group2459_mafft.aln group245_mafft.aln group2460_mafft.aln group2461_mafft.aln group2462_mafft.aln group2463_mafft.aln group2465_mafft.aln group2466_mafft.aln group2468_mafft.aln group2469_mafft.aln group2470_mafft.aln group2471_mafft.aln group2472_mafft.aln group247_mafft.aln group3146_mafft.aln group3148_mafft.aln group3150.1_mafft.aln group3150_mafft.aln group3151.1_mafft.aln group3151_mafft.aln group3152_mafft.aln group3153_mafft.aln group3154_mafft.aln group3156.1_mafft.aln group3156.2_mafft.aln group3156_mafft.aln group3157_mafft.aln group3158_mafft.aln group3159_mafft.aln group315_mafft.aln group3160_mafft.aln group3162_mafft.aln group3164_mafft.aln group3165_mafft.aln group3167_mafft.aln group3168_mafft.aln group3169_mafft.aln group316_mafft.aln group3170_mafft.aln group3171_mafft.aln group3172_mafft.aln group3175_mafft.aln group3176_mafft.aln group3177_mafft.aln group3179_mafft.aln group317_mafft.aln group318.1_mafft.aln group3180_mafft.aln group3182_mafft.aln group3183_mafft.aln group3184_mafft.aln group3186_mafft.aln group3187_mafft.aln group318_mafft.aln group319.1_mafft.aln group3191_mafft.aln group3192_mafft.aln group3193_mafft.aln group3194_mafft.aln group3195_mafft.aln group3196_mafft.aln group3197_mafft.aln group3198_mafft.aln group319_mafft.aln group3199_mafft.aln group3202_mafft.aln group3203_mafft.aln group3204_mafft.aln group3207_mafft.aln group320_mafft.aln group3210_mafft.aln group3211_mafft.aln group3212_mafft.aln group3215_mafft.aln group3216_mafft.aln group322.1_mafft.aln group3227_mafft.aln group322_mafft.aln group3230_mafft.aln group3232_mafft.aln group3233_mafft.aln group3234_mafft.aln group3237_mafft.aln group3238_mafft.aln group3240_mafft.aln group3241_mafft.aln group3242_mafft.aln group3245_mafft.aln group3246_mafft.aln group3247_mafft.aln group3248_mafft.aln group324_mafft.aln group3250_mafft.aln group3251_mafft.aln group3252_mafft.aln group3254_mafft.aln group3257_mafft.aln group3258_mafft.aln group3260_mafft.aln group3261_mafft.aln group3264_mafft.aln group3268_mafft.aln group3269_mafft.aln group3270_mafft.aln group3271_mafft.aln group3273_mafft.aln group3274_mafft.aln group3275_mafft.aln group3276.1_mafft.aln group3276_mafft.aln group3277_mafft.aln group3278_mafft.aln group328.1_mafft.aln group32_mafft.aln group3089.2_mafft.aln group3089.3_mafft.aln group3089_mafft.aln group3090_mafft.aln group3091_mafft.aln group3092_mafft.aln group3093_mafft.aln group3094_mafft.aln group3098_mafft.aln group309_mafft.aln group3101_mafft.aln group3102_mafft.aln group3103_mafft.aln group3104_mafft.aln group3107_mafft.aln group3108_mafft.aln group3109_mafft.aln group310_mafft.aln group311.1_mafft.aln group311.2_mafft.aln group311.3_mafft.aln group3111_mafft.aln group3114_mafft.aln group3115.1_mafft.aln group3115_mafft.aln group3116_mafft.aln group3117_mafft.aln group3119_mafft.aln group311_mafft.aln group3120_mafft.aln group3121_mafft.aln group3122_mafft.aln group3123_mafft.aln group3124_mafft.aln group3126_mafft.aln group3127_mafft.aln group3130_mafft.aln group3132_mafft.aln group3133_mafft.aln group3134_mafft.aln group3135_mafft.aln group3136_mafft.aln group3138_mafft.aln group3139_mafft.aln group3140_mafft.aln group3141_mafft.aln group3142_mafft.aln group3144_mafft.aln group314_mafft.aln group31_mafft.aln group328.2_mafft.aln group328.3_mafft.aln group328.4_mafft.aln group328.5_mafft.aln group328.6_mafft.aln group3280_mafft.aln group3282_mafft.aln group3285_mafft.aln group3286.1_mafft.aln group3286_mafft.aln group3287_mafft.aln group3288_mafft.aln group3289_mafft.aln group328_mafft.aln group3290_mafft.aln group3291_mafft.aln group3292_mafft.aln group3293_mafft.aln group3294_mafft.aln group3296_mafft.aln group3297_mafft.aln group3298_mafft.aln group329_mafft.aln group33.1_mafft.aln group3300_mafft.aln group3301_mafft.aln group3302_mafft.aln group3303_mafft.aln group330_mafft.aln group331.1_mafft.aln group3312_mafft.aln group331_mafft.aln group332.1_mafft.aln group332.2_mafft.aln group332.3_mafft.aln group332.4_mafft.aln group332.5_mafft.aln group3329_mafft.aln group332_mafft.aln group333_mafft.aln group3341_mafft.aln group3349_mafft.aln group335.1_mafft.aln group335.2_mafft.aln group335.3_mafft.aln group335.4_mafft.aln group335.5_mafft.aln group335.6_mafft.aln group335_mafft.aln group33_mafft.aln group3546_mafft.aln group3548_mafft.aln group3549_mafft.aln group355.1_mafft.aln group355.2_mafft.aln group355.3_mafft.aln group355.4_mafft.aln group355.5_mafft.aln group355.6_mafft.aln group3551_mafft.aln group3552_mafft.aln group3553_mafft.aln group3554_mafft.aln group3555_mafft.aln group3556_mafft.aln group355_mafft.aln group3567_mafft.aln group3568_mafft.aln group3569_mafft.aln group356_mafft.aln group3570_mafft.aln group3575_mafft.aln group3577_mafft.aln group3578_mafft.aln group3579.1_mafft.aln group3579_mafft.aln group357_mafft.aln group3580_mafft.aln group3582_mafft.aln group3583.1_mafft.aln group3583_mafft.aln group3584_mafft.aln group3585_mafft.aln group3586_mafft.aln group358_mafft.aln group3591_mafft.aln group3592_mafft.aln group3595_mafft.aln group3596_mafft.aln group3597.1_mafft.aln group3597_mafft.aln group3598_mafft.aln group3599_mafft.aln group359_mafft.aln group3604_mafft.aln group3605_mafft.aln group3606_mafft.aln group3607_mafft.aln group360_mafft.aln group36_mafft.aln group3445_mafft.aln group3446_mafft.aln group3447_mafft.aln group3448_mafft.aln group345.1_mafft.aln group345.2_mafft.aln group3451_mafft.aln group3453_mafft.aln group3454_mafft.aln group3457_mafft.aln group345_mafft.aln group3462_mafft.aln group3466_mafft.aln group3467_mafft.aln group3468_mafft.aln group346_mafft.aln group3478_mafft.aln group3479_mafft.aln group347_mafft.aln group3483_mafft.aln group3484_mafft.aln group3486_mafft.aln group3488_mafft.aln group3492_mafft.aln group3493_mafft.aln group3494_mafft.aln group3495_mafft.aln group3496_mafft.aln group3499.1_mafft.aln group3499_mafft.aln group349_mafft.aln group3500_mafft.aln group3501_mafft.aln group3502_mafft.aln group3507_mafft.aln group350_mafft.aln group3515_mafft.aln group3517_mafft.aln group351_mafft.aln group3523_mafft.aln group352_mafft.aln group3535_mafft.aln group3539_mafft.aln group3540_mafft.aln group3541_mafft.aln group3542_mafft.aln group3543_mafft.aln group3544_mafft.aln group3545_mafft.aln group35_mafft.aln group3036_mafft.aln group3037_mafft.aln group3038_mafft.aln group3039_mafft.aln group304.1_mafft.aln group3040_mafft.aln group3042_mafft.aln group3043_mafft.aln group3044.1_mafft.aln group3044_mafft.aln group3046_mafft.aln group3048_mafft.aln group3049_mafft.aln group304_mafft.aln group305.1_mafft.aln group3050_mafft.aln group3053_mafft.aln group3054_mafft.aln group3055_mafft.aln group3056_mafft.aln group3057_mafft.aln group3058_mafft.aln group305_mafft.aln group3060_mafft.aln group3061_mafft.aln group3062_mafft.aln group3063_mafft.aln group3064_mafft.aln group3065_mafft.aln group306_mafft.aln group3070.1_mafft.aln group3070_mafft.aln group3071_mafft.aln group3072_mafft.aln group3073_mafft.aln group3074_mafft.aln group3075_mafft.aln group3076_mafft.aln group3077.1_mafft.aln group3077_mafft.aln group3078_mafft.aln group3079_mafft.aln group3081_mafft.aln group3084_mafft.aln group3085_mafft.aln group3086_mafft.aln group3087_mafft.aln group3088_mafft.aln group3089.1_mafft.aln group308_mafft.aln group3797_mafft.aln group3798_mafft.aln group3805_mafft.aln group3806_mafft.aln group3809_mafft.aln group380_mafft.aln group3811_mafft.aln group3812_mafft.aln group3813_mafft.aln group3814_mafft.aln group3815_mafft.aln group3817_mafft.aln group3821_mafft.aln group3824_mafft.aln group3825_mafft.aln group3829_mafft.aln group3831_mafft.aln group3834_mafft.aln group383_mafft.aln group3842_mafft.aln group3843_mafft.aln group3846_mafft.aln group3847_mafft.aln group384_mafft.aln group3851_mafft.aln group3854_mafft.aln group3856_mafft.aln group3859_mafft.aln group385_mafft.aln group3863_mafft.aln group3865_mafft.aln group386_mafft.aln group3873_mafft.aln group3877_mafft.aln group3878_mafft.aln group3879_mafft.aln group387_mafft.aln group3880_mafft.aln group3881_mafft.aln group3884_mafft.aln group388_mafft.aln group389.1_mafft.aln group389.2_mafft.aln group389.3_mafft.aln group3893_mafft.aln group3895_mafft.aln group3896_mafft.aln group3897_mafft.aln group389_mafft.aln group38_mafft.aln group3608_mafft.aln group3609_mafft.aln group3619_mafft.aln group3620_mafft.aln group3621_mafft.aln group3622_mafft.aln group3623_mafft.aln group3625_mafft.aln group3626_mafft.aln group3628_mafft.aln group362_mafft.aln group3630_mafft.aln group3632_mafft.aln group3633_mafft.aln group363_mafft.aln group3640_mafft.aln group3641_mafft.aln group3646_mafft.aln group3647_mafft.aln group3649_mafft.aln group364_mafft.aln group3650_mafft.aln group3651_mafft.aln group3653_mafft.aln group365_mafft.aln group3661_mafft.aln group3662_mafft.aln group3663_mafft.aln group3665_mafft.aln group3666_mafft.aln group3668_mafft.aln group3669_mafft.aln group366_mafft.aln group3670_mafft.aln group3671_mafft.aln group367_mafft.aln group3680_mafft.aln group3682_mafft.aln group3683_mafft.aln group3685_mafft.aln group3688_mafft.aln group3692_mafft.aln group3696_mafft.aln group3697_mafft.aln group3698_mafft.aln group3699_mafft.aln group369_mafft.aln group370.1_mafft.aln group370_mafft.aln group37_mafft.aln group2519_mafft.aln group2520_mafft.aln group2521_mafft.aln group2522_mafft.aln group2523_mafft.aln group2524_mafft.aln group2525_mafft.aln group2526_mafft.aln group2527_mafft.aln group2528_mafft.aln group2529_mafft.aln group252_mafft.aln group253.1_mafft.aln group253.2_mafft.aln group253.3_mafft.aln group253.4_mafft.aln group253.5_mafft.aln group253.6_mafft.aln group253.7_mafft.aln group253.8_mafft.aln group253.9_mafft.aln group2530_mafft.aln group2531_mafft.aln group2532_mafft.aln group2533_mafft.aln group2534_mafft.aln group2535.1_mafft.aln group2535.2_mafft.aln group2535.3_mafft.aln group2535.4_mafft.aln group2535.5_mafft.aln group2535.6_mafft.aln group2535.7_mafft.aln group2535_mafft.aln group2536_mafft.aln group2537_mafft.aln group2538_mafft.aln group2539_mafft.aln group253_mafft.aln group2540_mafft.aln group2541_mafft.aln group2543.10_mafft.aln group2543.11_mafft.aln group2543.12_mafft.aln group2543.1_mafft.aln group2543.2_mafft.aln group2543.3_mafft.aln group2543.4_mafft.aln group2543.5_mafft.aln group254_mafft.aln group2847_mafft.aln group2852_mafft.aln group2853_mafft.aln group2857_mafft.aln group2860_mafft.aln group2861_mafft.aln group2862_mafft.aln group2865_mafft.aln group2866_mafft.aln group2867_mafft.aln group2868_mafft.aln group2869_mafft.aln group286_mafft.aln group2870_mafft.aln group2871_mafft.aln group2872_mafft.aln group2873_mafft.aln group2874_mafft.aln group2875_mafft.aln group2876_mafft.aln group2877_mafft.aln group2878_mafft.aln group2879_mafft.aln group287_mafft.aln group288.1_mafft.aln group2880_mafft.aln group2882_mafft.aln group2884_mafft.aln group2885_mafft.aln group2886_mafft.aln group2887_mafft.aln group2889_mafft.aln group288_mafft.aln group289.1_mafft.aln group2890.1_mafft.aln group2890_mafft.aln group2891_mafft.aln group2892_mafft.aln group2893_mafft.aln group2894.1_mafft.aln group2894_mafft.aln group2895_mafft.aln group2896_mafft.aln group2897_mafft.aln group2898_mafft.aln group2899_mafft.aln group289_mafft.aln group2900_mafft.aln group290_mafft.aln group29_mafft.aln group395.107_mafft.aln group395.108_mafft.aln group395.109_mafft.aln group395.110_mafft.aln group395.111_mafft.aln group395.112_mafft.aln group395.113_mafft.aln group395.114_mafft.aln group395.115_mafft.aln group395.116_mafft.aln group395.117_mafft.aln group395.118_mafft.aln group395.119_mafft.aln group395.11_mafft.aln group395.120_mafft.aln group395.121_mafft.aln group395.122_mafft.aln group395.123_mafft.aln group395.124_mafft.aln group395.125_mafft.aln group395.126_mafft.aln group395.127_mafft.aln group395.128_mafft.aln group395.129_mafft.aln group395.12_mafft.aln group395.130_mafft.aln group395.131_mafft.aln group395.132_mafft.aln group395.133_mafft.aln group395.134_mafft.aln group395.135_mafft.aln group395.136_mafft.aln group395.137_mafft.aln group395.138_mafft.aln group395.139_mafft.aln group395.13_mafft.aln group395.140_mafft.aln group395.141_mafft.aln group395.142_mafft.aln group395.143_mafft.aln group395.144_mafft.aln group395.145_mafft.aln group395.146_mafft.aln group395.147_mafft.aln group395.148_mafft.aln group395.149_mafft.aln group395.14_mafft.aln group395.150_mafft.aln group395.151_mafft.aln group395.15_mafft.aln group2676.6_mafft.aln group2676.7_mafft.aln group2676.8_mafft.aln group2676.9_mafft.aln group2676_mafft.aln group2677_mafft.aln group2678_mafft.aln group2679_mafft.aln group2680_mafft.aln group2681_mafft.aln group2683_mafft.aln group2685_mafft.aln group2687_mafft.aln group2688_mafft.aln group2689.1_mafft.aln group2689_mafft.aln group268_mafft.aln group269.1_mafft.aln group2690.1_mafft.aln group2690_mafft.aln group2691_mafft.aln group2693_mafft.aln group2694_mafft.aln group2696_mafft.aln group2697_mafft.aln group2699_mafft.aln group269_mafft.aln group2700_mafft.aln group2702_mafft.aln group2703_mafft.aln group2704_mafft.aln group2705_mafft.aln group2706_mafft.aln group2707_mafft.aln group2710_mafft.aln group2712_mafft.aln group2713_mafft.aln group2714_mafft.aln group2715_mafft.aln group2717_mafft.aln group2718_mafft.aln group271_mafft.aln group2720_mafft.aln group2722_mafft.aln group2723_mafft.aln group2724_mafft.aln group2725_mafft.aln group2726_mafft.aln group272_mafft.aln group27_mafft.aln group4505_mafft.aln group4509_mafft.aln group4510_mafft.aln group4511_mafft.aln group451_mafft.aln group4523_mafft.aln group4525_mafft.aln group4526_mafft.aln group4535_mafft.aln group4536_mafft.aln group453_mafft.aln group4543_mafft.aln group454_mafft.aln group455.1_mafft.aln group455_mafft.aln group456_mafft.aln group457.1_mafft.aln group457.2_mafft.aln group457.3_mafft.aln group4574_mafft.aln group4575_mafft.aln group4577_mafft.aln group4578_mafft.aln group4579_mafft.aln group457_mafft.aln group4580_mafft.aln group4582_mafft.aln group4583_mafft.aln group4584_mafft.aln group4585_mafft.aln group458_mafft.aln group459.1_mafft.aln group459.2_mafft.aln group459.3_mafft.aln group459.4_mafft.aln group459.5_mafft.aln group459_mafft.aln group4600_mafft.aln group4603_mafft.aln group4604_mafft.aln group460_mafft.aln group4613_mafft.aln group4614_mafft.aln group4616_mafft.aln group4618_mafft.aln group461_mafft.aln group462.1_mafft.aln group4620_mafft.aln group462_mafft.aln group46_mafft.aln group4388_mafft.aln group4389_mafft.aln group439.1_mafft.aln group439.2_mafft.aln group439.3_mafft.aln group439.4_mafft.aln group439.5_mafft.aln group439.6_mafft.aln group439.7_mafft.aln group4390_mafft.aln group4395_mafft.aln group4397_mafft.aln group439_mafft.aln group4400_mafft.aln group4402_mafft.aln group4404_mafft.aln group440_mafft.aln group4418_mafft.aln group4427_mafft.aln group442_mafft.aln group4436_mafft.aln group443_mafft.aln group4442_mafft.aln group4444_mafft.aln group444_mafft.aln group4455_mafft.aln group4457_mafft.aln group4458_mafft.aln group445_mafft.aln group4460_mafft.aln group446_mafft.aln group447_mafft.aln group4481_mafft.aln group4487_mafft.aln group448_mafft.aln group449.1_mafft.aln group4490_mafft.aln group4491_mafft.aln group4492_mafft.aln group4493_mafft.aln group4494_mafft.aln group4495_mafft.aln group4496_mafft.aln group4497_mafft.aln group449_mafft.aln group44_mafft.aln group4502_mafft.aln group4504_mafft.aln group450_mafft.aln group45_mafft.aln group4246_mafft.aln group4250_mafft.aln group425_mafft.aln group4269_mafft.aln