Het is me eindelijk gelukt om door de lijst van soorten te geraken.
Het cm script gebruikt de climate matching functie van het Trias - package om voor de soorten op de Prius - soortenlijst een rudimentaire climate matching te berekenen. De uitkomsten van de functie worden weggeschreven in ./data/intermediate/cm_output_raw.csv. Deze lijst wordt verder gefilterd zodat enkel soorten waarvan minstens 25% van de waarnemingen wereldwijd in de Cfb of Cfa klimaat zone voorkomen, weerhouden worden. Het resultaat van deze filtering vind je terug in ./data/output/cm_output.csv.
In de file ./data/intermediate/species_not_in_cm.csv vind je een lijst van soorten die wel voorkwamen in de soortenlijst maar die door de climate matching niet langer weerhouden zijn. Let op doordat de soortenlijst enkele synoniemen bevat kan het voorkomen dat er soorten "niet" meer in de cm output voorkomen terwijl hun geaccepteerde soortennaam echter wel in de cm output voorkomt.
Fixes #9
Het is me eindelijk gelukt om door de lijst van soorten te geraken.
Het cm script gebruikt de climate matching functie van het Trias - package om voor de soorten op de Prius - soortenlijst een rudimentaire climate matching te berekenen. De uitkomsten van de functie worden weggeschreven in ./data/intermediate/cm_output_raw.csv. Deze lijst wordt verder gefilterd zodat enkel soorten waarvan minstens 25% van de waarnemingen wereldwijd in de Cfb of Cfa klimaat zone voorkomen, weerhouden worden. Het resultaat van deze filtering vind je terug in ./data/output/cm_output.csv.
In de file ./data/intermediate/species_not_in_cm.csv vind je een lijst van soorten die wel voorkwamen in de soortenlijst maar die door de climate matching niet langer weerhouden zijn. Let op doordat de soortenlijst enkele synoniemen bevat kan het voorkomen dat er soorten "niet" meer in de cm output voorkomen terwijl hun geaccepteerde soortennaam echter wel in de cm output voorkomt.
De downloads van gbif werden hier gestockeerd: https://drive.google.com/drive/folders/180duDZiTBpTT_CdfrJm3-C7kayXxwh6-
en dragen de volgende citaten: group_1.zip: GBIF.org (22 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.jy5qtt group_2.zip: GBIF.org (22 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.3dfzzg group_3.zip: GBIF.org (27 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.agsbsc group_4.zip: GBIF.org (27 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.h5v6gt group_5.zip: GBIF.org (27 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.aysz4h group_6.zip: GBIF.org (27 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.why8kq group_7.zip: GBIF.org (28 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.9rmeft group_8.zip: GBIF.org (28 July 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.kpw4r3 cm_extra.zip: GBIF.org (02 August 2022) GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.6t9pzx