search

inbo / prius-radius

MIT License
0 stars 1 forks source link

RadIUS-soortenlijst #38

Closed fleurpet closed 8 months ago

fleurpet commented 10 months ago

Aanpassingen PrIUS-soortenlijst o.b.v. startoverleg RadIUS:

1) verwijderen niet-relevante soorten:

2) uitbreiding ANB-selectie:

3) Toevoegen soorten RIPARIAS target species list

4) Nog te bekijken:

timadriaens commented 10 months ago

Toplijstje. 'T moet wel Noord-Aziatische modderkruiper zijn.

fleurpet commented 10 months ago

Ai, verstrooidheidsfoutje..

@timadriaens @bramdhondt - Tijdens het startoverleg haalde Nicolas ook even de prachtslang aan. Gaat dat over deze soort: https://www.gbif.org/species/8889878? Voeg ik deze ook toe aan de RadIUS soortenlijst?

fleurpet commented 10 months ago

Van de 30 soorten in de RIPARIAS alert lijst, heb ik onderstaande 11 soorten toegevoegd aan de RadIUS lijst. (De overige 19 soorten waren al aanwezig in de PrIUS lijst):

Groep Scientific name Soort Lijst GBIF key
dier Faxonius juvenilis Kentuckyrivierkreeft RIPARIAS 8721209
dier Faxonius immunis Calicotrivierkreeft RIPARIAS 8930656
dier Procambarus acutus Gestreepte Amerikaanse rivierkreeft RIPARIAS 2227289
dier Cherax destructor Gewone yabby RIPARIAS 4417558
plant Houttuynia cordata Moerasanemoon RIPARIAS 5384931
plant Aponogeton distachyos Kaapse waterlelie RIPARIAS 5328593
plant Egeria densa Egeria RIPARIAS 5329260
plant Pontederia cordata Moerashyacint RIPARIAS 2766030
plant Petasites japonicus Japans hoefblad RIPARIAS 3088310
plant Saururus cernuus Leidse plant RIPARIAS 5384932
plant Erythranthe guttata Gele maskerbloem RIPARIAS 7346102

Al deze GBIF keys lijken te kloppen, behalve die voor Egeria: Egeria densa (5329260) is een synoniem voor Elodea densa (5329263). Gebruik ik de GBIF key voor Elodea densa?

timadriaens commented 10 months ago

yep, Elaphe taeniura. Je leest er meer over hier.

timadriaens commented 10 months ago

wrt Egeria, indeed, best to use this one, Egeria densa is considered a synonym

bramdhondt commented 10 months ago

@fleurpet - Wat DUNIAS betreft:

bramdhondt commented 10 months ago

@fleurpet - Wat de rivierkreeften betreft:

Ik zou eens contact opnemen met Kevin Scheers en Frédérique Steen, hen uitleggen waar je mee bezig bent, en de reeds opgelijste rivierkreeften voorleggen. Afh. van hun werk / afspraken met ANB, kunnen ze dan misschien nog soorten toevoegen.

bramdhondt commented 10 months ago

@fleurpet - Ik zag je commit en vragen daarbij.

Wat Lijst betreft, heb ik me het volgende bedacht, voor soorten die op meerdere lijsten staan (bv. Crassula: ANB-lijst, RIPARIAS-lijst; Heracleum: EU-lijst, RIPARIAS-lijst; Baccharis: EU-lijst, DUNIAS-lijst...): in plaats van daar een prioriteit aan te geven (bv. RIPARIAS > ANB), kunnen we ze meer recht doen door de EU-lijst, de RIPARIAS-lijst en de DUNIAS-lijst als aparte variabelen te beschouwen (EU-lijst: waarden 1-4; RIPARIAS-lijst: 1/0; DUNIAS-lijst: 1/0). De ANB-lijst mag dan gewoon de restgroep zijn ('1' voor alle soorten waar de vorige waarden '0' zijn). Op die manier zullen we ook vlotter binnen het RIPARIAS- en DUNIAS-project kunnen uitpakken met ons werk.

Excuses voor deze late bedenking.

Daarnaast zitten er voor sommige soorten meerdere taxa / GBIF-codes in de soortenlijst. Ik weet dat dat bij PrIUS ook zo was, maar wat mij betreft mag je gerust voor één taxon / GBIF-code gaan in de gevallen waar GBIF de taxa als valide synoniemen beschouwd -moest je dat handiger vinden. Ik vermoed dat dat voor alle gevallen zo is, uitgenomen drie van de zes 'invasieve duizendknopen', waar het echt om een lumping van verschillende taxa gaat.

afbeelding

fleurpet commented 10 months ago

@bramdhondt Ik heb de RadIUS lijst aangepast o.b.v. je voorgaande comment. Nu staan er 4 extra kolommen (EU_lijst, RIPARIAS_lijst, DUNIAS_lijst, ANB_lijst) die telkens aangeven in welke lijst(en) een soort voorkomt. Ook de synoniemen werden uit de lijst gehaald.

De enige bedenking die ik me nu nog maak is dat er voor de soorten die werden toegevoegd uit de RIPARIAS-lijst momenteel in de kolom 'Species' de scientific name staat zoals in de oorspronkelijke alert list. Is het beter om hier de GBIF scientific name te zetten (incl. auteur, jaar, ...)?

vb. image

bramdhondt commented 10 months ago

Inderdaad, beter de uitgebreide naam overnemen. De RIPARIAS-speciesnaam is maar wat pover.

