exporteren van tabellen uit Inboveg via add_taxon_info

[vermeeso]

Stel nu dat je van je taxa (bv. "ScientificName"), bv. enkel de vaatplanten wil weerhouden. Hoe filter je die data eruit?

In dit geval heb je een kolom nodig waarmee je de vaatplanten kan weerhouden door gebruik te maken van de filter() functie. De functie get_inboveg_recording() geeft volgende kolommen: RecordingGivid (unique ID), User reference, LayerCode, CoverCode, OriginalName, ScientificName, PhenologyCode, CoverageCode, PctValue (percentage coverage), RecordingScale (name of the scale of coverage) en daar zit geen kolom bij die toelaat om op vaatplanten te filteren. Er zijn verschillende oplossingen mogelijk, maar de meest wenselijke lijkt mij dat er een nieuwe functie komt in inbodb add_taxon_info() die een alle taxonomische info over soorten toevoegt. Dat wordt dan zoiets in nog niet werkende code:

library(dplyr)
library(inbodb)
con <- connect_inbo_dbase("D0010_00_Cydonia")

# get the recordings from one survey and collect the data
recording_heischraal2012 <- get_inboveg_recording(con, survey_name =
"MILKLIM_Heischraal2012", collect = TRUE)

# add taxonomic info
taxon_info <- add_taxon_info(con, recording_heischraal2012, collect = TRUE)

# Close the connection when done
dbDisconnect(con)
rm(con)

[hansvancalster]

Na overleg met @ElsLommelen lijkt ons de beste manier om een extra argument toe te voegen aan de bestaande functie get_inboveg_recording(). Met extra argument kunnen dan één of meerdere extra kolommen geëxporteerd worden waarmee de filtering dan eenvoudig kan gebeuren.

Ter inspiratie voor mezelf: https://github.com/inbo/forrescalc/blob/master/R/load_data_dendrometry.R

@vermeeso je mag altijd eens bij INBOVEG gebruikers polsen welke functionaliteit zij verkiezen in verband met dit type van probleem.