group426_mafft.aln group4272_mafft.aln group427_mafft.aln group428_mafft.aln group4298_mafft.aln group429_mafft.aln group4300_mafft.aln group4303_mafft.aln group4313_mafft.aln group4316_mafft.aln group4317_mafft.aln group431_mafft.aln group4322_mafft.aln group4323_mafft.aln group4324_mafft.aln group4327_mafft.aln group4341_mafft.aln group4342_mafft.aln group4343_mafft.aln group4346_mafft.aln group4347_mafft.aln group435.1_mafft.aln group435.2_mafft.aln group435.3_mafft.aln group4352_mafft.aln group4354_mafft.aln group4358_mafft.aln group435_mafft.aln group4362_mafft.aln group4363_mafft.aln group4364_mafft.aln group436_mafft.aln group437.1_mafft.aln group437.2_mafft.aln group437.3_mafft.aln group4370_mafft.aln group4371_mafft.aln group4378_mafft.aln group4379_mafft.aln group437_mafft.aln group438.1_mafft.aln group438.2_mafft.aln group438.3_mafft.aln group4386_mafft.aln group438_mafft.aln group43_mafft.aln group3960_mafft.aln group3968_mafft.aln group396_mafft.aln group3976_mafft.aln group397_mafft.aln group3985_mafft.aln group3993_mafft.aln group3996_mafft.aln group3998_mafft.aln group399_mafft.aln group4.1_mafft.aln group4.2_mafft.aln group4.3_mafft.aln group4.4_mafft.aln group4003_mafft.aln group400_mafft.aln group401.1_mafft.aln group4011_mafft.aln group4015_mafft.aln group4016_mafft.aln group4018_mafft.aln group4019_mafft.aln group401_mafft.aln group402.1_mafft.aln group4025_mafft.aln group4026_mafft.aln group4029_mafft.aln group402_mafft.aln group4032_mafft.aln group4037_mafft.aln group403_mafft.aln group404.1_mafft.aln group404.2_mafft.aln group404.3_mafft.aln group404.4_mafft.aln group404.5_mafft.aln group404.6_mafft.aln group404.7_mafft.aln group404.8_mafft.aln group404.9_mafft.aln group4042_mafft.aln group4043_mafft.aln group4046_mafft.aln group4049_mafft.aln group404_mafft.aln group4054_mafft.aln group4055_mafft.aln group405_mafft.aln group40_mafft.aln group4_mafft.aln group783.2_mafft.aln group783.3_mafft.aln group783_mafft.aln group784_mafft.aln group785_mafft.aln group786_mafft.aln group791_mafft.aln group792_mafft.aln group793_mafft.aln group794.1_mafft.aln group794.2_mafft.aln group794.3_mafft.aln group794.4_mafft.aln group794.5_mafft.aln group794.6_mafft.aln group794.7_mafft.aln group794.8_mafft.aln group794_mafft.aln group795.10_mafft.aln group795.1_mafft.aln group795.2_mafft.aln group795.3_mafft.aln group795.4_mafft.aln group795.5_mafft.aln group795.6_mafft.aln group795.7_mafft.aln group795.8_mafft.aln group795.9_mafft.aln group795_mafft.aln group796.1_mafft.aln group796.2_mafft.aln group796.3_mafft.aln group796_mafft.aln group797.1_mafft.aln group797.2_mafft.aln group797.3_mafft.aln group797.4_mafft.aln group797.5_mafft.aln group797_mafft.aln group79_mafft.aln group800_mafft.aln group802_mafft.aln group803.1_mafft.aln group803.2_mafft.aln group803_mafft.aln group804.1_mafft.aln group804_mafft.aln group806_mafft.aln group80_mafft.aln group8_mafft.aln group490.40_mafft.aln group490.41_mafft.aln group490.42_mafft.aln group490.43_mafft.aln group490.44_mafft.aln group490.45_mafft.aln group490.46_mafft.aln group490.47_mafft.aln group490.48_mafft.aln group490.49_mafft.aln group490.4_mafft.aln group490.50_mafft.aln group490.51_mafft.aln group490.52_mafft.aln group490.53_mafft.aln group490.54_mafft.aln group490.55_mafft.aln group490.56_mafft.aln group490.57_mafft.aln group490.5_mafft.aln group490.6_mafft.aln group490.7_mafft.aln group490.8_mafft.aln group490.9_mafft.aln group490_mafft.aln group4914_mafft.aln group491_mafft.aln group4930_mafft.aln group496_mafft.aln group497.1_mafft.aln group497.2_mafft.aln group4978_mafft.aln group497_mafft.aln group4988_mafft.aln group499_mafft.aln group50.1_mafft.aln group500_mafft.aln group5019_mafft.aln group501_mafft.aln group5020_mafft.aln group5021_mafft.aln group5022_mafft.aln group5024_mafft.aln group502_mafft.aln group5032_mafft.aln group5034_mafft.aln group5035_mafft.aln group503_mafft.aln group50_mafft.aln group5_mafft.aln group390.10_mafft.aln group390.11_mafft.aln group390.1_mafft.aln group390.2_mafft.aln group390.3_mafft.aln group390.4_mafft.aln group390.5_mafft.aln group390.6_mafft.aln group390.7_mafft.aln group390.8_mafft.aln group390.9_mafft.aln group3900_mafft.aln group3903_mafft.aln group3905_mafft.aln group390_mafft.aln group3916_mafft.aln group3919_mafft.aln group3920_mafft.aln group3922_mafft.aln group3923_mafft.aln group3924_mafft.aln group3928_mafft.aln group3929_mafft.aln group392_mafft.aln group3930_mafft.aln group3933_mafft.aln group3935_mafft.aln group3936_mafft.aln group3937_mafft.aln group3939_mafft.aln group393_mafft.aln group394.1_mafft.aln group394.2_mafft.aln group394.3_mafft.aln group394.4_mafft.aln group394.5_mafft.aln group3942_mafft.aln group3944_mafft.aln group3949_mafft.aln group394_mafft.aln group395.100_mafft.aln group395.101_mafft.aln group395.102_mafft.aln group395.103_mafft.aln group395.104_mafft.aln group395.105_mafft.aln group395.106_mafft.aln group395.10_mafft.aln group395.1_mafft.aln group39_mafft.aln group5771_mafft.aln group577_mafft.aln group578_mafft.aln group5794_mafft.aln group579_mafft.aln group5808_mafft.aln group582_mafft.aln group583_mafft.aln group5851_mafft.aln group585_mafft.aln group586.1_mafft.aln