Open iacopy opened 1 year ago
Altre opzioni di struttura file di configurazione.
# OPZIONE 1
# queries:
# - Homo_sapiens:
# - entity_poly.rcsb_entity_polymer_type:
# - Protein
# - methods:
# - X-RAY DIFFRACTION
# - ELECTRON MICROSCOPY
# - results_content_type:
# - experimental
# - Mus musculus:
# - entity_poly.rcsb_entity_polymer_type:
# - Protein
# - methods:
# - X-RAY DIFFRACTION
# - ELECTRON MICROSCOPY
# - results_content_type:
# - experimental
## OPZIONE 2
# query:
# - entity_poly.rcsb_entity_polymer_type:
# - Protein
# - methods:
# - X-RAY DIFFRACTION
# - ELECTRON MICROSCOPY
# - rcsb_entity_source_organism.taxonomy_lineage.name:
# - Homo sapiens
# - Mus musculus
# - results_content_type:
# - experimental
# split_dir:
# # crea query separate per ogni valore di questi attributi
# # in pratica vogliamo creare una query separata per organismo
# # in modo che i relativi file pdb siano scaricati in directory diverse
# # solitamente vogliamo dividere anche le strutture sperimentali da quelle
# # ottenute con metodi computazionali
# - rcsb_entity_source_organism.taxonomy_lineage.name
# - results_content_type
# OPZIONE 3
# project_name: Classic
# query_base:
# - entity_poly.rcsb_entity_polymer_type:
# - Protein
# - methods:
# - X-RAY DIFFRACTION
# - ELECTRON MICROSCOPY
# - AlphaFoldDB
# split:
# taxa:
# - Homo_sapiens: "Homo sapiens"
# - Mus_musculus: "Mus musculus"
# db_sources:
# - experimental
# - computational
# OPZIONE 4
taxa:
- Rattus norvegicus
- Mus musculus
csm: true
E.g. in YAML:
Articoli di riferimento generali:
Guida Yaml: