llatzerense species has a bug in reporting u'percent_coverage

[Phelimb]

3091ce11-575d-4461-98e0-14dcb4399ab0

{u'files': [u'in.bam'], u'panels': [u'data/panels/tb-species-160227.fasta.gz', u'data/panels/tb-amr-b

radley_2015.fasta.gz'], u'phylogenetics': {u'lineage': {u'Unknown': {u'percent_coverage': -1, u'median_depth' : -1}}, u'sub_complex': {u'Unknown': {u'percent_coverage': -1, u'median_depth': -1}}, u'phylogroup': {u'Non tuberculosis_mycobacterium_complex': {u'percent_coverage': 43.749, u'median_depth': 34.0}}, u'species': {u'My cobacterium_llatzerense': {u'percent_coverage': [100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 83.0357, 100.0, 100.0, 10 0.0, 88.09519999999999, 81.3175, 88.28829999999999, 100.0, 84.0909, 88.8889, 84.7826, 81.25, 100.0, 80.1887, 100.0, 100.0, 86.36359999999999, 84.2697, 100.0, 100.0, 100.0, 81.4953, 84.1509, 82.6446, 100.0, 100.0, 78.43 14, 76.1905, 100.0, 82.716, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 97.82610000000001, 100.0, 100.0, 100.0, 78.571 4, 84.0909, 75.7506, 75.7225, 100.0, 75.2688, 83.3333, 81.08109999999999, 84.88369999999999, 81.1659000000000 1, 82.9457, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 80.8989, 91.6667, 100.0, 100.0, 87.7193, 100.0, 100.0, 78.125, 97.3333, 100.0, 85.4167, 75.8621, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 84.8485, 86.5591, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 81.8841, 85.6164, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 79.2079, 100.0, 100.0, 87.2727, 100.0, 75.8621, 83.6538, 100.0, 100.0, 79.4118, 100.0, 98.1818, 80.1887, 77.6596, 85.4167, 82.1429, 87.0748, 84.0909, 100.0, 100.0, 100.0, 1 00.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 85.84270000000001, 76.1905, 100.0, 100.0, 100.0, 76.9231, 100 .0, 100.0, 79.2079, 98.1481, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 80.7339, 89.7098, 79.8077, 100.0, 78.3505, 10 0.0, 80.7339, 89.79589999999999, 100.0, 100.0, 100.0, 75.5814, 84.6154, 100.0, 86.0927, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 93.93939999999999, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 86.087 , 100.0, 75.7576, 75.7576, 95.4545, 100.0, 100.0, 76.0479, 100.0, 100.0, 75.21369999999999, 100.0, 100.0, 100 .0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 97.619, 86.0927, 100.0, 100.0,

1. {u'files': [u'in.bam'], u'panels': [u'data/panels/tb-species-160227.fasta.gz', u'data/panels/tb-amr-b radley_2015.fasta.gz'], u'phylogenetics': {u'lineage': {u'Mycobacterium_chelonae_chemovar_niacinogenes': {u'p ercent_coverage': 94.308, u'median_depth': 12.0}}, u'sub_complex': {u'Mycobacterium_chelonae_abscessus_comple x': {u'percent_coverage': 98.776, u'median_depth': 13.0}}, u'phylo_group': {u'Non_tuberculosismycobacterium complex': {u'percent_coverage': 63.19, u'median_depth': 14}}, u'species': {u'Mycobacterium_llatzerense': {u'p ercent_coverage': [100.0, 100.0, 81.25, 100.0, 100.0, 83.3333, 94.0476, 81.9413, 80.1887, 84.0278, 100.0, 100 .0, 83.9695, 100.0, 100.0, 100.0, 80.19800000000001, 77.96610000000001, 100.0, 90.2778, 76.1905, 87.3494, 82. 9268, 100.0, 78.125, 100.0, 96.0784, 100.0, 100.0, 100.0, 82.7869, 100.0, 100.0, 100.0, 93.3333, 100.0, 100.0 , 81.6327, 75.7576, 100.0, 100.0, 81.81819999999999, 100.0, 100.0, 75.6757, 100.0, 80.0, 85.7143, 100.0, 100. 0, 100.0, 89.3939, 80.0, 99.2248, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 85.4167, 82.5, 82.6087, 100.0, 100.0, 100.0, 10 0.0, 100.0, 100.0, 100.0, 89.0625, 100.0, 85.4167, 76.4368, 100.0, 100.0, 78.7879, 100.0, 100.0, 100.0, 77.77 78, 78.125, 93.4783, 100.0, 100.0, 100.0, 91.6667, 79.3103, 100.0, 100.0, 100.0, 79.0, 80.31089999999999, 100 .0, 87.1166, 80.0, 98.1818, 100.0, 85.4167, 93.4524, 90.9091, 84.8485, 78.5714, 100.0, 100.0, 100.0, 100.0, 1 00.0, 100.0, 76.1905, 100.0, 95.5556, 100.0, 100.0, 91.1765, 84.0909, 100.0, 80.2817, 100.0, 79.1980000000000 1, 100.0, 100.0, 85.4701, 82.6446, 76.4228, 100.0, 82.35289999999999, 88.8889, 100.0, 88.09519999999999, 100. 0, 100.0, 75.5814, 87.8788, 95.2381, 100.0, 93.0556, 100.0, 100.0, 86.20689999999999, 100.0, 100.0, 100.0, 93 .93939999999999, 100.0, 100.0, 100.0, 95.3488, 100.0, 82.35289999999999, 100.0, 100.0, 75.21369999999999, 100 .0, 80.7018, 100.0, 97.40259999999999, 100.0, 100.0, 100.0, 83.3333, 84.6154, 100.0, 100.0, 100.0, 92.7152, 1 00.0, 100.0, 100.0, 77.6596, 100.0, 100.0, 83.6735, 100.0, 100.0, 100.0, 75.3623, 100.0, 78