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CIF2CELLのインストールに失敗した (Ubuntuエミュレータ on Windows) #3

Closed ichibha closed 3 years ago

ichibha commented 3 years ago

　ありがとうございました。構造データを移し、VESTAで変換するところまで進めました。

　続いてなのですが、cif2cellがインストールできていなかったようで、cif2cellを実行できませんでした。2.4.1に書いてあるように、

cd sudo pip3 install cif2cell

と入力してパスワードを入力したところ、以下の表示が出てきました。

Collecting cif2cell Using cached cif2cell-2.0.0a2-py2.py3-none-any.whl (2.1 MB) Requirement already satisfied: six in /usr/lib/python3/dist-packages (from cif2cell) (1.14.0) Collecting PyCifRW==4.4; python_version >= "3" Using cached PyCifRW-4.4.tar.gz (1.1 MB) Building wheels for collected packages: PyCifRW Building wheel for PyCifRW (setup.py) ... error ERROR: Command errored out with exit status 1: command: /usr/bin/python3 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/setup.py'"'"'; file='"'"'/tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(file);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, file, '"'"'exec'"'"'))' bdist_wheel -d /tmp/pip-wheel-yj4c44pz cwd: /tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/ Complete output (31 lines): running bdist_wheel running build running build_py creating build creating build/lib.linux-x86_64-3.8 creating build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/init.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/CifFile_module.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/yapps3_compiled_rt.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_1_1.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_1_0.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_STAR2.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_2_0.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/StarFile.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/TypeContentsParser.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/parsetab.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile creating build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/drel_ast_yacc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/drel_lex.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/drel_runtime.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/parsetab.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/py_from_ast.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/init.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel running build_ext building 'CifFile.StarScan' extension creating build/temp.linux-x86_64-3.8 creating build/temp.linux-x86_64-3.8/src creating build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/usr/include/python3.8 -c src/lib/lex.yy.c -o build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib/lex.yy.o unable to execute 'x86_64-linux-gnu-gcc': No such file or directory error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

ERROR: Failed building wheel for PyCifRW Running setup.py clean for PyCifRW Failed to build PyCifRW Installing collected packages: PyCifRW, cif2cell Running setup.py install for PyCifRW ... error ERROR: Command errored out with exit status 1: command: /usr/bin/python3 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/setup.py'"'"'; file='"'"'/tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(file);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, file, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-__a4srbq/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /usr/local/include/python3.8/PyCifRW cwd: /tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/ Complete output (31 lines): running install running build running build_py creating build creating build/lib.linux-x86_64-3.8 creating build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/init.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/CifFile_module.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/yapps3_compiled_rt.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_1_1.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_1_0.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_STAR2.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/YappsStarParser_2_0.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/StarFile.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/TypeContentsParser.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile copying src/parsetab.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile creating build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/drel_ast_yacc.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/drel_lex.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/drel_runtime.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/parsetab.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/py_from_ast.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel copying src/drel/init.py -> build/lib.linux-x86_64-3.8/CifFile/drel running build_ext building 'CifFile.StarScan' extension creating build/temp.linux-x86_64-3.8 creating build/temp.linux-x86_64-3.8/src creating build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib x86_64-linux-gnu-gcc -pthread -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -g -fwrapv -O2 -g -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -fPIC -I/usr/include/python3.8 -c src/lib/lex.yy.c -o build/temp.linux-x86_64-3.8/src/lib/lex.yy.o unable to execute 'x86_64-linux-gnu-gcc': No such file or directory error: command 'x86_64-linux-gnu-gcc' failed with exit status 1

ERROR: Command errored out with exit status 1: /usr/bin/python3 -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/setup.py'"'"'; file='"'"'/tmp/pip-install-9onaa7ot/pycifrw/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(file);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, file, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-__a4srbq/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --install-headers /usr/local/include/python3.8/PyCifRW Check the logs for full command output. WARNING: You are using pip version 20.2.4; however, version 20.3.3 is available. You should consider upgrading via the '/usr/bin/python3 -m pip install --upgrade pip' command.

　これはどうすれば解決できるでしょうか？すみませんが、よろしくお願いいたします。

Originally posted by @shimizu123321 in https://github.com/ichibha/setupMaezono/issues/1#issuecomment-749548897

ichibha commented 3 years ago

私の環境ではcif2cellは正常にインストールされます。python3/pip3のバージョンが古いのかもしれません。下記を実行後、もう一度cif2cellをインストールできるか確かめていただけますでしょうか?? sudo apt update sudo apt upgrade

ichibha commented 3 years ago

上述のコマンド後でも、同様のエラーでcif2cellのインストールに失敗するとのこと、了解しました。

私の方でUbuntuを再度インストールし、p189の内容に従いpython3環境を再度構築し、cif2cellのインストールを行なったところ、正常にインストールされました。

私の方では問題を再現できませんので、Ubuntuのインストールからやり直されるのがもっとも確実かと思います。

shimizu123321 commented 3 years ago

　Ubuntuのアンインストールから始めました。

　Ubuntuをもう一度インストールした後、setupMaezonoをダウンロードしようとしたのですが、以下の表示が現れました。

maezono@DESKTOP-KV9KL02:~/work$ git clone https://github.com/ichibha/setupMaezono.git Cloning into 'setupMaezono'... error: chmod on /mnt/c/Users/ganzg/work/setupMaezono/.git/config.lock failed: Operation not permitted fatal: could not set 'core.filemode' to 'false'

　またタイトルからずれてしまいすみませんが、これはどのように対処すればよいでしょうか？

ichibha commented 3 years ago

既にsetupMaezonoがあるためです。なぜならば、workはwindowsの領域にあるのでUbuntuを消しても消されません。 したがって、setupMaezonoの準備とstructureの準備は不要になります。shimizuさんの方で何が不要かの切り分けが難しければ、 workディレクトリを消してやり直すというのも一つの手となります。

市場

12/25/20 22:40、shimizu123321 notifications@github.comのメール:

　Ubuntuのアンインストールから始めました。

　Ubuntuをもう一度インストールした後、setupMaezonoをダウンロードしようとしたのですが、以下の表示が現れました。

maezono@DESKTOP-KV9KL02:~/work$ git clone https://github.com/ichibha/setupMaezono.git https://github.com/ichibha/setupMaezono.git Cloning into 'setupMaezono'... error: chmod on /mnt/c/Users/ganzg/work/setupMaezono/.git/config.lock failed: Operation not permitted fatal: could not set 'core.filemode' to 'false'

　またタイトルからずれてしまいすみませんが、これはどのように対処すればよいでしょうか？

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/ichibha/setupMaezono/issues/3#issuecomment-751314600, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AJZHF6IDDKCXWISYDIGWMMDSWVLKLANCNFSM4VGIPZPQ.

shimizu123321 commented 3 years ago

　無事cif2cellをダウンロードできました。ありがとうございました。 　また、pymatgenのインストールでお聞きしたいことがあります。 　引き続き、別スレッドでよろしくお願いいたします。

ichibha commented 3 years ago

まとめ ubuntu@windows環境でcif2cellのインストールを試みたが、それに失敗した。 原因が不明だったため、ubuntuエミュレーターを再インストールし、一からインストールし直したところ、今度はインストールに成功した。

Ubuntuを消しても、/Users/ユーザー名/work以下のファイルは全て残るので、setupMaezonoやstructureを再び用意する必要はない。どの作業が不要かの切り分けが難しければ、workも消して全て初めからやり直す。