Implement MEI detection

[marc-sturm]

Examples:

• DX208004_01 chr13:32,911,530-32,911,900
• DX195929_01 chr2:25498395
• DX194025_01 chr13:48941612
• DNA2309843_02 chr7:5995692 (SVA insertion in PMS2)

Tools:

• MELT (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8934628/)

Todo:

• Check for other tools (MELT is slow and sometimes hangs forever)
• Check if restriction to certain genes is possible and faster (OMIM genes or all genes)
• Check if giving correcte insert size and read lengh improves the output (Nijmegen used insert size and read length)
• Add 'MEI' as as type to report_configuration_other_causal_variant
• Check if Dragen 4.3 offers improved MEI detection

[marc-sturm]

Not enough cases solved by this > skip for now

[marc-sturm]

Info von Illumina: Der DRAGEN SV Caller callt bei Standarteinstellungen auch MEIs. Dazu wird ein Katalog bekannter MEIs genutzt, der sich auf dem DRAGEN Server unter /opt/edico/config/sv_mobile_element_sequences.fa finden lässt. Die Ergebnisse werden mit den anderen SV calls gemeinsam im SV vcf ausgegeben.

Das sind nur 2:

AluYa5 from Dfam 3.1 GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCCGGCTAAAACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTAGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCCCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC AluYb8 from Dfam 3.1 GGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGTGGATCATGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACAAGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGCGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAAGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCAGTCCGCAGTCCGGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTC