Prioritizing management of water bodies in Riparias

[jrhillae]

@bramdhondt : by which date do you want a first draft of the script? I only have time to write a first version but you will further elaborate/explore it?

[jrhillae]

@bramdhondt: In this file you can see the starter of the code to prioritize areas of management within Riparias.

I read in all data of the different areas (which were all delivered in different formats) and also transformed them to the correct projection. Currently, I am stuck in the intersect as the RAM memory on my laptop is too low. (Misschien eerst een overlay doen met watervlakken en Riparias gebied ook zodat die laag kleiner wordt? Alle observaties zijn enkel in Riparias gebied momenteel.)

Veel succes :)

[timadriaens]

This was the idea of the analysis:

• produce a map for the entire project area with ponds: use the INBO watervlakkenkaart for Flanders, plans d'eau for Wallonia
• overlay with occurrences of baseline distribution in RIPARIAS project area (probably best to take a buffer around the water bodies)

Looks like you made a great effort already.

I feel it would be nice to integrate this in the dashboard in the surveillance tab (cf. the degree of invasion maps) : 2 maps of the area (baseline-current) showing the ponds in the area, and colour scheming them à rato of the number of alien species observed there? This way, we could show the extra surveillance effort in ponds. Maybe this integration would actually also allow us to recycle some code @jrhillae ?

[timadriaens]

Analysis:

• number of observations RIPARIS target species per pond and per year
• compare this pre-post baseline
• compare this baseline-RIPARIAS period (since 2021)
• list of ponds that had records of riparias species in the baseline period but not in more recent times and therefore have to be revisited

[bramdhondt]

@timadriaens and @jrhillae

@jrhillae : I copied your code into a Rmd file (pond_prioritisation.Rmd). It already runs well for Flanders: I extracted a list of ponds with the RIPARIAS species! I'll try to improve it further in the coming day(s). I will then respond to Etienne myself.

@timadriaens : I suggest to take a two-phase approach.

• First, to let the script do the bare minimum, i.e. come up with three tables of ponds with historical records of species (one per region). This should allow our partners to go to their next step(s). The reason to do it per region, is that we avoid (cumbersome) steps to align the different geographical input from them. Time frame: coming weeks.
• Second, make it more fancy (e.g. maps) and maybe include it in the D1 dashboard. Time frame: coming months.

[timadriaens]

sounds great @bramdhondt

[bramdhondt]

@SanderDevisscher (FYI: @jrhillae )

Het script pond_prioritisation.Rmd lijst de Vlaamse, Waalse en Brusselse waterlichamen (geïsoleerde wateren) op waarin RIPARIAS-soorten zijn vastgesteld. Voor de soorten en hun occurrences wordt beroep gedaan op het reeds bestaande _currentstate.geojson (en baseline.geojson). Die bevat 14 soorten, en is daarmee niet conform de laatste RIPARIAS-lijst. Zie de link naar de laatste lijst (op GBIF), en ook een opmerking hierover door Damiano, in issue 50.

Zou het mogelijk zijn de beide geojson-bestanden conform de laatste lijst op te maken, of de soorten op andere wijze in pond_prioritisation.Rmd in te werken? (Merk op: ik heb geen zicht op welke locaties de geojson-bestanden nog worden aangesproken, en of er zich dus conflicten zouden voordien.)

• [ ] uitbreiding script naar alle RIPARIAS-soorten

Ik heb ook problemen met read_sf voor WFS (hier voor Brussel; maar plots ook in mijn scripts elders, die eerder wel functioneerden). De url ziet er goed uit, maar read_sf krijgt ze niet geopend ("The file doesn't seem to exist"). Moest je hier een oplossing zien...

[jrhillae]

@bramdhondt : Good job! I am happy you succeeded in running the intersect function.

[bramdhondt]

@SanderDevisscher (FYI: @jrhillae ) : ik geraak verloren in de verwijzingen naar de easin-repo. Het is me dan ook niet duidelijk hoe het input-bestand _currentstate.geojson nu uitgebreid moet worden naar alle soorten van de RIPARIAS-lijst.

[SanderDevisscher]

@bramdhondt ik was bij het toevoegen van de RIPARIAS soorten op een foutje gestoten in de taxonomie (zie issue 17) het is me na het oplossen van deze issue echter niet gelukt om de flow opnieuw te laten lopen. Ik zal dat asap doen.