Update toekomstige verspreiding 2023 (and future years)

[RuttenAnneleen]

De nodige scripts van het verspreidingsmodel werden al aangepast voor jaarlijkse reruns in https://github.com/inbo/verspreiding-everzwijn/issues/22.

Wat we nu nog moeten doen om da jaarlijkse update in het dashboard te verzekeren is:

• [x] Navragen exacte files voor Dashboard aan @mvarewyck
• [x] Check met @SanderDevisscher waar deze scripts het best terecht komen en deze verplaatsen
• [x] Run model met 100 iteraties voor 2023
• [x] Files toevoegen aan S3-bucket lijst
• [x] Check met @SanderDevisscher waar deze scripts het best terecht komen en deze verplaatsen
• [x] Check met @SanderDevisscher voor automatische Github reruns

[RuttenAnneleen]

@mvarewyck: Om de figuur van het de toekomstige verspreiding jaarlijks te updaten wou ik eens even vragen welke files jij exact nodig hebt want omdat jij deze figuur vanuit ons shiny-script hebt gemaakt ben ik niet zeker wat de opbouw van de files moet zijn.

Momenteel geeft het model de pixel output en de gemeente output op deze manier. Ik denk dat ze zo ook in onze shiny app werden ingelezen maar aan jou dus om te bevestigen :)

[mvarewyck]

@RuttenAnneleen Ik lees een csv file in: waarnemingen_2022.csv. Laat maar weten als er iets verandert. Bestandsnaam zal al aangepast worden #377

[RuttenAnneleen]

@RuttenAnneleen Ik lees een csv file in: waarnemingen_2022.csv. Laat maar weten als er iets verandert. Bestandsnaam zal al aangepast worden #377

@mvarewyck: dat is de file voor het huidige verspreidingsgebied, ik bedoel het toekomstige verspreidingsgebied F17_4

[mvarewyck]

Oeps, voor toekomstige verspreiding gebruik ik (code ref)

• pixels = "Pixels_ModelOutput_toekomst_verspr_2022.shp",
• municipalities = "Municipalities_ModelOutput_toekomst_verspr_2022.shp"

Alle files hier te plaatsen

[RuttenAnneleen]

Oeps, voor toekomstige verspreiding gebruik ik (code ref)

• pixels = "Pixels_ModelOutput_toekomst_verspr_2022.shp",
• municipalities = "Municipalities_ModelOutput_toekomst_verspr_2022.shp"

Alle files hier te plaatsen

Top! Dan maak ik er nog shapefiles van! Ik geef een seintje als ze klaar staan

[SanderDevisscher]

@mvarewyck moeten deze files niet in een .Rdata pakket komen ?

[mvarewyck]

@mvarewyck moeten deze files niet in een .Rdata pakket komen ?

Voorlopig lezen we deze shape files rechtstreeks in zonder er een .Rdata object van te maken.

[mvarewyck]

Wegens manuele toevoeging Voeren #374, wordt nu een .Rdata file aangemaakt (code)

• Input files komen in "~/git/reporting-rshiny-grofwildjacht/data". Indien er meerdere input files staan, nemen we de meest recente: e.g. Municipalities_ModelOutput_toekomst_verspr_2022.shp en Municipalities_ModelOutput_toekomst_verspr_2023.shp. De code moet dus niet aangepast worden bij data updates.
• Output (.RData) file wordt aangemaakt via commando createSpreadData(spatialData = spatialData) en automatisch weggeschreven naar "~git/reporting-rshiny-grofwildjacht/reporting-grofwild/inst/extdata"
• Voorlopig wordt de .RData file gewoon in git meegenomen, maar file verhuist mee naar S3 buckets.

[SanderDevisscher]

Wegens manuele toevoeging Voeren #374, wordt nu een .Rdata file aangemaakt (code)

• Input files komen in "~/git/reporting-rshiny-grofwildjacht/data". Indien er meerdere input files staan, nemen we de meest recente: e.g. Municipalities_ModelOutput_toekomst_verspr_2022.shp en Municipalities_ModelOutput_toekomst_verspr_2023.shp. De code moet dus niet aangepast worden bij data updates.
• Output (.RData) file wordt aangemaakt via commando createSpreadData(spatialData = spatialData) en automatisch weggeschreven naar "~git/reporting-rshiny-grofwildjacht/reporting-grofwild/inst/extdata"
• Voorlopig wordt de .RData file gewoon in git meegenomen, maar file verhuist mee naar S3 buckets.

Gewoon even voor de zekerheid: Klopt het dat dit wilt zeggen dat wij het createSpreadData manueel moeten laten lopen om dit deel van de spatiale data up te daten? Klopt het dat createSpreadData een functie is die parallel aan readShapeData gebruikt moet worden? De werkwijze van beide functies is ook dezelfde ? maw (1) zet de bestanden in een tijdelijke folder, (2) point de functie in de richting van die folder en (3) de functie packaged de files en plaatst ze (op termijn) op de s3 Bucket?

[mvarewyck]

Gewoon even voor de zekerheid: Klopt het dat dit wilt zeggen dat wij het createSpreadData manueel moeten laten lopen om dit deel van de spatiale data up te daten?

Ja, in de S3-toekomst best wel. Momenteel heb ik deze laten lopen en toegevoegd aan GIT.

Klopt het dat createSpreadData een functie is die parallel aan readShapeData gebruikt moet worden?

Ja

De werkwijze van beide functies is ook dezelfde ? maw (1) zet de bestanden in een tijdelijke folder, (2) point de functie in de richting van die folder en (3) de functie packaged de files en plaatst ze (op termijn) op de s3 Bucket?

Merk op dat createSpreadData() pas kan aangemaakt worden NA createShapeData() omdat de polygon voor Voeren uit deze laatste komen. Voor de rest zijn ze idd gelijkaardig. Vb. van huidige manier van updaten staat hier