institute-of-health-policies-sk / SIRmodel_COVID-19

Other
51 stars 13 forks source link

zdrojove data, nakazy_sk #2

Open rpslimak opened 4 years ago

rpslimak commented 4 years ago

Zdravim,

tam ako plnite tabulku nakazy_sk, prve 3 su Bratislava v nasledovnom poradi s hodnotami:

529346 - Bratislava - Nové Mesto - hodnota 4 529346 - Bratislava - Nové Mesto - hodnota 3 (duplicita?chyba?) 529320 - Bratislava - Ružinov - hodnota 25

Je to urcite dobre? Zdrojove data ste nedali k dispozicii, je mozne ich zverejnit?

Potom napr. ten Hviezdoslavov - to by mal byt kod obce 501638, ale vy to mate pod Dunajskou Stredou, t.j. 501433...Giraltovce detto.

Košice su zastupene iba 598186 - Košice - Staré Mesto, co je mozno spravne.

Partizanske 505315 je tam tiez duplicitne.

Zverejnite zdrojove tabulky pls.

madbeyk commented 4 years ago

jj, na co jsou komukoliv zdrojaky bez dat, ktere pouzivaji ...

HuffYk commented 4 years ago

prosim zverejnite data aby sa dalo v komunite reviewovat kod, data, skusat ine scenare (napr. skusit r0=2.4 namiesto 4.0 ktory je dost pesimisticky) a takto spolocne najst pripadne bugy, navrhnut zleepsenia a vyuzit crowdsourcing na zlepsenie celeho modelu.

milosmolnar commented 4 years ago

Toto je pseudo transparentnosť. Neviem na čo lezú títo štátni úradníci na github keď majú kultúru zatajovania v krvi.

mnicky commented 4 years ago

Aspon podla FAQ sekcie sa zda ze uz je nova analyza s mensimi R:

  analysis-infection-peak-svk-2

misolietavec commented 4 years ago

@milosmolnar

Toto je pseudo transparentnosť. Neviem na čo lezú títo štátni úradníci na github keď majú kultúru zatajovania v krvi.

Dúfam, že to nie sú štátni úradníci, ale mladí normálni chalani. A že chápu, že bez dát (hoci aj upravených, demonštračných) je to nanič.

Hádam sa ozvú? Patrilo by sa.

radovankavicky commented 4 years ago

Plný súhlas s ostatnými, resp. s tým čo tu už bolo povedané...

V prvom rade ale pochvala! Je to skvelá práca a klobúk dole (+približne takto má výstup vo verejnej správe a určený pre verejnú diskusiu vyzerať), čiže len tak ďalej, ale bez dát z ktorých vychádzate je to pre nás ostatných vážne takmer zbytočné a fakt imho len "hra na transparentnosť". & Taktiež ak s tým prípadne (nielen teraz, ale aj do budúcna) chcete pomôcť, alebo posunúť to ešte ďalej aj s pomocou nás ostatných... bez zverejnenia dát z ktorých ste pri modelovaní vychádzali to nepôjde.

martin-roman commented 4 years ago

Podľa warning:" C:\Users\dudekj\AppData\Local\Continuum\anaconda3\lib\site-packages\ipykernel_launcher.py:26: TqdmDeprecationWarning: This function will be removed in tqdm==5.0.0 Please use tqdm.notebook.tqdm instead of tqdm.tqdm_notebook" by som tipoval, že najlepšie je napísať priamo na Ján Dudek, MSc, predpokladám, že email bude jan.dudek@health.gov.sk

gergelytakacs commented 4 years ago

@mnicky

Mensimi R ale otazne je ci stale budu pouzivat SIR, ci prejdu na SEIR. Taktiez by ma zaujimalo ci uvadzaju korekcie na subexponencialny nabeh choroby, co mnohi autori v literature uvazuju v poslednej dobe....

op183 commented 4 years ago

Výhrady nemám voči samotnému modelu, ale správa ktorá ho sprevádza (https://izp.sk/wp-content/uploads/2020/04/CRN_IZP_29-3-2020_final4.pdf) vzbudzuje vo mne pochybnosti, pretože miestami sú tvrdenia v nej zverejnené "mimo misu". Rovnako je model detailný v snahe modelovať vzájomné interakcie obyvatelstva, ale len do takej miery ktorá v zásade iba vnáša do modelu šum, nijako zásadne ale nepomáha pochopiť (resp. skôr kvantifikovať) napríklad význam masívneho testovania. Absencia dát je už len "taká maličkosť, alebo čerešnička na torte". Napriek všetkým výhradám, dúfam že v pozadí, kam nevidíme, je dostatok odborníkov schopných vláde múdro radiť.

op183 commented 4 years ago

@mnicky

Mensimi R ale otazne je ci stale budu pouzivat SIR, ci prejdu na SEIR. Taktiez by ma zaujimalo ci uvadzaju korekcie na subexponencialny nabeh choroby, co mnohi autori v literature uvazuju v poslednej dobe....

venujem sa vo svojom voľnom čase (to je teraz všetok môj čas :-)) porovnaniu možných modelov s "realitou" ktorú verejne dostupné dáta z celého sveta dnes ponúkaju a možem zatiaľ (celkom laicky) prehlásiť, že medzi SIR a SEIR modelom nie je z hľadiska jeho použiteľnosti pre nejakú predikciu vývoja na Slovensku žiaden zásadný rozdiel.

gergelytakacs commented 4 years ago

@op183 Mozno. Ale hlavny problem je ze chybaju data o vyliecenych (R) pripadov, potom je dost tazke nejaky fit urobit. Aj ja robim laicky analyzu (MATLAB): http://covid19.gergelytakacs.com

radovankavicky commented 4 years ago

Výhrady nemám voči samotnému modelu, ale správa ktorá ho sprevádza (https://izp.sk/wp-content/uploads/2020/04/CRN_IZP_29-3-2020_final4.pdf) vzbudzuje vo mne pochybnosti, pretože miestami sú tvrdenia v nej zverejnené "mimo misu". Rovnako je model detailný v snahe modelovať vzájomné interakcie obyvatelstva, ale len do takej miery ktorá v zásade iba vnáša do modelu šum, nijako zásadne ale nepomáha pochopiť (resp. skôr kvantifikovať) napríklad význam masívneho testovania. Absencia dát je už len "taká maličkosť, alebo čerešnička na torte". Napriek všetkým výhradám, dúfam že v pozadí, kam nevidíme, je dostatok odborníkov schopných vláde múdro radiť.

IMHO aj model by sa určite tiež dal vylepšiť (o vplyv zahraničia/repatriácia), alebo prípadne aj doplniť (predikcia úmrtí napríklad/pre rôzne skupiny a za rôznych scenárov), alebo tiež použit iné nástroje (pochváliť určite treba, ale zasa vo svojej podstate sú to jednoduché diferenciálne rovnice... + prečo zvolili práve Python a nie napríklad R, či ešte lepšie Juliu, napr. DifferentialEquations.jl/ https://github.com/SciML/DifferentialEquations.jl, resp. keď už silou mocou Python, tak mohli zvoliť diffeqpy, ktorá/ktorý sa o Juliu opiera).

Čo sa tej druhej výhrady/samotnej štúdie týka tak tam zasa mňa skôr vyrušili gramatické chyby (napríklad "detekovať" namiesto "detegovať" atď.), ale tak to sa dá prepáčiť... aj tak ide o dobrú prácu a buďme vďační aj za to, že sa konečne posúvame od "excelovského" policy making-u, resp. "insitného excelizmu" ku štandardu, ktorý je normálny na západe a argumentácii či rozhodnutiam založených na dátach. Už za to samotné/tento zjavný posun musíme byť vďační (ergo už to je posun k lepšiemu +keď ešte budú aj viac otvorení a stane sa takýto prístup štandardom... bude to rozhodne posun vpred).

A k tomu ostatnému, resp. také všeobecné pozastavenie (aj v kontexte open data a ďalších vecí). Samozrejme, celé je to stále len taká hra na transparentnosť (ak teda sa niečo zásadne nezmení v najbližších rokoch/čo je málo pravdepodobné)... držím im palce, no politici ich prácu (nech je akokoľvek dobrá, či záslužná) budú zneužívať na politický marketing, časom (keď im nebude tiecť do topánok ako v tomto prípade) buď zrazu prestanú počúvať, alebo závery ich práce budú skreslovať, prípadne úplne obmedzovať (roky sa na IFP/predchodca IZP a aj inde v štátnej správe robili štúdie "do šuflíka", prípadne von mohla ísť v lepších prípadoch iba orezaná verzia + boli aj obdobia kedy IFP plnilo rolu skôr sofistikovaného PR než reálnej analytickej práce), ale tak to všetko je žiaľ imho nutná daň za to, že niekto v štátnej správe pôsobí (a nebudem ďaleko od pravdy ak poviem, že každý kto tam chce dlhodobo pôsobiť o týchto "kompromisoch" vie... a buď mu to nevadí, alebo nedocháda... skrátka, tak či tak časom odíde, alebo zostane za cenu morálnych kompromisov/prispôsobenia sa).

Nechcem ale končiť negatívne... je to dobrá práca, len tak (a ešte) ďalej. Make public policy & reforms great again! :)

kimec commented 4 years ago

@radovankavicky spisovne po slovensky sa pise detegovat. Nie je to ani gramaticka chyba ani preklep.

EDIT: beriem spat. Vasu pripomienku som pochopil presne naopak. Nejednoznacnost prirodzenych jazykov. Asi ste mysleli, ze spravne je detegovat, ale v clanku sa pouziva aj detekovat.

milosmolnar commented 4 years ago

Zaujímavé by bolo tiež analyzovať šírenie infekčných chorôb na Slovensku z historických údajov. V 2017 sme to navrhovali Dôvere ale nejak to "zaspalo". Išlo o preskúmanie šírenia podľa diagnostikovaných nakazených (keď lekár vykáže úkon v zdravotnej starostlivosti a určí diagnózu). K dispozícii sú dáta minimálne 10 rokov spätne a určite by bolo zaujímavé sa pozrieť na to. malých epidémií (lokálna žltačka v segregovanej komunite) až po väčšie (chrípkové epidémie skoro každý rok). Výhodou by bol fakt, že tieto choroby a ich šírenie sa dá porovnať voči svetu a porovnaním by sa zistila napríklad intenzita prenosu v SR, prípadne regióne. Relatívne kvalitné dáta sa dajú doplniť z demografie. Možno by sa dali potom takéto zistenia aplikovať do modelu a nie len odhadovať. NCZI preberá už niekoľko rokov dáta zo všetkých zdravotných poisťovní o všetkých úkonoch a diagnostikovaní.

milosmolnar commented 4 years ago

Ešte jeden komentár ku kvalite práce týchto výskumníkov: Dátová veda je veda ako iné, takže by malo byť samozrejmosťou, že v práci /skúmaní predstavím všetky vstupy, popíšem metódu a uvediem záver. To všetko kvôli tomu aby to mohli iný konmtrolovať a pomôcť zlepšiť poznanie. Aspoň tak ma to učili na škole, že toto je veda - akademicky otvorená, vítajúca kritiku. Z tohto pohľadu je táto práca za FX.

radovankavicky commented 4 years ago

Ešte jeden komentár ku kvalite práce týchto výskumníkov: Dátová veda je veda ako iné, takže by malo byť samozrejmosťou, že v práci /skúmaní predstavím všetky vstupy, popíšem metódu a uvediem záver. To všetko kvôli tomu aby to mohli iný konmtrolovať a pomôcť zlepšiť poznanie. Aspoň tak ma to učili na škole, že toto je veda - akademicky otvorená, vítajúca kritiku. Z tohto pohľadu je táto práca za FX.

Pekne! No nebuďme na nich zasa až takí tvrdí... v tom marazme čo tu v SR panuje to je prvý ako-tak štandardný výstup/približne tak ako by to malo vyzerať (+politici výnimočne počúvajú!). :)

Síce sa dosť (výrazne) inšpirovali tu (ale to by bolo už na inú tému...): https://towardsdatascience.com/modelling-the-coronavirus-epidemic-spreading-in-a-city-with-python-babd14d82fa2?gi=49e16f99145e

[+áno, mali samozrejme zverejniť vstupné dáta/to sme ale už riešili ako prvé a treba to vnímať aj v kontexte tých obáv o stratu súkromia atď. + si aj uvedomiť v akom prostredí analytici IFP/IZP fungujú/tie politické obmedzenia a ktorých som už hovoril/ergo nemôžeme čakať úplnú otvorenosť a nezávislosť už aj preto, že prácu analytikov IFP/IZP je financované z kapitoly ministerstva financií, teda ide o vládnych/ministerských analytikov... môžete samozrejeme nesúhlasiť, ale ja osobne si myslím, že ako prvý nástrel je to super a keď takýmto spôsobom sa v štátnej/verejnej správe bude pokračovať, budú sa posúvať ďalej a vychytajú postupne chyby môžeme konečne začať hovoriť o "hodnote za peniaze" nás všetkých...]

gergelytakacs commented 4 years ago

Zase na druhej strane je to urcity (polovicny) krok k transparentnosti, neviem ktore z ministerstiev ma hocico na Git-e. :) Takze krok dobrym smerom. Skor mi vadi ze data resp. API z NCZI nie su verejne...

Mimochodom, je tu niekto kto robí s Matlabom?

radovankavicky commented 4 years ago

Zase na druhej strane je to urcity (polovicny) krok k transparentnosti, neviem ktore z ministerstiev ma hocico na Git-e. :) Takze krok dobrym smerom. Skor mi vadi ze data resp. API z NCZI nie su verejne...

Súhlas.

Mimochodom, je tu niekto kto robí s Matlabom?

S Matlabom som začínal ešte na škole (ale len/najmä Econometrics Toolbox, ergo nie úplne do hĺbky a od roku 2016 už prakticky nesledujem čo v Matlabe pribúda/predpokladám že dosť, resp. že sú nútení inovovať... lebo open source). Tiež SAS, Stata, Eviews +úplne na začiatku napríklad Statgraphics (skôr už obsurné dnes, resp. pre pamätníkov z dnešného pohľadu).

StardustDragon1 commented 4 years ago

Po tom, ako sme videli ten graf tak prišlo nás to zopár vývojárov, aby sme si pozreli ten graf a vedeli spraviť vlastný výskum a model, no bez tých dát (csv a pod) to nepôjde, tak zverejnite všetko prosím Vás. Ja osobne mám históriu aj Pythonom, Microsoft Azure a všeobecne vizuálizáciou dát.

Nemôžete zobrať najpesimistickejší model, ani najoptimistickejší, to sú EXTRÉMNE HODNOTY. Malo by sa pracovať MEDIÁNOM, poprípade dolným, alebo horným kvartilom. Takto si poviete, že tie ventilátory stačí kúpiť do 20. Augusta, ale keď "najoptimickejší" model vyjde na 20. apríl a medián teda bude 20. jún, tak Vám nestačí začiatkom Júla robiť objednávky.

gergelytakacs commented 4 years ago

NCZI uz fakt nechapem. Vyliecene pripady su tam 3. Dnes (2.4) je tam posledny udaj z 30.3. Umrtia raz tam uvadzaju, raz nie. Vcera tam bol jeden pripad, ale tam tusim nedali datum umrtia ale datum... neviem coho. Ak su tam vyliecene pripady spravne uvedene, potom pre S(E)IR model by to znamenalo ze mame 1/gamma=cca. 25 dni, tym padom by sme mali tam mat 1/beta 25+ dni aby vysli rozumne R0. Co je zase nezmysel, lebo nemozu infikovat tak dlho... Nedavaju tam datum ustupu priznakov, ale 14 dni + 2x testy. Snazim sa robit nejaky fit na data, ale kvoli tomu (?) je to nezmysel... image

mnicky commented 4 years ago

Zaujimalo by ma, ci to tu vobec niekdo z @institute-of-health-policies-sk sleduje, a ci niekedy pride odozva aj od nich.

Myslim ale, ze diskusia je uz hodne offtopic. Podme k veci.

@op183

Výhrady nemám voči samotnému modelu, ale správa ktorá ho sprevádza vzbudzuje vo mne pochybnosti, pretože miestami sú tvrdenia v nej zverejnené "mimo misu".

Vies dat konkretne priklady toho co ti pride v sprave mimo (i ked premyslam ci na to radsej nezalozit separatne issue, aby sa to tu nerozchadzalo).

@gergelytakacs

Snazim sa robit nejaky fit na data, ale kvoli tomu (?) je to nezmysel...

Neviem ci sa da vobec spravit nejaka rozumna analyza z tak malo dat ktore momentalne su dostupne na Slovensku (dobre o tom pise https://www.sablatura.info/covid/#problem-s-cisly).

op183 commented 4 years ago

Najviac mi tam chýba vplyv aktívneho vyhľadávania a testovania potenciálne infikovaných.

ezgif com-video-to-gif

vľavo je vplyv cieleného vyhľadávania a testovania, vpravo "mobility".

gist modelu https://gist.github.com/op183/38a74a353b33dd826b3b5a9a7bcb79d9

a "predpoveď" hospitalizácií na tento týždeň

Day Hospital

1 88.01765924329165 2 96.82521566700304 3 106.5006939947621 4 117.12679844461198 5 128.79351975216068 6 141.59865074608325 7 155.6483103265868

gergelytakacs commented 4 years ago

@mnicky

Neviem ci sa da vobec spravit nejaka rozumna analyza z tak malo dat ktore momentalne su dostupne na Slovensku (dobre o tom pise https://www.sablatura.info/covid/#problem-s-cisly).

