search

isglobal-brge / recombClust

Clustering of chromosomal subpopulations based on recombination patterns
MIT License
0 stars 1 forks source link

Errores en getData dejan el archivo GDS abierto #1

Closed yocra3 closed 3 years ago

yocra3 commented 3 years ago

Te listo los errores en getData que dejan el archivo GDS abierto:

Falta de variantes en la región

> snpsData <- getData(gds, range, samples, 0.1)
# of selected variants: 0
# of selected samples: 503
Error in seqParallel(parallel, gdsfile, split = "by.variant", .combine = "list",  : 
  No variants selected.

Nombres de muestras duplicadas:

> snpsData <- getData(gds, range, samples, 0.1)
# of selected variants: 1,101,674
# of selected samples: 503
[==================================================] 100%, completed, 10s
# of selected variants: 79,332
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 
  duplicate 'row.names' are not allowed
dpelegri commented 3 years ago

He solucionado distintos errores que dejaban el GDS abierto. Si en algún momento se queda el fichero bloqueado por un error de recombClust, puedes utilizar la instrucción : showfile.gds(closeall=TRUE) de la librería : gdsfmt. Esta instrucción cierra todos los gds abiertos Prueba a ver si te funciona bien