Mask region 이 너무 작아서(특히 암조직) integral sum 기준이 넘지 않아 patch가 안뽑히는 문제

[hyosari]

patch extraction을 할때 integral sum 의 일정 기준(parameter) 를 넘어야 normal/tumor 로 인식하고 patch extraction을 진행합니다. 그러나 일부 tumor 부분이 너무 작아 integral sum이 기준을 넘지 못해 patch extraction 부분이 무한 루프를 돌수 있습니다.

이러한 경우는 루프가 patch 수의 2배 +K 이 넘어가면 sampling을 종료하는 것으로 수정하였습니다

[kyuhyoung]

효은님에게 말했지만, documentation의 목적으로 적습니다.

https://github.com/hyosari/camelyon17/blob/master/integral.py#L24

이 줄을 통해 tumor blob의 좌표들을 알 수 있고, 그 좌표들의 개수는 tumor의 area를 나타내므로 area가 주어진 patch area보다 작으면 그 blob은 건너 뛰면 될 것 같음.

[hyosari]

nonzero 에서 나오는 pixel 수가 patch size 의 2배를 넘지 않으면 건너 뛰도록 수정하였습니다