Zacinam mat zo skusenosti presne taky pocit.... :) image

Diky za link idem na to pozerat...

milosmolnar commented 4 years ago

https://www.gstatic.com/covid19/mobility/2020-03-29_SK_Mobility_Report_en.pdf Sú tam obrázky ako image

skshogun commented 4 years ago

Neviem ci sa da vobec spravit nejaka rozumna analyza z tak malo dat ktore momentalne su dostupne na Slovensku (dobre o tom pise https://www.sablatura.info/covid/#problem-s-cisly).

@institute-of-health-policies-sk Neuvazujete vykonat nahodne testovanie (kludne aj clustrovo po okresoch alebo nejak inteligentne) tak ako to spravili na Islande? https://nordiclifescience.org/covid-19-first-results-of-the-voluntary-screening-in-iceland/ https://www.lesswrong.com/posts/68ZG5SYcRQ5q8F7QR/iceland-s-covid-19-random-sampling-results-c19-similar-to

op183 commented 4 years ago

písal som

Najviac mi tam chýba vplyv aktívneho vyhľadávania a testovania potenciálne infikovaných

Podstatné je si uvedomiť, že stratégia hygienikov ktorú aplikujú je správna, dnešný IZP model predikuje maximá infikovaných pomerne presne, ale v skutočnosti máme k dosiahnutiu týchto maxím menej času (podľa mňa približne o 20 až 30 dní). To platí aj v prípade, že ich úsilie je dnes na hranici ich možností a nie je ho možné zvýšiť.

op183 commented 4 years ago

Neviem ci sa da vobec spravit nejaka rozumna analyza z tak malo dat ktore momentalne su dostupne na Slovensku (dobre o tom pise https://www.sablatura.info/covid/#problem-s-cisly).

@institute-of-health-policies-sk Neuvazujete vykonat nahodne testovanie (kludne aj clustrovo po okresoch alebo nejak inteligentne) tak ako to spravili na Islande? https://nordiclifescience.org/covid-19-first-results-of-the-voluntary-screening-in-iceland/ https://www.lesswrong.com/posts/68ZG5SYcRQ5q8F7QR/iceland-s-covid-19-random-sampling-results-c19-similar-to

Dnes je to na Slovensku nereálne, štatistický screening by umožnil spresniť odhad vývoja, cielené vyhľadávanie s indikovaným testovaním významne pomáha vývoj pandémie obmedziť. Je potrebne ich súčastnú stratégiu maximálne podporiť aj materiálne aj personálne.

mnicky commented 4 years ago

Celkom solidna kritika modelu vysla na http://dsl.sk/article.php?article=23646. Podla clanku sa inak zda, ze sa tamojsej redakcii podarilo od IZP ziskat vstupne data minimalne k prvemu modelu.

Po precitani clovek nadobudne dojem, ze prva verzia modelu nepresla ziadnym code review :-( Snad je na tom aspon druha lepsie.

martin-roman commented 4 years ago

Chlapci z dsl.sk by sa aspoň mohli podpísať menami a trochu priblížiť svoje skúsenosti s modelom SIR. Na druhom modely pracovali slovenskí odborníci nie len z IZP a v krátkom čase výrazne zlepšili model. Informačná hodnota článku od tímu ktorého server sa zasekol v roku 2005 je nula.

op183 commented 4 years ago

Celkom solidna kritika modelu vysla na http://dsl.sk/article.php?article=23646. Podla clanku sa inak zda, ze sa tamojsej redakcii podarilo od IZP ziskat vstupne data minimalne k prvemu modelu.

Po precitani clovek nadobudne dojem, ze prva verzia modelu nepresla ziadnym code review :-( Snad je na tom aspon druha lepsie.

ja som po prečítaní tej kritiky skôr nadobudol dojem, že redakcia DSL v tom má podstatne väčší hokej než IZP

mnicky commented 4 years ago

@Matko5

Chlapci z dsl.sk by sa aspoň mohli podpísať menami a trochu priblížiť svoje skúsenosti s modelom SIR. Na druhom modely pracovali slovenskí odborníci nie len z IZP a v krátkom čase výrazne zlepšili model.