group586.2_mafft.aln group586.3_mafft.aln group586.4_mafft.aln group586.5_mafft.aln group586.6_mafft.aln group586.7_mafft.aln group586.8_mafft.aln group586_mafft.aln group587.1_mafft.aln group587_mafft.aln group5881_mafft.aln group588_mafft.aln group5897_mafft.aln group589_mafft.aln group58_mafft.aln group59.1_mafft.aln group59.2_mafft.aln group59.3_mafft.aln group59.4_mafft.aln group59.5_mafft.aln group59.6_mafft.aln group59.7_mafft.aln group59.8_mafft.aln group59.9_mafft.aln group590_mafft.aln group591_mafft.aln group592.1_mafft.aln group592.2_mafft.aln group5922_mafft.aln group5923_mafft.aln group5924_mafft.aln group592_mafft.aln group593_mafft.aln group594_mafft.aln group5951_mafft.aln group595_mafft.aln group596.1_mafft.aln group596_mafft.aln group59_mafft.aln group395.152_mafft.aln group395.153_mafft.aln group395.16_mafft.aln group395.17_mafft.aln group395.18_mafft.aln group395.19_mafft.aln group395.20_mafft.aln group395.21_mafft.aln group395.22_mafft.aln group395.23_mafft.aln group395.24_mafft.aln group395.25_mafft.aln group395.26_mafft.aln group395.27_mafft.aln group395.28_mafft.aln group395.29_mafft.aln group395.2_mafft.aln group395.30_mafft.aln group395.31_mafft.aln group395.32_mafft.aln group395.33_mafft.aln group395.34_mafft.aln group395.35_mafft.aln group395.36_mafft.aln group395.37_mafft.aln group395.38_mafft.aln group395.39_mafft.aln group395.3_mafft.aln group395.40_mafft.aln group395.41_mafft.aln group395.42_mafft.aln group395.43_mafft.aln group395.44_mafft.aln group395.45_mafft.aln group395.46_mafft.aln group395.47_mafft.aln group395.48_mafft.aln group395.49_mafft.aln group395.4_mafft.aln group395.50_mafft.aln group395.51_mafft.aln group395.52_mafft.aln group395.53_mafft.aln group395.54_mafft.aln group395.55_mafft.aln group395.56_mafft.aln group395.57_mafft.aln group395.58_mafft.aln group395.59_mafft.aln group395.5_mafft.aln group4808_mafft.aln group480_mafft.aln group481_mafft.aln group4832_mafft.aln group4834_mafft.aln group483_mafft.aln group4843_mafft.aln group485.1_mafft.aln group485.2_mafft.aln group485.3_mafft.aln group485.4_mafft.aln group485.5_mafft.aln group485.6_mafft.aln group485_mafft.aln group4872_mafft.aln group487_mafft.aln group490.10_mafft.aln group490.11_mafft.aln group490.12_mafft.aln group490.13_mafft.aln group490.14_mafft.aln group490.15_mafft.aln group490.16_mafft.aln group490.17_mafft.aln group490.18_mafft.aln group490.19_mafft.aln group490.1_mafft.aln group490.20_mafft.aln group490.21_mafft.aln group490.22_mafft.aln group490.23_mafft.aln group490.24_mafft.aln group490.25_mafft.aln group490.26_mafft.aln group490.27_mafft.aln group490.28_mafft.aln group490.29_mafft.aln group490.2_mafft.aln group490.30_mafft.aln group490.31_mafft.aln group490.32_mafft.aln group490.33_mafft.aln group490.34_mafft.aln group490.35_mafft.aln group490.36_mafft.aln group490.37_mafft.aln group490.38_mafft.aln group490.39_mafft.aln group490.3_mafft.aln group49_mafft.aln group525.51_mafft.aln group525.52_mafft.aln group525.53_mafft.aln group525.54_mafft.aln group525.55_mafft.aln group525.56_mafft.aln group525.57_mafft.aln group525.58_mafft.aln group525.59_mafft.aln group525.60_mafft.aln group525.61_mafft.aln group525.62_mafft.aln group525.63_mafft.aln group525.64_mafft.aln group525.65_mafft.aln group525.66_mafft.aln group525.67_mafft.aln group525.68_mafft.aln group525.69_mafft.aln group525.6_mafft.aln group525.70_mafft.aln group525.71_mafft.aln group525.72_mafft.aln group525.73_mafft.aln group525.74_mafft.aln group525.75_mafft.aln group525.76_mafft.aln group525.77_mafft.aln group525.78_mafft.aln group525.79_mafft.aln group525.7_mafft.aln group525.80_mafft.aln group525.81_mafft.aln group525.8_mafft.aln group525.9_mafft.aln group5253_mafft.aln group5258_mafft.aln group525_mafft.aln group527.10_mafft.aln group527.11_mafft.aln group527.12_mafft.aln group527.13_mafft.aln group527.14_mafft.aln group527.15_mafft.aln group527.16_mafft.aln group527.17_mafft.aln group527.18_mafft.aln group527.19_mafft.aln group527.1_mafft.aln group527.2_mafft.aln group4059_mafft.aln group4066_mafft.aln group4067_mafft.aln group4068_mafft.aln group406_mafft.aln group4071_mafft.aln group4073_mafft.aln group4074_mafft.aln group4075_mafft.aln group4076_mafft.aln group407_mafft.aln group4082_mafft.aln group409_mafft.aln group41.1_mafft.aln group41.2_mafft.aln group41.3_mafft.aln group4104_mafft.aln group4105_mafft.aln group4106_mafft.aln group410_mafft.aln group4122_mafft.aln group412_mafft.aln group4131_mafft.aln group4136_mafft.aln group4138_mafft.aln group414_mafft.aln group4150_mafft.aln group4157_mafft.aln group4159_mafft.aln group4166_mafft.aln group416_mafft.aln group4178_mafft.aln group417_mafft.aln group4187_mafft.aln group418_mafft.aln group4194_mafft.aln group419_mafft.aln group41_mafft.aln group420.1_mafft.aln group4201_mafft.aln group420_mafft.aln group4217_mafft.aln group421_mafft.aln group4221_mafft.aln group4224_mafft.aln group423.1_mafft.aln group4236_mafft.aln group4237_mafft.aln group423_mafft.aln group424_mafft.aln group4621_mafft.aln group4623_mafft.aln group4624_mafft.aln group4628_mafft.aln group4632_mafft.aln group4634_mafft.aln group463_mafft.aln group464_mafft.aln