search

inbo / prius-radius

MIT License
0 stars 1 forks source link

Scherpstellen GBIF-codes #34

Closed bramdhondt closed 7 months ago

bramdhondt commented 8 months ago

@fleurpet - Om een goede start te maken, is het belangrijk dat de GBIF-codes van de soorten correct zijn. Er zitten taxonomische kopbrekens tussen, dus dat is geen overbodige luxe.

De codes zoals beschreven in het PrIUS-rapport zijn hier beschikbaar: https://zenodo.org/records/7678524 . (Geen download nodig. Zenodo-datasets kunnen rechtstreeks worden ingelezen.) (Zie opmerkingen over deze codes in het PrIUS-rapport, tabellen 1 en 2, als voetnoten.) (De codes zitten ook nog in GitHub. Zie onderaan.)

In principe kunnen die codes worden overgenomen, maar ik adviseer toch even twee checks.

  1. Overeenkomst met de Unielijst-GBIF-dataset van Tim et al.: https://www.gbif.org/dataset/79d65658-526c-4c78-9d24-1870d67f8439 . Mismatches best even oplijsten, zodat we keuzes kunnen maken.
  2. Nagaan of er en cours de route, op initiatief van GBIF, geen wijzigingen zijn gebeurd. Damiano heeft daar, dacht ik, recent een functie voor uitgeschreven.

Uiteindelijk moeten namen en codes ergens als input-bestand klaar staan, als basis voor alle verdere analyses. Voor PrIUS zag dat er zo uit: https://github.com/inbo/prius-radius/blob/main/data/input/prius_species_list.csv .

fleurpet commented 7 months ago

@bramdhondt

Ik heb de PrIUS-lijst zoals deze op de GitHub te vinden is (https://github.com/inbo/prius-radius/blob/main/data/input/prius_species_list.csv) nagekeken en vergeleken met de Unijlijst-GBIF-dataset van Adriaens & Oldoni (2023).

Ter samenvatting heb ik deze vergelijking opgeslagen in de csv-file "prius_species_list_check.csv"

Bij vergelijking van de GBIF-codes bekom ik volgende tegenstrijdigheden:

Daarnaast bevat de Unielijst twee extra synoniemen die niet aanwezig zijn in de PrIUS-lijst, maar aangezien dit om synoniemen gaat, maakt het voor de download in gbif geen verschil.

Daarnaast heb ik ook even nagekeken of de soortennamen zoals weergegeven in de "Species" kolom van de PrIUS-lijst overeenkomen met de scientific names uit de GBIF Backbone. In meeste gevallen gaat dit over kleine tekstuele verschillen (extra haakje, spatie, andere afkorting van de auteurs, ...).

bramdhondt commented 7 months ago

Klopt het dat voor waterhyacint en Perzische berenklauw de synoniemen worden gegeven in de species kolom, maar dan met de GBIF_code van de ACCEPTED soortnamen?

@fleurpet - Ja, dat kan kloppen. Punt is dat de kolom Species in dit inputbestand dichter staat bij de oorspronkelijke formulering uit de Europese wetgeving. (PrIUS-rapport, tabel 1, toont alle namen zoals die in de Uitvoeringsverordeningen zijn vermeld. Dat is in zekere zin nog steeds het ultieme vertrekpunt.)

Behalve voor nijlgans waar de wetenschappelijke naam lijkt te zijn aangepast van Alopochon aegyptiacus naar Alopochon aegyptiaca. De GBIF-code (2498252) bleef onveranderd.

Ook een geval van de wettelijke lijst (-us) versus de nomenclatorische waarheid (-a)...

Conclusie: lijkt me nu allemaal wel goed te zitten. Goed dat die grote waternavel dus gecorrigeerd is.

Ter info: in de PrIUS-scripts werkte ik vaak met de Nederlandstalige namen (bij filteren, selecteren...), omdat de wetenschappelijke namen vaak zo omslachtig zijn, en codes maar codes zijn.

bramdhondt commented 7 months ago

@fleurpet - Deze issue/branch mag dus allicht gesloten worden. Check bij @SanderDevisscher voor een pull request, moest nog niet duidelijk zijn hoe dat moet.