Odbornici-neodbornici, pokial maju v kode bugy, len tazko im to bude davat dobre predpovede. Vo mne vyvolalo nedoveru uz to ako odlisne boli vysledky prvych dvoch zverejnenych sprav...

@op183

ja som po prečítaní tej kritiky skôr nadobudol dojem, že redakcia DSL v tom má podstatne väčší hokej než IZP

V com konkretne? Do problematiky modelovania epidemii som sa zatial do hlbky neponoril, ale prislo mi ze poukazali na niekolko realnych bugov (ale kod som zatial sam nestudoval). Samozrejme, ton toho clanku by mohol byt iny atd.

StardustDragon1 commented 4 years ago

Podľa dnešného článku (https://slovensko.hnonline.sk/2125285-reprodukcna-sila-koronavirusu-je-slabsia-ako-sme-si-mysleli-hovori-pre-hnteleviziu-smatana) by ten peak už malo byť o 70 dní a nie 120 alebo koľko to bolo pred tým, to je skoro polovica, obrovský error.

op183 commented 4 years ago

Podľa dnešného článku (https://slovensko.hnonline.sk/2125285-reprodukcna-sila-koronavirusu-je-slabsia-ako-sme-si-mysleli-hovori-pre-hnteleviziu-smatana) by ten peak už malo byť o 70 dní a nie 120 alebo koľko to bolo pred tým, to je skoro polovica, obrovský error.

Písal som tu včera

v skutočnosti máme k dosiahnutiu týchto maxím menej času (podľa mňa približne o 20 až 30 dní)

To ale neznamená pri takýchto predikciách žiadny obrovský error, znamená to len jedno, že nie je možné sa spoliehať na prílišný optimizmus a že akýkoľvek epidemiologický model je značne citlivý na malé zmeny jeho parametrov (z podstaty problému, nie z podstaty modelu). Všetci dnes obdivujeme Južnú Kóreu, na druhej strane ich stratégia sa v prípade, že sa nenájde vakcína, može v budúcnosti ukázať aj ako časovaná bomba.

Správna stratégia je dosiahnutie "kolektívnej imunity" ale riadeným spôsobom tak, aby to zniesol aj zdravotný systém, aj ekonomika. V každom prípade je to velmi delikátna cesta ktorú si my, vďaka stavu nášho zdravotníctva aj stavu našej ekonomiky nemôžeme dovoliť.

Celokm najhoršie je, že sa k epidémii čoraz viac priestoru v diskusii dáva politológom, ekonomickým expertom a čoskoro sa k diskusii pridajú ešte aj odborári ...

Smatanove vyjadrenia v diskusii na hnonline, že "náš model je príliš príliš pesimistický" je ale vyslovený hazard. Ich úlohou nie je na verejnosti vyvolávať falošný pocit optimizmu, ale poskytovať čo najpresnejšie informácie kompetentným.

gergelytakacs commented 4 years ago

Celkom solidna kritika modelu vysla na http://dsl.sk/article.php?article=23646. Podla clanku sa inak zda, ze sa tamojsej redakcii podarilo od IZP ziskat vstupne data minimalne k prvemu modelu.

V jednom majú určite pravdu chlapci: po prvotnom nádeji transparentnosti a otvorenosti prestávajú publikovať svoj kód a zdroje.

Článok v DSL.sk bol nastavený na to, či IZP správne odhadol R0 či nie. Skôr by ma zaujímal ako odhadli pomer beta a gamma pre SIR model, lebo samotné R0 (e.g. pomer beta/gamma pri SIR) im bude na nič pre dlhodobé predikcie. Moje amatérske snahy identifikovať parametre práve zlyhávajú pri gamme, pre ktoré nemáme dostatok dáta zatiaľ.

paloliska commented 4 years ago

Zaujmalo by ma tiež, či si predpovede verifikujú (teda napr. urobia predpoved s datami starými napr. 1 týždeň a porovnaju s reálnym vývojom za ten týždeň). A ešte by ma zaujmalo, či počítajú modely každý deň, lebo dáta majú...

