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Immunity Agent Models
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integrate with COPASI #3

Closed eldalai closed 7 years ago

luissmayorga commented 7 years ago

Lo que hable con Benoit, aplicable a su plataforma pero puede ser para repast, es que se puede programar la red de reacciones en COPASI, generar las equaciones diferenciales y exportarlas en un XML file (todo esto lo permite COPASI). Luego repast genera internamente las equaciones a partir del file y ya las maneja internamente la resolucion de las mismas. Benoit piensa que para conectar las variables del modelo con las variables de las equaciones de COPASI se va a tener que programar algo, pero no lo ve muy complicado. Esto es una idea para jugar. La opcion primera es volver a contactar los de USA, pero eso sera de regreso a Mza.

eldalai commented 7 years ago

No lo veo complejo, llamar a Copasi desde Repast con lo que tenemos.

Estuve viendo Gama y mucho no me gusto, porque no es programacion Java en si. Habria que volver a empezar en varias cosas. Si podemos seguir en Repast, para mi mejor.

Voy a tratar de enchufar Copasi a lo que tenemos con alguna ecuacion de ejemplo.

El 24 de octubre de 2016, 10:30, luissmayorga notifications@github.com escribió:

Lo que hable con Benoit, aplicable a su plataforma pero puede ser para repast, es que se puede programar la red de reacciones en COPASI, generar las equaciones diferenciales y exportarlas en un XML file (todo esto lo permite COPASI). Luego repast genera internamente las equaciones a partir del file y ya las maneja internamente la resolucion de las mismas. Benoit piensa que para conectar las variables del modelo con las variables de las equaciones de COPASI se va a tener que programar algo, pero no lo ve muy complicado. Esto es una idea para jugar. La opcion primera es volver a contactar los de USA, pero eso sera de regreso a Mza.

— You are receiving this because you authored the thread. Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/ihem-institute/immunity/issues/3#issuecomment-255740613, or mute the thread https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AAvMnC_-0xn4CQ4jxTP7qXb70WZRI-dKks5q3LLegaJpZM4Kd2cB .

Gabriel

luissmayorga commented 7 years ago

Gama es un NetLogo con más capacidades. Ni pienso por ahora hacer nada en Gama, pero puede ser una opción en un futuro si se quiere generar una plataforma Logo (que es más simple para un Biólogo Celular) para programar intracelular transport. Además Benoit me cayó muy bien. Pero lo concreto es que hay que seguir con Repast que es lo que manejan los de USA. Me va a resultar interesante ver cómo es lo que tenés pensado para COPASI Hoy estuve jugando con el Style y me fue bastante bien. Resulta que Java maneja los ángulos en sentido de las agujas del reloj, que es lo contrario a lo que se usa en matemáticas. Con un signo menos, solucioné la mala imagen que daban los endosomas avanzando medio de costado. En fin, mejoré varias cosas del aspecto y además milagrosamente, ahora en la tabla que se abre del GUI, están todas las variables (propiedades) de cada endosoma. El jueves tengo que dar mi seminario y debo dedicarle tiempo. O sea que no creo que haga mucho mañana. Un abrazo Luis

El 25 de octubre de 2016, 15:16, Gabriel Flores notifications@github.com escribió:

No lo veo complejo, llamar a Copasi desde Repast con lo que tenemos.

Estuve viendo Gama y mucho no me gusto, porque no es programacion Java en si. Habria que volver a empezar en varias cosas. Si podemos seguir en Repast, para mi mejor.

Voy a tratar de enchufar Copasi a lo que tenemos con alguna ecuacion de ejemplo.

El 24 de octubre de 2016, 10:30, luissmayorga notifications@github.com escribió:

Lo que hable con Benoit, aplicable a su plataforma pero puede ser para repast, es que se puede programar la red de reacciones en COPASI, generar las equaciones diferenciales y exportarlas en un XML file (todo esto lo permite COPASI). Luego repast genera internamente las equaciones a partir del file y ya las maneja internamente la resolucion de las mismas. Benoit piensa que para conectar las variables del modelo con las variables de las equaciones de COPASI se va a tener que programar algo, pero no lo ve muy complicado. Esto es una idea para jugar. La opcion primera es volver a contactar los de USA, pero eso sera de regreso a Mza.

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Gabriel

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Luis S. Mayorga Ph.D. Investigador Superior (CONICET) Profesor Asociado, Química Biológica (FCM-UN Cuyo) Casilla de Correo 56 5500 Mendoza, Argentina tel 54-261-4494143 interno 7001

luissmayorga commented 7 years ago

No entendi la parte de milagrosamente, esta todo calculado... ajjaja suerte en el seminario! Abrazo

El 25 de octubre de 2016, 16:31, Luis Mayorga lmayorga@fcm.uncu.edu.ar escribió:

Gama es un NetLogo con más capacidades. Ni pienso por ahora hacer nada en Gama, pero puede ser una opción en un futuro si se quiere generar una plataforma Logo (que es más simple para un Biólogo Celular) para programar intracelular transport. Además Benoit me cayó muy bien. Pero lo concreto es que hay que seguir con Repast que es lo que manejan los de USA. Me va a resultar interesante ver cómo es lo que tenés pensado para COPASI Hoy estuve jugando con el Style y me fue bastante bien. Resulta que Java maneja los ángulos en sentido de las agujas del reloj, que es lo contrario a lo que se usa en matemáticas. Con un signo menos, solucioné la mala imagen que daban los endosomas avanzando medio de costado. En fin, mejoré varias cosas del aspecto y además milagrosamente, ahora en la tabla que se abre del GUI, están todas las variables (propiedades) de cada endosoma. El jueves tengo que dar mi seminario y debo dedicarle tiempo. O sea que no creo que haga mucho mañana. Un abrazo Luis

El 25 de octubre de 2016, 15:16, Gabriel Flores notifications@github.com escribió:

No lo veo complejo, llamar a Copasi desde Repast con lo que tenemos.

Estuve viendo Gama y mucho no me gusto, porque no es programacion Java en si. Habria que volver a empezar en varias cosas. Si podemos seguir en Repast, para mi mejor.

Voy a tratar de enchufar Copasi a lo que tenemos con alguna ecuacion de ejemplo.

El 24 de octubre de 2016, 10:30, luissmayorga notifications@github.com escribió:

Lo que hable con Benoit, aplicable a su plataforma pero puede ser para repast, es que se puede programar la red de reacciones en COPASI, generar las equaciones diferenciales y exportarlas en un XML file (todo esto lo permite COPASI). Luego repast genera internamente las equaciones a partir del file y ya las maneja internamente la resolucion de las mismas. Benoit piensa que para conectar las variables del modelo con las variables de las equaciones de COPASI se va a tener que programar algo, pero no lo ve muy complicado. Esto es una idea para jugar. La opcion primera es volver a contactar los de USA, pero eso sera de regreso a Mza.

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Gabriel

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Luis S. Mayorga Ph.D. Investigador Superior (CONICET) Profesor Asociado, Química Biológica (FCM-UN Cuyo) Casilla de Correo 56 5500 Mendoza, Argentina tel 54-261-4494143 interno 7001

Gabriel