group4653_mafft.aln group4654_mafft.aln group467.1_mafft.aln group4673_mafft.aln group467_mafft.aln group468.1_mafft.aln group468_mafft.aln group469_mafft.aln group470_mafft.aln group4715_mafft.aln group4716_mafft.aln group471_mafft.aln group4728_mafft.aln group472_mafft.aln group473.1_mafft.aln group4737_mafft.aln group473_mafft.aln group474_mafft.aln group475_mafft.aln group4762_mafft.aln group476_mafft.aln group4771_mafft.aln group4773_mafft.aln group4776_mafft.aln group4777_mafft.aln group4779_mafft.aln group477_mafft.aln group478_mafft.aln group4791_mafft.aln group479_mafft.aln group47_mafft.aln group480.10_mafft.aln group480.11_mafft.aln group480.1_mafft.aln group480.2_mafft.aln group480.3_mafft.aln group480.4_mafft.aln group480.5_mafft.aln group480.6_mafft.aln group480.7_mafft.aln group480.8_mafft.aln group480.9_mafft.aln group5036_mafft.aln group5039_mafft.aln group504_mafft.aln group5062_mafft.aln group5065_mafft.aln group5066_mafft.aln group5067_mafft.aln group5068_mafft.aln group5069_mafft.aln group506_mafft.aln group5071_mafft.aln group5072_mafft.aln group5073_mafft.aln group5074_mafft.aln group5075_mafft.aln group507_mafft.aln group508.1_mafft.aln group508.2_mafft.aln group508.3_mafft.aln group508.4_mafft.aln group5086_mafft.aln group508_mafft.aln group51.1_mafft.aln group510.1_mafft.aln group5101_mafft.aln group510_mafft.aln group511_mafft.aln group512.1_mafft.aln group512.2_mafft.aln group512.3_mafft.aln group512_mafft.aln group513_mafft.aln group5141_mafft.aln group5142_mafft.aln group5143_mafft.aln group514_mafft.aln group515.1_mafft.aln group5150_mafft.aln group515_mafft.aln group5162_mafft.aln group5164_mafft.aln group516_mafft.aln group5170_mafft.aln group5184_mafft.aln group518_mafft.aln group519_mafft.aln group51_mafft.aln group520.1_mafft.aln group520_mafft.aln group52_mafft.aln group5463_mafft.aln group5464_mafft.aln group547_mafft.aln group549_mafft.aln group550_mafft.aln group5512_mafft.aln group551_mafft.aln group552_mafft.aln group5532_mafft.aln group553_mafft.aln group554.1_mafft.aln group554_mafft.aln group556_mafft.aln group557_mafft.aln group5584_mafft.aln group558_mafft.aln group5591_mafft.aln group559_mafft.aln group55_mafft.aln group5600_mafft.aln group560_mafft.aln group561_mafft.aln group562_mafft.aln group563_mafft.aln group5644_mafft.aln group564_mafft.aln group565_mafft.aln group566_mafft.aln group5673_mafft.aln group567_mafft.aln group568.1_mafft.aln group5682_mafft.aln group5686_mafft.aln group568_mafft.aln group5690_mafft.aln group5696_mafft.aln group569_mafft.aln group56_mafft.aln group5710_mafft.aln group5719_mafft.aln group571_mafft.aln group572_mafft.aln group5734_mafft.aln group5741_mafft.aln group5742_mafft.aln group574_mafft.aln group5760_mafft.aln group5766_mafft.aln group576_mafft.aln group57_mafft.aln group527.20_mafft.aln group527.21_mafft.aln group527.22_mafft.aln group527.3_mafft.aln group527.4_mafft.aln group527.5_mafft.aln group527.6_mafft.aln group527.7_mafft.aln group527.8_mafft.aln group527.9_mafft.aln group527_mafft.aln group5286_mafft.aln group529.1_mafft.aln group529.2_mafft.aln group529.3_mafft.aln group529.4_mafft.aln group529_mafft.aln group5300_mafft.aln group532_mafft.aln group5334_mafft.aln group533_mafft.aln group5344_mafft.aln group534_mafft.aln group535_mafft.aln group536_mafft.aln group537.1_mafft.aln group537_mafft.aln group538.1_mafft.aln group538.2_mafft.aln group538.3_mafft.aln group538_mafft.aln group539_mafft.aln group53_mafft.aln group5408_mafft.aln group540_mafft.aln group541.1_mafft.aln group541_mafft.aln group5421_mafft.aln group5426_mafft.aln group5427_mafft.aln group5428_mafft.aln group542_mafft.aln group5433_mafft.aln group543_mafft.aln group544.1_mafft.aln group544_mafft.aln group545_mafft.aln group5462_mafft.aln group546_mafft.aln group54_mafft.aln group5967_mafft.aln group597_mafft.aln group598_mafft.aln group599_mafft.aln group60.10_mafft.aln group60.11_mafft.aln group60.12_mafft.aln group60.13_mafft.aln group60.1_mafft.aln group60.2_mafft.aln group60.3_mafft.aln group60.4_mafft.aln group60.5_mafft.aln group60.6_mafft.aln group60.7_mafft.aln group60.8_mafft.aln group60.9_mafft.aln group6005_mafft.aln group600_mafft.aln group601_mafft.aln group603_mafft.aln group604_mafft.aln group605_mafft.aln group606_mafft.aln group607_mafft.aln group608_mafft.aln group609_mafft.aln group60_mafft.aln group610_mafft.aln group6118_mafft.aln group611_mafft.aln group612_mafft.aln group6133_mafft.aln group6134_mafft.aln group613_mafft.aln group614_mafft.aln group6152_mafft.aln group615_mafft.aln group616_mafft.aln group617.1_mafft.aln group617.2_mafft.aln group617.3_mafft.aln group617.4_mafft.aln group6170_mafft.aln group617_mafft.aln group6181_mafft.aln group618_mafft.aln group61_mafft.aln group62_mafft.aln group6_mafft.aln group620_mafft.aln group621_mafft.aln group622_mafft.aln group6254_mafft.aln group6256_mafft.aln group625_mafft.aln group6262_mafft.aln group626_mafft.aln group627_mafft.aln group629_mafft.aln group63.1_mafft.aln group630_mafft.aln group631.1_mafft.aln group631.2_mafft.aln group631.3_mafft.aln group631.4_mafft.aln group631_mafft.aln group633_mafft.aln group6348_mafft.aln group635.1_mafft.aln group635_mafft.aln