Op di 21 nov. 2023 10:19 schreef Fleur Petersen @.***>:

@bramdhondt https://github.com/bramdhondt Ik heb de RadIUS lijst aangepast o.b.v. je voorgaande comment. Nu staan er 4 extra kolommen (EU_lijst, RIPARIAS_lijst, DUNIAS_lijst, ANB_lijst) die telkens aangeven in welke lijst(en) een soort voorkomt. Ook de synoniemen werden uit de lijst gehaald.

De enige bedenking die ik me nu nog maak is dat er voor de soorten die werden toegevoegd uit de RIPARIAS-lijst momenteel in de kolom 'Species' de scientific name staat zoals in de oorspronkelijke alert list. Is het beter om hier de GBIF scientific name te zetten (incl. auteur, jaar, ...)?

vb. [image: image] https://user-images.githubusercontent.com/117445190/284525382-3c233d3c-5429-421a-89ca-b1648888deb9.png

— Reply to this email directly, view it on GitHub https://github.com/inbo/prius-radius/issues/38#issuecomment-1820526016, or unsubscribe https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/ASV2TC4LAETY3NBPFXH6TNTYFRWZTAVCNFSM6AAAAAA7OPGXROVHI2DSMVQWIX3LMV43OSLTON2WKQ3PNVWWK3TUHMYTQMRQGUZDMMBRGY . You are receiving this because you were mentioned.Message ID: @.***>

timadriaens commented 10 months ago

Hoi, wel opletten dat je de taxonkey kiest waar de data ook echt aan vasthangen. Het kan zijn dat met name wnm.be data gemapt zijn op wat door gbif als een synoniem beschouwd wordt. Als je dan de accepted neemt, eindig je met minder records en moet je dus op de beide keys selecteren om alles mee te hebben. Misschien dus even een kleine check doen van het aantal records voor die taxa met meerdere gbif codes? Zulke gevallen, zeker voor unielijst soorten, dienen dan gemeld via een issue in de repo van wnm.be data. Het zijn de klassiekers, Orconectes/Faxonius limosus, Salvinia auriculata/molesta enz. Taxonomy anarchy... maar zover was je al allicht.

fleurpet commented 10 months ago

@timadriaens Is het niet zo dat de download van gbif automatisch alle synoniemen meeneemt wanneer je download op basis van de accepted key?

Bij een test van de download op basis van de accepted keys, heb ik in onderstaande tabel die samenvat welke taxa worden meegenomen met de download o.b.v. de accepted keys:

image

bv. het synoniem Orconectes limosus valt automatisch onder de download van de accepted Faxonius limosus

timadriaens commented 10 months ago

yep, je hebt gelijk. Inderdaad, ziet er goed uit dus, ik zat met het recente geval Amerikaanse nerts in mijn gedachten (taxon Neogale vison bestaat niet op gbif dus iNaturalist data is gewoon niet gemapt) maar dat is dus een andere case die zich hier niet stelt (tenzij amerikaanse nerts ook wordt beschouwd?). Ook Rana catesbeiana is mee wellicht voor 247091?

fleurpet commented 10 months ago

@timadriaens amerikaanse nerts staat momenteel ook in de soortenlijst onder de ANB-selectie met de GBIF key 5218823. Maar dit klopt dan niet?

Rana catesbeiana zou ook in de download moeten zitten onder Lithobates catesbeianus. Dat deze niet in bovenstaand overzicht staat kan eventueel zijn omdat er van dit synoniem in Vlaanderen nog geen observaties op GBIF staan. Zou dit kunnen?

timadriaens commented 10 months ago

jawel, dat klopt zeker, maar zoals je zal zien in de dataset overview, zitten er geen records van iNaturalist bij, doordat iNaturalist de nieuwe naam Neogale gebruikt (op het spoor gekomen bij de uitwerking van de SDM horende bij de PRA voor Europa). Even gecheckt, de enige records is deze. En die zit ook in waarnemingen dus je mag ervan uitgaan dat alles ok is.

fleurpet commented 10 months ago

@bramdhondt @SanderDevisscher

Ik heb alle aanpassingen/toevoegingen voor de RadIUS-soortenlijst doorgevoerd.

Alle aanpassingen gebeuren in het script preparing_radius_species_list.Rmd. Waarin ik o.b.v. de PrIUS-soortenlijst volgende stappen volg:

  1. Vergelijken GBIF keys met Union list dataset (Adriaens & Oldoni, 2023) (zie #34)
  2. Aanpassingen ANB soortenselectie
  3. Inladen RIPARIAS alert list
  4. Toevoegen DUNIAS project species
  5. Combineer soortenlijsten
  6. Verifieer GBIF keys tegen de GBIF Backbone
  7. Aanpassingen RadIUS-lijst voor export

De resulterende soortenlijst staat hier.

Zijn er nog opmerkingen of suggesties? Zo niet, kan ik eventueel overgaan op een pull request en deze eerste versie van de soortenlijst voorleggen aan Nicolas.

bramdhondt commented 10 months ago

@fleurpet - Ok, geen verdere opmerkingen.