Verspreidingsdata

[bramdhondt]

@fleurpet - Eenmaal GBIF-codes beschikbaar (finale, of tijdelijke), moeten we de verspreidingsdata bekomen.

Ik vrees dat we de "cube(s)" niet kunnen gebruiken (zie https://zenodo.org/records/5819028), omdat (1) de data verrasterd zijn op 1-km², wat te ruw is voor onze geografische analyses, en (2) niet al onze soorten in die lijst zitten.

We zullen het daarom met de ruwe (punt)data moeten doen. Hier zitten dus wel wat uitdagingen naar een efficiënte download, slimme data-opslag... @SanderDevisscher, volg jij dit mee op?

@fleurpet: Ik kan enkel aangeven hoe ik voor individuele soorten GBIF-downloads verwezenlijk. Zie bv. deze voor muntjak, stukje ## Dataset 1 : GBIF. Ter inspiratie.

[SanderDevisscher]

@fleurpet je kan een lijst van soorten downloaden door in onderstaande code een lijst van taxa toe te kennen aan de parameter taxonkeys (L64).

https://github.com/inbo/vespaR/blob/a7b5f9e57a03d4529a23603411965c7e7aa31c86/Scripts/preprocessing/get_data_from_gbif.Rmd#L61-L89

Mogelijk ga je wel de soorten lijst in "behapbare" groepen moeten onderverdelen hiervoor kan je onderstaande code mits enkele aanpassingen gebruiken: https://github.com/inbo/prius-radius/blob/75a71ca788de81026f1f32c2fb8c765cb4ea45fe/prius/r-scripts/climate_matching.Rmd#L23-L82

Denk er wel aan om de parameter country = "Belgium" toe te voegen aan occ_count. Filteren op niveau Vlaanderen is met occ_count voor zover ik weet niet mogelijk.

[fleurpet]

@bramdhondt - Ik heb de gbif occurrences gedownload voor alle soorten in de RadIUS soortenlijst.

Na het filteren van de ruwe download (weglaten obs. buiten Vlaanderen, zonder coördinaten, zonder verificatie, ...), behoud ik in totaal 489.435 observaties.

Van de 118 soorten in de lijst:

• 46 soorten afwezig in Vlaanderen

• 72 soorten aanwezig in Vlaanderen

Beide lijsten komen overeen met de aanwezige/afwezige soorten in het PrIUS-rapport, behalve:

• In tegenstelling tot de resultaten van het PrIUS-rapport, heb ik geen observaties van de Aziatische boomwurger sinds 2015. Op gbif staan voor deze soort wel 6 observaties in 2018, maar zonder coördinaten. In het PrIUS rapport is er wel een observatie voor deze soort. Kan het dat deze observatie in PrIUS verwijst naar een observatie uit 2013?

• Schijnambrosia aanwezig: eerste waarneming sinds 2013 op 4 mei 2023.

• van de RIPARIAS en DUNIAS soorten zijn de calicotrivierkreeft, gewone yabby en Kentuckyrivierkreeft afwezig.

[bramdhondt]

@fleurpet - Ok, top!

• Aziatische boomwurger : ik zou vermoeden dat de PrIUS-waarneming deze betreft (juli 2015). Die toont niet op GBIF (zie onder), maar moet dan kennelijk wel weer in de cube-dataset zitten (want ik zie niet in hoe ze anders in het PrIUS-rapport opduikt). @SanderDevisscher of @timadriaens : iemand een idee waarom die niet doorstroomt wnm.be > GBIF.org ?

• Schijnambrosia : foutieve determinatie (cf. bericht Filip). Of wachten op correctie en nieuwe datapush vanuit wnm.be, of er even manueel "uitscripten".

[timadriaens]

Ik kan me voorstellen dat er een filter gezet is op "incidentele invoer" cf. wat ook iNaturalist doet (geen captive/cultivated in de GBIF dataset)? Mocht dit het geval zijn zou ik dat wel eens melden in de repo van de wnm.be data. Ik ben voorstander die dingen wel mee te nemen aangezien ze voor garden escapes super relevant zijn. Eventueel in een aparte dataset wel. Maar dat is dus te checken of dat wel de reden is.

Ik heb twee emails geforward mbt tot 2 locaties (Wolvenberg en Kerkhoven) met boomwurger. Noteer dat er ook een Celastrus spec. in waarnemingen.be zit. Aangezien dat een over het hoofd geziene bessenverspreider kan zijn moeten we ze misschien toch binnen RadIUS eens bezoeken.

[fleurpet]

@timadriaens @bramdhondt Het lijkt inderdaad zo dat er een filter op de waarnemingen data staat bij het overzetten naar GBIF. Het is me niet helemaal duidelijk waarop gefilterd wordt. Vind ook niet direct de repo van de wnm.be data. Iemand een idee?

Ik kan voor twee waarnemingen in Wolvenberg en Kerkhoven eventueel even mailen Luc en Frank en informeren of deze permanent verwijderd werden.

[timadriaens]

ik denk hier https://github.com/inbo/data-publication-natuurpunt/issues maar ik vraag 't eens na bij @peterdesmet

[fleurpet]

@timadriaens Zou het kunnen dat deze repo private is? Als ik op die link klik, krijg ik "Page not found".

[peterdesmet]

Data met incidentele invoer worden wel naar GBIF gepubliceerd als deel van de Natuurpunt exoten datasets:

The dataset contains all plant, algae and fungi taxa recorded in Flanders and the Brussels Capital Region which have the status naturalized, naturalizing, exotic, or incidental import in waarnemingen.be.

Mogelijke redenen waarom https://waarnemingen.be/observation/104660699/ niet doorstroomt naar GBIF:

❌ Het taxon heeft niet een van bovenstaande statuses in waarnemingen.be. Nee, want andere waarnemingen van die soort raken er wel in: https://www.gbif.org/occurrence/search?dataset_key=7f5e4129-0717-428e-876a-464fbd5d9a47&taxon_key=3169169 ❓ De waarnemer heeft niet de toestemming gegeven om data te delen