group636_mafft.aln group638.1_mafft.aln group638.2_mafft.aln group638.3_mafft.aln group638.4_mafft.aln group6380_mafft.aln group638_mafft.aln group639_mafft.aln group63_mafft.aln group640_mafft.aln group641.1_mafft.aln group641.2_mafft.aln group641_mafft.aln group643_mafft.aln group644.1_mafft.aln group644.2_mafft.aln group644_mafft.aln group6462_mafft.aln group647_mafft.aln group64_mafft.aln group65.1_mafft.aln group650_mafft.aln group651_mafft.aln group652.1_mafft.aln group652.2_mafft.aln group652_mafft.aln group655_mafft.aln group657.1_mafft.aln group65_mafft.aln group395.60_mafft.aln group395.61_mafft.aln group395.62_mafft.aln group395.63_mafft.aln group395.64_mafft.aln group395.65_mafft.aln group395.66_mafft.aln group395.67_mafft.aln group395.68_mafft.aln group395.69_mafft.aln group395.6_mafft.aln group395.70_mafft.aln group395.71_mafft.aln group395.72_mafft.aln group395.73_mafft.aln group395.74_mafft.aln group395.75_mafft.aln group395.76_mafft.aln group395.77_mafft.aln group395.78_mafft.aln group395.79_mafft.aln group395.7_mafft.aln group395.80_mafft.aln group395.81_mafft.aln group395.82_mafft.aln group395.83_mafft.aln group395.84_mafft.aln group395.85_mafft.aln group395.86_mafft.aln group395.87_mafft.aln group395.88_mafft.aln group395.89_mafft.aln group395.8_mafft.aln group395.90_mafft.aln group395.91_mafft.aln group395.92_mafft.aln group395.93_mafft.aln group395.94_mafft.aln group395.95_mafft.aln group395.96_mafft.aln group395.97_mafft.aln group395.98_mafft.aln group395.99_mafft.aln group395.9_mafft.aln group3954_mafft.aln group3955_mafft.aln group3956_mafft.aln group3957_mafft.aln group3958_mafft.aln group395_mafft.aln group657.190_mafft.aln group657.191_mafft.aln group657.192_mafft.aln group657.193_mafft.aln group657.194_mafft.aln group657.195_mafft.aln group657.196_mafft.aln group657.197_mafft.aln group657.198_mafft.aln group657.199_mafft.aln group657.200_mafft.aln group657.201_mafft.aln group657.202_mafft.aln group657.203_mafft.aln group657.204_mafft.aln group657.205_mafft.aln group657.206_mafft.aln group657.207_mafft.aln group657.208_mafft.aln group657.209_mafft.aln group657.20_mafft.aln group657.210_mafft.aln group657.211_mafft.aln group657.212_mafft.aln group657.213_mafft.aln group657.214_mafft.aln group657.215_mafft.aln group657.216_mafft.aln group657.217_mafft.aln group657.218_mafft.aln group657.219_mafft.aln group657.21_mafft.aln group657.220_mafft.aln group657.221_mafft.aln group657.222_mafft.aln group657.223_mafft.aln group657.224_mafft.aln group657.225_mafft.aln group657.226_mafft.aln group657.227_mafft.aln group657.228_mafft.aln group657.229_mafft.aln group657.22_mafft.aln group657.230_mafft.aln group657.231_mafft.aln group657.232_mafft.aln group657.233_mafft.aln group657.234_mafft.aln group657.23_mafft.aln group657.2_mafft.aln group521_mafft.aln group523_mafft.aln group5243_mafft.aln group524_mafft.aln group525.10_mafft.aln group525.11_mafft.aln group525.12_mafft.aln group525.13_mafft.aln group525.14_mafft.aln group525.15_mafft.aln group525.16_mafft.aln group525.17_mafft.aln group525.18_mafft.aln group525.19_mafft.aln group525.1_mafft.aln group525.20_mafft.aln group525.21_mafft.aln group525.22_mafft.aln group525.23_mafft.aln group525.24_mafft.aln ................................................... group657.78_mafft.aln group657.79_mafft.aln group657.7_mafft.aln group657.80_mafft.aln group657.81_mafft.aln group657.82_mafft.aln group657.83_mafft.aln group657.84_mafft.aln group657.85_mafft.aln group657.86_mafft.aln group657.87_mafft.aln group657.8_mafft.aln; do NUM=$(grep -c '>' $file) STRAINS=$(cat strain_ids.txt | wc -l) if [ $NUM -eq $STRAINS ]; then cp ${file} "$(basename ${file} .aln)"core.aln sed -r -i '/>/ s/[^_]+$//' "$(basename ${file} .aln)"_core.aln sed -r -i '/^[^>]/ s/-/X/g' "$(basename ${file} .aln)"_core.aln fi done
for file in *_core.aln; do cd-hit -i $file -o "$file"_TMP -c 1.0 RECORDS=$(grep -c ">" "$file"TMP) if [ $RECORDS -ne 1 ]; then cp $file FINAL$file sed -r -i '/^[^>]/ s/X/-/g' FINAL_$file fi
done
Command exit status: 1
Command output:
Program: CD-HIT, V4.8.1 (+OpenMP), Apr 07 2021, 10:57:21 Command: cd-hit -i _core.aln -o _core.aln_TMP -c 1.0
Started: Thu Aug 17 06:33:33 2023
Command error:
executor > local (319) [ee/54328f] process > RIBAP:rename (14) [100%] 28 of 28 ✔ [08/3812ec] process > RIBAP:prokka (28) [100%] 28 of 28 ✔ [f6/30fad1] process > RIBAP:strain_ids [100%] 1 of 1 ✔ [5c/9676ca] process > RIBAP:roary (1) [100%] 5 of 5 ✔ [0b/13cbf5] process > RIBAP:mmseqs2 [100%] 1 of 1 ✔ [7b/14b0ad] process > RIBAP:mmseqs2tsv [100%] 1 of 1 ✔ [0e/8f72fb] process > RIBAP:ilp_refinement (1) [100%] 9 of 9 ✔ [39/937d29] process > RIBAP:combine_roary_ilp (1) [100%] 1 of 1 ✔ [63/64b14f] process > RIBAP:prepare_msa (1) [100%] 1 of 1 ✔ [ca/a9b0a3] process > RIBAP:mafft (87) [100%] 99 of 99 ✔ [b2/870419] process > RIBAP:fasttree (99) [100%] 92 of 92 [31/f1c012] process > RIBAP:nw_display (43) [ 43%] 37 of 86 [- ] process > RIBAP:generate_html - [63/3e7d48] process > RIBAP:generate_upsetr_input... [100%] 1 of 1 ✔ [ce/c7ea5a] process > RIBAP:upsetr (1) [100%] 1 of 1 ✔ [ee/db3760] process > RIBAP:filter_alignment [100%] 1 of 1, failed: 1 ✘ [- ] process > RIBAP:nexus_core - [- ] process > RIBAP:iqtree - ERROR ~ Error executing process > 'RIBAP:filter_alignment'