A teším sa, keď budú davať do výstupov aj nejaký ten percentil ))

op183 commented 4 years ago

Zaujmalo by ma tiež, či si predpovede verifikujú (teda napr. urobia predpoved s datami starými napr. 1 týždeň a porovnaju s reálnym vývojom za ten týždeň). A ešte by ma zaujmalo, či počítajú modely každý deň, lebo dáta majú...

A teším sa, keď budú davať do výstupov aj nejaký ten percentil ))

v tom sa ich musím zastať, v podstate to nie je možné. ich model, ale ani žiaden iný, ak by aj mal takúto ambíciu, nie je možné posúdiť komparáciou k dnešnému stavu. ja sa snažím môj vlastný model spresňovať na základe analýzy dnešných dát a to isté celkom iste robia všetci, IZP samozrejme tiež. urobiť ale regresiu modelu s vysokou presnosťou zároveň znamená akúkoľvek štatistickú chybu premietnuť do zásadne iných predpovedí (aj takých, ktoré je možné okamžite identifikovať ako nezmysel). takto sa dátové modelovanie robiť nedá. je to ako predpoved počasia na pol roka dopredu. jedno je iste, za pol roka bude vrcholiť leto a analýzou vývoja za posledných 10 rokov sa je možné k nejakej prepovedi prepracovať. celkom iste ale nie na základe toho, aké bolo počasie za posledné dva týždne.

paloliska commented 4 years ago

ja som chodil na automatizaciu na FEI STU, a odtial si pamatam taky regulator, ktory si sam ladil parametre. Takze si aj v tomto viem predstavit, ze na zaklade takejto regresie a porovnavania by mohli ladit vstupne parametre... ... okrem ineho som ale v prispevku daval otazky, nesnazil som sa zatial o ziadnu recenziu/kritiku.

rpslimak commented 4 years ago

Dnes IZP reagovalo na kritiku - https://dennikn.sk/blog/1841096/pri-modelovani-predikcie-sa-radime-s-odbornikmi-kazda-konstruktivna-kritika-je-zapracovana/

Vstupných dát sa zrejme nedočkáme, škoda.

op183 commented 4 years ago

https://github.com/op183/corona-SK-tools

model sa snaží predstaviť základné stratégie zastavenia epidémie aj ich riziká.

op183 commented 4 years ago
Screenshot 2020-04-07 at 11 11 12
op183 commented 4 years ago
Screenshot 2020-04-07 at 11 14 08
op183 commented 4 years ago
Screenshot 2020-04-09 at 21 58 24
op183 commented 4 years ago

WorldPop_COVID-19_outbreak_updated_March_04_2020.pdf

op183 commented 4 years ago

intervetion strategies.pdf

op183 commented 4 years ago

zabudol som uviesť pôvodný zdroj https://www.worldpop.org/events/COVID_NPI

StardustDragon1 commented 4 years ago

@op183 prepáč ale z tých tvojich grafov veľa človek nevyčíta, nie sú tam dátumy a grafy lezú mimo obrazovky. 2.40 R0 je irreálne na SK

op183 commented 4 years ago

@op183 prepáč ale z tých tvojich grafov veľa človek nevyčíta, nie sú tam dátumy a grafy lezú mimo obrazovky. 2.40 R0 je irreálne na SK

neviem, čo pozeráš, ale sú tam aj dátumy aj možnosť nastaviť parametre pre všetky možné (realistické aj nerealistické) scenáre. https://github.com/op183/corona-SK-tools

op183 commented 4 years ago

ak máš konkrétnu otázku, ako sa v tom projekte vyznať, píš mi na ivo.vacekATgmail.com. k helpu som sa zatiaľ nedostal ... to čo je na tom obrázku, je screenshot ako by to u nás mohlo dopadnúť ak by sme zrušili dnešné opatrenia a vrátili sa k normálnemu životu a pritom by hygienici pracovali na aktívnom vyhľadávaní potenciálne infekčných osôb a ich kontaktov (pričom by to mohlo stáť v konečnom zúčtovaní 60 tisíc životov) na hranici teoretických možností.

op183 commented 4 years ago

môj model nemá snahu o predpovedanie budúcnosti, má snahu presvedčiť o vhodnosti, či nevhodnosti intervenčných stratégií a ich limitov.

rpslimak commented 4 years ago

https://datastudio.google.com/reporting/1iKXdoZxVfO-gqYF5K9v4km7Fw8q8tpvJ/page/bkHZ