riederd
commented
3 months ago Hi, I just checked the contents of the archive, and could not identify anything that is missing. THe blast db is there.
You might try to download it again.
[root@apps-01 nextneopi]# md5sum nextNEOpi_1.4_resources.tar.gz
25531de14cadb0c44bb4a08e10bd0dd4 nextNEOpi_1.4_resources.tar.gz
[root@apps-01 nextneopi]# tree
.
├── databases
│ ├── cosmic
│ │ └── README.txt
│ ├── GATKresourceBundle
│ │ ├── 1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz
│ │ ├── 1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf.gz.tbi
│ │ ├── hapmap_3.3.hg38.vcf.gz
│ │ ├── hapmap_3.3.hg38.vcf.gz.tbi
│ │ ├── Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf
│ │ ├── Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf.idx
│ │ ├── Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf
│ │ ├── Homo_sapiens_assembly38.known_indels.vcf.idx
│ │ ├── Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf
│ │ ├── Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38.vcf.idx
│ │ └── Mutect2
│ │ ├── GetPileupSummaries
│ │ │ ├── small_exac_common_3.hg38.vcf
│ │ │ └── small_exac_common_3.hg38.vcf.idx
│ │ └── gnomAD
│ │ ├── af-only-gnomad.hg38.vcf.gz
│ │ └── af-only-gnomad.hg38.vcf.gz.tbi
│ ├── iedb
│ ├── mhcflurry_data
│ └── vep_cache
├── ExomeCaptureKits
│ ├── Agilent
│ │ ├── hg19
│ │ │ ├── S31285117_Covered.bed
│ │ │ ├── S31285117_hs_hg19.zip
│ │ │ └── S31285117_Regions.bed
│ │ └── hg38
│ │ ├── S07604514_Covered_ann.bed
│ │ ├── S07604514_Covered.bed -> S07604514_Covered_ann.bed
│ │ ├── S07604514_Covered_full_ann.bed
│ │ ├── S07604514_hs_hg38.zip
│ │ ├── S07604514_Regions.bed
│ │ ├── S07604514_Targets.txt
│ │ ├── S31285117_Covered_ann.bed
│ │ ├── S31285117_Covered.bed -> S31285117_Covered_ann.bed
│ │ ├── S31285117_Covered_full_ann.bed
│ │ ├── S31285117_hs_hg38.zip
│ │ └── S31285117_Regions.bed
│ └── Twist
│ └── hg38
│ ├── Twist_ComprehensiveExome_baits_hg38.bed -> Twist_ComprehensiveExome_targets_hg38.bed
│ └── Twist_ComprehensiveExome_targets_hg38.bed
└── references
├── ASCAT
│ ├── GC_IlluminaOmni2-5-8v1-4_ICBI_hg38_4_WES_ascat.txt
│ └── hg38SNPpos_InfiniumOmni2-5-8v1-4_chr.loci
├── blast
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.pdb
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.phr
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.pin
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.pog
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.pos
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.pot
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.psq
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.ptf
│ ├── GCF_000001405.39_GRCh38.p13_protein.faa.pto
│ ├── hs_refseq_uniprot.pal
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.pdb
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.phr
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.pin
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.pog
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.pos
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.pot
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.psq
│ ├── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.ptf
│ └── uniprot-proteome_UP000005640.fasta.pto
├── hg38
│ ├── annotation
│ │ ├── gencode.v33.primary_assembly.annotation.exon_merged.bed
│ │ └── gencode.v33.primary_assembly.annotation.gtf
│ └── gdc
│ └── GRCh38.d1.vd1
│ ├── fasta
│ │ ├── chromosomes
│ │ │ ├── chr10.fa
│ │ │ ├── chr11.fa
│ │ │ ├── chr12.fa
│ │ │ ├── chr13.fa
│ │ │ ├── chr14.fa
│ │ │ ├── chr15.fa
│ │ │ ├── chr16.fa
│ │ │ ├── chr17.fa
│ │ │ ├── chr18.fa
│ │ │ ├── chr19.fa
│ │ │ ├── chr1.fa
│ │ │ ├── chr20.fa
│ │ │ ├── chr21.fa
│ │ │ ├── chr22.fa
│ │ │ ├── chr2.fa
│ │ │ ├── chr3.fa
│ │ │ ├── chr4.fa
│ │ │ ├── chr5.fa
│ │ │ ├── chr6.fa
│ │ │ ├── chr7.fa
│ │ │ ├── chr8.fa
│ │ │ ├── chr9.fa
│ │ │ ├── chrX.fa
│ │ │ └── chrY.fa
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.dict
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.fa
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.fa.fai
│ │ ├── hg38.len
│ │ └── info.txt
│ └── index
│ ├── bwa
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1_BWA.tar.gz
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.fa.amb
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.fa.ann
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.fa.bwt
│ │ ├── GRCh38.d1.vd1.fa.pac
│ │ └── GRCh38.d1.vd1.fa.sa
│ └── star
│ ├── chrLength.txt
│ ├── chrNameLength.txt
│ ├── chrName.txt
│ ├── chrStart.txt
│ ├── exonGeTrInfo.tab
│ ├── exonInfo.tab
│ ├── geneInfo.tab
│ ├── Genome
│ ├── genomeParameters.txt
│ ├── SA
│ ├── SAindex
│ ├── sjdbInfo.txt
│ ├── sjdbList.fromGTF.out.tab
│ ├── sjdbList.out.tab
│ └── transcriptInfo.tab
├── Sequenza
│ └── GRCh38.d1.vd1.gc50Base_3.0.txt.gz
└── yara
├── hla_reference_dna.lf.drp
├── hla_reference_dna.lf.drs
├── hla_reference_dna.lf.drv
├── hla_reference_dna.lf.pst
├── hla_reference_dna.rid.concat
├── hla_reference_dna.rid.limits
├── hla_reference_dna.sa.ind
├── hla_reference_dna.sa.len
├── hla_reference_dna.sa.val
├── hla_reference_dna.txt.concat
├── hla_reference_dna.txt.limits
├── hla_reference_dna.txt.size
├── hla_reference_rna.lf.drp
├── hla_reference_rna.lf.drs
├── hla_reference_rna.lf.drv
├── hla_reference_rna.lf.pst
├── hla_reference_rna.rid.concat
├── hla_reference_rna.rid.limits
├── hla_reference_rna.sa.ind
├── hla_reference_rna.sa.len
├── hla_reference_rna.sa.val
├── hla_reference_rna.txt.concat
├── hla_reference_rna.txt.limits
└── hla_reference_rna.txt.size
29 directories, 131 files
Xiao-Zhong
Hi, I'm trying running nextNEOpi and encountered the issue below:
So I checked the 'resources' which was downloaded following the instruction (https://apps-01.i-med.ac.at/resources/nextneopi/nextNEOpi_1.4_resources.tar.gz), however cannot find the 'blast' directory except the directories, shown as below. . ├── databases │ ├── cosmic │ ├── GATKresourceBundle │ │ └── Mutect2 │ │ ├── GetPileupSummaries │ │ └── gnomAD │ ├── iedb │ ├── mhcflurry_data │ └── vep_cache ├── ExomeCaptureKits │ ├── Agilent │ │ ├── hg19 │ │ └── hg38 │ └── Twist │ └── hg38 └── references ├── ASCAT ├── hg38 │ ├── annotation │ └── gdc │ └── GRCh38.d1.vd1 │ ├── fasta │ │ └── chromosomes │ └── index │ ├── bwa │ └── star ├── Sequenza └── yara
Could you explain where to download the data? Thank you very much!
Regards, Xiao