Caused by: Process
RIBAP:filter_alignmentterminated with an error exit status (1)Command executed:
for file in group1070_mafft.aln group1071_mafft.aln group1072_mafft.aln group1073_mafft.aln group1074.1_mafft.aln group1074_mafft.aln group1075.1_mafft.aln group1075.2_mafft.aln group1075.3_mafft.aln group1075.4_mafft.aln group1075_mafft.aln group1076.1_mafft.aln group1076.2_mafft.aln group1076.3_mafft.aln group1076_mafft.aln group1077.1_mafft.aln group1077.2_mafft.aln group1077_mafft.aln group1078_mafft.aln group1079_mafft.aln group107_mafft.aln group108.1_mafft.aln group1080_mafft.aln group1082_mafft.aln group1084_mafft.aln group1085_mafft.aln group1086_mafft.aln group1087.1_mafft.aln group1087.2_mafft.aln group1087.3_mafft.aln group1087.4_mafft.aln group1087.5_mafft.aln group1087.6_mafft.aln group1087.7_mafft.aln group1087.8_mafft.aln group1087.9_mafft.aln group1087_mafft.aln group1088_mafft.aln group108_mafft.aln group1090_mafft.aln group1094.1_mafft.aln group1094.2_mafft.aln group1094_mafft.aln group1096_mafft.aln group1097.1_mafft.aln group1097_mafft.aln group1098_mafft.aln group1099_mafft.aln group109_mafft.aln group11_mafft.aln group1100_mafft.aln group1101_mafft.aln group1102.1_mafft.aln group1102.2_mafft.aln group1102_mafft.aln group1104_mafft.aln group1105_mafft.aln group1106_mafft.aln group1107_mafft.aln group1109_mafft.aln group110_mafft.aln group1110_mafft.aln group1112_mafft.aln group1113_mafft.aln group1114_mafft.aln group1116_mafft.aln group1117.1_mafft.aln group1117_mafft.aln group1119_mafft.aln group111_mafft.aln group112.1_mafft.aln group112.2_mafft.aln group112.3_mafft.aln group112.4_mafft.aln group112.5_mafft.aln group112.6_mafft.aln group112.7_mafft.aln group112.8_mafft.aln group112.9_mafft.aln group1122_mafft.aln group1123.1_mafft.aln group1123_mafft.aln group1124_mafft.aln group1127_mafft.aln group1128_mafft.aln group1129_mafft.aln group112_mafft.aln group1130_mafft.aln group1132.1_mafft.aln group1132.2_mafft.aln group1132.3_mafft.aln group1132.4_mafft.aln group1132.5_mafft.aln group1132.6_mafft.aln group1132.7_mafft.aln group1132_mafft.aln group1133_mafft.aln group1134_mafft.aln group1135.1_mafft.aln group113_mafft.aln group1135_mafft.aln group1136_mafft.aln group1137_mafft.aln group1138_mafft.aln group1139_mafft.aln group1140_mafft.aln group1141_mafft.aln group1142_mafft.aln group1143_mafft.aln group1144_mafft.aln group1148.1_mafft.aln group1148_mafft.aln group1150_mafft.aln group1151_mafft.aln group1153_mafft.aln group1155_mafft.aln group1156_mafft.aln group1157.1_mafft.aln group1157_mafft.aln group1158_mafft.aln group1159_mafft.aln group115_mafft.aln group1161.1_mafft.aln group1161_mafft.aln group1163_mafft.aln group1167_mafft.aln group1168_mafft.aln group1169_mafft.aln group117.1_mafft.aln group117.2_mafft.aln group117.3_mafft.aln group117.4_mafft.aln group117.5_mafft.aln group1170_mafft.aln group1171_mafft.aln group1172_mafft.aln group1173_mafft.aln group1175_mafft.aln group1176_mafft.aln group1177.1_mafft.aln group1177.2_mafft.aln group1177.3_mafft.aln group1177.4_mafft.aln group1177_mafft.aln group1178_mafft.aln group1179_mafft.aln group117_mafft.aln group118.1_mafft.aln group118.2_mafft.aln group118.3_mafft.aln group118.4_mafft.aln group1181_mafft.aln group1182_mafft.aln group1183_mafft.aln group1184_mafft.aln group1185_mafft.aln group1186.1_mafft.aln group1186_mafft.aln group1187_mafft.aln group1188_mafft.aln group1189_mafft.aln group118_mafft.aln group1190_mafft.aln group1191_mafft.aln group1192_mafft.aln group1193_mafft.aln ......................................................................................................... ............................................................................ mafft.aln group657.83_mafft.aln group657.84_mafft.aln group657.85_mafft.aln group657.86_mafft.aln group657.87_mafft.aln group657.8_mafft.aln; do NUM=$(grep -c '>' $file) STRAINS=$(cat strain_ids.txt | wc -l) if [ $NUM -eq $STRAINS ]; then cp ${file} "$(basename ${file} .aln)"core.aln sed -r -i '/>/ s/[^_]+$//' "$(basename ${file} .aln)"_core.aln sed -r -i '/^[^>]/ s/-/X/g' "$(basename ${file} .aln)"_core.aln fi done
for file in *_core.aln; do cd-hit -i $file -o "$file"_TMP -c 1.0 RECORDS=$(grep -c ">" "$file"TMP) if [ $RECORDS -ne 1 ]; then cp $file FINAL$file sed -r -i '/^[^>]/ s/X/-/g' FINAL_$file fi
done
Command exit status: 1
Command output:
Program: CD-HIT, V4.8.1 (+OpenMP), Apr 07 2021, 10:57:21 Command: cd-hit -i _core.aln -o _core.aln_TMP -c 1.0
Started: Thu Aug 17 06:33:33 2023
Command error:
Fatal Error: Failed to open the database file Program halted !!
================================================================ Program: CD-HIT, V4.8.1 (+OpenMP), Apr 07 2021, 10:57:21 Command: cd-hit -i _core.aln -o _core.aln_TMP -c 1.0
Started: Thu Aug 17 06:33:33 2023
Work dir: /media/bharat/volume1/Bacillaceaea_ref_July_2023/renamed_files/RIBAP_2/ribap-work/ee/db37603abceec37bc9c0b422842ae2
Tip: view the complete command output by changing to the process work dir and entering the command
cat .command.out-- Check '.nextflow.log' file for details